MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 756

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020977	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478464865
2	NC_020977	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478464866
3	NC_020977	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478464866
4	NC_020977	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478464866
5	NC_020977	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478464866
6	NC_020977	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478464867
7	NC_020977	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020977	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478464869
9	NC_020977	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478464870
10	NC_020977	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478464871
11	NC_020977	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478464872
12	NC_020977	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478464872
13	NC_020977	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478464873
14	NC_020977	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478464874
15	NC_020977	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020977	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478464876
17	NC_020977	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478464877
18	NC_020977	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478464877
19	NC_020977	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478464877
20	NC_020977	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478464880
21	NC_020977	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478464881
22	NC_020977	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478464881
23	NC_020977	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478464881
24	NC_020977	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478464882
25	NC_020977	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478464883
26	NC_020977	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478464883
27	NC_020977	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478464885
28	NC_020977	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478464885
29	NC_020977	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478464886
30	NC_020977	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478464887
31	NC_020977	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478464888
32	NC_020977	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020977	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478464894
34	NC_020977	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478464894
35	NC_020977	ACGAT	2	10	38695	38704	40 %	20 %	20 %	20 %	478464895
36	NC_020977	AATTT	2	10	39586	39595	40 %	60 %	0 %	0 %	478464896
37	NC_020977	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478464898
38	NC_020977	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478464898
39	NC_020977	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020977	TTTAT	2	10	44770	44779	20 %	80 %	0 %	0 %	478464901
41	NC_020977	CTTTC	2	10	46866	46875	0 %	60 %	0 %	40 %	478464903
42	NC_020977	AGTTT	2	10	47405	47414	20 %	60 %	20 %	0 %	478464903
43	NC_020977	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020977	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020977	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478464906
46	NC_020977	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478464909
47	NC_020977	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020977	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478464910
49	NC_020977	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478464911
50	NC_020977	GAGCA	2	10	60379	60388	40 %	0 %	40 %	20 %	478464913
51	NC_020977	TGTGA	2	10	62828	62837	20 %	40 %	40 %	0 %	478464915
52	NC_020977	AGTGA	2	10	64349	64358	40 %	20 %	40 %	0 %	478464916
53	NC_020977	CCTTC	2	10	64623	64632	0 %	40 %	0 %	60 %	478464916
54	NC_020977	AGGAG	2	10	66851	66860	40 %	0 %	60 %	0 %	478464918
55	NC_020977	GTTAA	2	10	66981	66990	40 %	40 %	20 %	0 %	478464918
56	NC_020977	CAAGC	2	10	69347	69356	40 %	0 %	20 %	40 %	478464920
57	NC_020977	AAAAG	2	10	69595	69604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020977	GGAGC	2	10	70217	70226	20 %	0 %	60 %	20 %	478464921
59	NC_020977	GCGAT	2	10	70407	70416	20 %	20 %	40 %	20 %	478464921
60	NC_020977	CTCTT	2	10	70761	70770	0 %	60 %	0 %	40 %	478464921
61	NC_020977	AGGGG	2	10	71407	71416	20 %	0 %	80 %	0 %	478464921
62	NC_020977	AAGAA	2	10	71449	71458	80 %	0 %	20 %	0 %	478464921
63	NC_020977	CTTGC	2	10	72538	72547	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020977	ATTGG	2	10	72739	72748	20 %	40 %	40 %	0 %	478464923
65	NC_020977	GAAAA	2	10	73811	73820	80 %	0 %	20 %	0 %	478464923
66	NC_020977	TGGGA	2	10	74228	74237	20 %	20 %	60 %	0 %	478464924
67	NC_020977	TATTT	2	10	76755	76764	20 %	80 %	0 %	0 %	478464925
68	NC_020977	AAAAG	2	10	77288	77297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020977	ATCAA	2	10	78986	78995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020977	TGTCT	2	10	80550	80559	0 %	60 %	20 %	20 %	478464928
71	NC_020977	TTACT	2	10	81057	81066	20 %	60 %	0 %	20 %	478464928
72	NC_020977	AGAAA	2	10	82447	82456	80 %	0 %	20 %	0 %	478464930
73	NC_020977	GGAAG	2	10	82960	82969	40 %	0 %	60 %	0 %	478464930
74	NC_020977	AGCGA	2	10	85426	85435	40 %	0 %	40 %	20 %	478464932
75	NC_020977	TTTGT	2	10	85725	85734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020977	GATCC	2	10	86511	86520	20 %	20 %	20 %	40 %	478464933
77	NC_020977	AGAGC	2	10	87846	87855	40 %	0 %	40 %	20 %	478464934
78	NC_020977	AATAA	2	10	88724	88733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020977	TTTTC	2	10	91578	91587	0 %	80 %	0 %	20 %	478464937
80	NC_020977	GGATG	2	10	91838	91847	20 %	20 %	60 %	0 %	478464938
81	NC_020977	CAACA	2	10	93377	93386	60 %	0 %	0 %	40 %	478464939
82	NC_020977	ACAGC	2	10	94422	94431	40 %	0 %	20 %	40 %	478464940
83	NC_020977	CTTTT	2	10	94796	94805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020977	GGAAC	2	10	95134	95143	40 %	0 %	40 %	20 %	478464941
85	NC_020977	GGATT	2	10	96034	96043	20 %	40 %	40 %	0 %	478464941
86	NC_020977	CAATC	2	10	97136	97145	40 %	20 %	0 %	40 %	478464943
87	NC_020977	TTTGC	2	10	97270	97279	0 %	60 %	20 %	20 %	478464943
88	NC_020977	ATTCA	2	10	97534	97543	40 %	40 %	0 %	20 %	478464943
89	NC_020977	GATCC	2	10	97793	97802	20 %	20 %	20 %	40 %	478464943
90	NC_020977	GTTTT	2	10	98214	98223	0 %	80 %	20 %	0 %	478464943
91	NC_020977	ACAAA	2	10	98342	98351	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020977	AAGCT	2	10	99419	99428	40 %	20 %	20 %	20 %	478464944
93	NC_020977	AGGGG	2	10	99778	99787	20 %	0 %	80 %	0 %	478464944
94	NC_020977	ATAGC	2	10	100471	100480	40 %	20 %	20 %	20 %	478464945
95	NC_020977	TTCCC	2	10	101075	101084	0 %	40 %	0 %	60 %	478464946
96	NC_020977	AGCGA	2	10	103399	103408	40 %	0 %	40 %	20 %	478464948
97	NC_020977	TTTCT	2	10	103757	103766	0 %	80 %	0 %	20 %	478464948
98	NC_020977	CTTCT	2	10	103811	103820	0 %	60 %	0 %	40 %	478464948
99	NC_020977	ATCAT	2	10	104963	104972	40 %	40 %	0 %	20 %	478464949
100	NC_020977	GGCAT	2	10	105671	105680	20 %	20 %	40 %	20 %	478464949
101	NC_020977	AAAGC	2	10	109397	109406	60 %	0 %	20 %	20 %	478464952
102	NC_020977	GCATT	2	10	110557	110566	20 %	40 %	20 %	20 %	478464954
103	NC_020977	GCTCT	2	10	114622	114631	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020977	TGTTT	2	10	115246	115255	0 %	80 %	20 %	0 %	478464957
105	NC_020977	CATGT	2	10	115624	115633	20 %	40 %	20 %	20 %	478464957
106	NC_020977	TATCG	2	10	116328	116337	20 %	40 %	20 %	20 %	478464957
107	NC_020977	TTTCT	2	10	116844	116853	0 %	80 %	0 %	20 %	478464958
108	NC_020977	GGAGA	2	10	117040	117049	40 %	0 %	60 %	0 %	478464958
109	NC_020977	AAAGA	2	10	119091	119100	80 %	0 %	20 %	0 %	478464961
110	NC_020977	CCAAT	2	10	122054	122063	40 %	20 %	0 %	40 %	478464964
111	NC_020977	GCTTC	2	10	123155	123164	0 %	40 %	20 %	40 %	478464964
112	NC_020977	TACAA	2	10	126944	126953	60 %	20 %	0 %	20 %	478464968
113	NC_020977	ATCCA	2	10	129351	129360	40 %	20 %	0 %	40 %	478464972
114	NC_020977	GAAGA	2	10	130901	130910	60 %	0 %	40 %	0 %	478464972
115	NC_020977	AAAAG	2	10	132813	132822	80 %	0 %	20 %	0 %	478464973
116	NC_020977	GATTC	2	10	133144	133153	20 %	40 %	20 %	20 %	478464973
117	NC_020977	GGATA	2	10	135762	135771	40 %	20 %	40 %	0 %	478464975
118	NC_020977	ATTGT	2	10	136459	136468	20 %	60 %	20 %	0 %	478464976
119	NC_020977	TTGCA	2	10	137674	137683	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020977	AAGAG	2	10	138926	138935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020977	TCCAG	2	10	140631	140640	20 %	20 %	20 %	40 %	478464983
122	NC_020977	GTACA	2	10	141362	141371	40 %	20 %	20 %	20 %	478464984
123	NC_020977	TAGAT	2	10	141735	141744	40 %	40 %	20 %	0 %	478464984
124	NC_020977	AAAAG	2	10	142147	142156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020977	AAAAC	2	10	142627	142636	80 %	0 %	0 %	20 %	478464985
126	NC_020977	TGCTA	2	10	143713	143722	20 %	40 %	20 %	20 %	478464987
127	NC_020977	GGAGC	2	10	143760	143769	20 %	0 %	60 %	20 %	478464987
128	NC_020977	CTGGG	2	10	145175	145184	0 %	20 %	60 %	20 %	478464989
129	NC_020977	GTTTT	2	10	145922	145931	0 %	80 %	20 %	0 %	478464990
130	NC_020977	GAACC	2	10	149656	149665	40 %	0 %	20 %	40 %	478464991
131	NC_020977	ATTCT	2	10	153153	153162	20 %	60 %	0 %	20 %	478464995
132	NC_020977	CTGTG	2	10	153357	153366	0 %	40 %	40 %	20 %	478464995
133	NC_020977	TTCTT	2	10	155830	155839	0 %	80 %	0 %	20 %	478464998
134	NC_020977	AGGAA	2	10	160389	160398	60 %	0 %	40 %	0 %	478465002
135	NC_020977	CAAAA	2	10	162401	162410	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020977	AGAGA	2	10	163629	163638	60 %	0 %	40 %	0 %	478465005
137	NC_020977	AGCAA	2	10	164064	164073	60 %	0 %	20 %	20 %	478465005
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249	NC_020977	CTAAA	2	10	328312	328321	60 %	20 %	0 %	20 %	478465153
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252	NC_020977	CTTGT	2	10	330552	330561	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_020977	CCTTT	2	10	331011	331020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_020977	CTAAA	2	10	334114	334123	60 %	20 %	0 %	20 %	478465157
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266	NC_020977	TAGCA	2	10	354499	354508	40 %	20 %	20 %	20 %	478465170
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