MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 318

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020977	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478464862
2	NC_020977	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478464866
3	NC_020977	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020977	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478464872
5	NC_020977	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478464872
6	NC_020977	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464873
7	NC_020977	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478464876
8	NC_020977	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478464879
9	NC_020977	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478464881
10	NC_020977	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478464882
11	NC_020977	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464894
12	NC_020977	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478464895
13	NC_020977	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478464895
14	NC_020977	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478464901
15	NC_020977	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478464908
16	NC_020977	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464908
17	NC_020977	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478464910
18	NC_020977	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464911
19	NC_020977	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464912
20	NC_020977	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464912
21	NC_020977	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478464912
22	NC_020977	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478464913
23	NC_020977	AAAAAT	2	12	61528	61539	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020977	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478464915
25	NC_020977	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478464922
26	NC_020977	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478464923
27	NC_020977	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478464924
28	NC_020977	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478464924
29	NC_020977	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478464925
30	NC_020977	ATCTAG	2	12	77239	77250	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020977	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464928
32	NC_020977	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478464931
33	NC_020977	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478464935
34	NC_020977	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478464940
35	NC_020977	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478464941
36	NC_020977	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478464943
37	NC_020977	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478464943
38	NC_020977	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464945
39	NC_020977	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478464950
40	NC_020977	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478464953
41	NC_020977	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478464955
42	NC_020977	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464957
43	NC_020977	TTTTAG	2	12	116521	116532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020977	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464962
45	NC_020977	TAAAAA	2	12	121193	121204	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020977	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464964
47	NC_020977	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478464964
48	NC_020977	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478464965
49	NC_020977	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478464966
50	NC_020977	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478464966
51	NC_020977	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464966
52	NC_020977	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464973
53	NC_020977	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478464974
54	NC_020977	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464983
55	NC_020977	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478464986
56	NC_020977	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464987
57	NC_020977	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464987
58	NC_020977	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478464990
59	NC_020977	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478464992
60	NC_020977	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478464992
61	NC_020977	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478464996
62	NC_020977	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478464997
63	NC_020977	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478464999
64	NC_020977	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478465000
65	NC_020977	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465001
66	NC_020977	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465004
67	NC_020977	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478465010
68	NC_020977	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478465011
69	NC_020977	AGAAAA	2	12	183396	183407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020977	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465024
71	NC_020977	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478465026
72	NC_020977	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465026
73	NC_020977	TATGAA	3	18	192333	192350	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020977	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465032
75	NC_020977	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465045
76	NC_020977	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478465045
77	NC_020977	TTTTAC	2	12	217654	217665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020977	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465052
79	NC_020977	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478465053
80	NC_020977	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478465053
81	NC_020977	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478465056
82	NC_020977	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465056
83	NC_020977	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478465057
84	NC_020977	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465059
85	NC_020977	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478465064
86	NC_020977	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478465065
87	NC_020977	TTTTTA	2	12	252186	252197	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020977	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478465084
89	NC_020977	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478465089
90	NC_020977	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478465096
91	NC_020977	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465096
92	NC_020977	AGGAGA	2	12	267286	267297	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020977	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478465099
94	NC_020977	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478465101
95	NC_020977	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478465103
96	NC_020977	ATATTA	2	12	276182	276193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020977	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478465105
98	NC_020977	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478465105
99	NC_020977	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478465108
100	NC_020977	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465114
101	NC_020977	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478465115
102	NC_020977	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478465117
103	NC_020977	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478465119
104	NC_020977	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478465121
105	NC_020977	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478465124
106	NC_020977	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478465125
107	NC_020977	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478465127
108	NC_020977	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478465128
109	NC_020977	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478465130
110	NC_020977	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478465135
111	NC_020977	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478465136
112	NC_020977	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478465139
113	NC_020977	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478465141
114	NC_020977	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478465143
115	NC_020977	AAAAAG	2	12	320352	320363	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020977	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478465162
117	NC_020977	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478465167
118	NC_020977	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478465167
119	NC_020977	AGAATA	2	12	357832	357843	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020977	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478465175
121	NC_020977	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478465188
122	NC_020977	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478465190
123	NC_020977	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478465193
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142	NC_020977	CGGAAT	2	12	423556	423567	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478465233
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193	NC_020977	TTTTGC	2	12	569953	569964	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478465360
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235	NC_020977	TGTGAT	2	12	742536	742547	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478465517
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.