MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020977	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020977	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020977	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020977	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020977	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020977	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020977	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020977	AAAAG	2	10	69595	69604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020977	CTTGC	2	10	72538	72547	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020977	AAAAG	2	10	77288	77297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020977	ATCAA	2	10	78986	78995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020977	TTTGT	2	10	85725	85734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020977	AATAA	2	10	88724	88733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020977	CTTTT	2	10	94796	94805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020977	ACAAA	2	10	98342	98351	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020977	GCTCT	2	10	114622	114631	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020977	TTGCA	2	10	137674	137683	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020977	AAGAG	2	10	138926	138935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020977	AAAAG	2	10	142147	142156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020977	CAAAA	2	10	162401	162410	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020977	AGAAA	2	10	183333	183342	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020977	CGATA	2	10	188578	188587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020977	CTAAG	2	10	199271	199280	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020977	ATTTC	2	10	217799	217808	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020977	CAATA	2	10	220922	220931	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020977	TACAA	2	10	244633	244642	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020977	TTTCA	2	10	260762	260771	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020977	AAAGC	2	10	295588	295597	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020977	TGTTT	2	10	298467	298476	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020977	GCAAC	2	10	330492	330501	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020977	CTTGT	2	10	330552	330561	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020977	CCTTT	2	10	331011	331020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020977	AAGGC	2	10	358765	358774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020977	GCTTC	2	10	360874	360883	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020977	AGTAG	2	10	360951	360960	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020977	TCTCT	2	10	364523	364532	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020977	AACAA	2	10	364906	364915	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020977	AAAAC	2	10	365230	365239	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020977	AAGCG	2	10	400745	400754	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020977	TATCT	2	10	406273	406282	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020977	GTATA	2	10	412992	413001	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020977	AGCAA	2	10	413028	413037	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020977	AAAAT	2	10	414877	414886	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020977	CTCTT	2	10	424946	424955	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020977	TAAAA	2	10	427488	427497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020977	AGAAA	2	10	433162	433171	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020977	CTCTT	2	10	433201	433210	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020977	GAAGA	2	10	433211	433220	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020977	AAATT	2	10	433490	433499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020977	AATTT	2	10	433511	433520	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020977	TAAAA	2	10	461723	461732	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020977	CAAAA	2	10	482130	482139	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020977	AATCT	2	10	499473	499482	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020977	CTTCT	2	10	499686	499695	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020977	TTTCT	2	10	505073	505082	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020977	CCTTT	2	10	506082	506091	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020977	TAAAA	2	10	511097	511106	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020977	AGGAA	2	10	513081	513090	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020977	ATGAA	2	10	513104	513113	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020977	TCCTC	2	10	514203	514212	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020977	TTGGA	2	10	520544	520553	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020977	CAAAA	2	10	521310	521319	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020977	TTTTC	2	10	533179	533188	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020977	AAAAG	2	10	554446	554455	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020977	GAAAA	2	10	561628	561637	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020977	ATTTT	2	10	563065	563074	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020977	ATACT	2	10	569138	569147	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020977	TCCCC	2	10	571931	571940	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_020977	AAAGG	2	10	578094	578103	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020977	TTTCC	2	10	625711	625720	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020977	TTATT	2	10	645440	645449	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020977	TCGTC	2	10	646543	646552	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020977	AGAAA	2	10	679108	679117	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020977	TTTAT	2	10	694105	694114	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020977	TCATG	2	10	694300	694309	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020977	AAAAC	2	10	698412	698421	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020977	GAAAA	2	10	703762	703771	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020977	TTATT	2	10	710824	710833	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020977	GAAGA	2	10	733726	733735	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020977	TTTCT	2	10	743237	743246	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020977	AGAAT	2	10	756535	756544	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020977	AGGGG	2	10	756766	756775	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020977	AAAAG	2	10	777349	777358	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020977	AGGTA	2	10	780748	780757	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020977	TCCTT	2	10	781931	781940	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020977	CTCCA	2	10	782085	782094	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_020977	TTTCT	2	10	801345	801354	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020977	AGAAA	2	10	809877	809886	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020977	AAGAG	2	10	821717	821726	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020977	CTTTT	2	10	856053	856062	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020977	AGAAA	2	10	860404	860413	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020977	TAGAA	2	10	886566	886575	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020977	CTTTT	2	10	902600	902609	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020977	TTTTA	2	10	903345	903354	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020977	AGAGC	2	10	905633	905642	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020977	AAGAG	2	10	925303	925312	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020977	GCTAG	2	10	925329	925338	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020977	TCGTT	2	10	933715	933724	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020977	TTCTT	2	10	936672	936681	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020977	GCCTG	2	10	953031	953040	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020977	CTTCA	2	10	958512	958521	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020977	CTAGT	2	10	965372	965381	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020977	TAAAA	2	10	981367	981376	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020977	ATAAA	2	10	981398	981407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020977	TATTT	2	10	1004965	1004974	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020977	TAGAA	2	10	1016389	1016398	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020977	TTTTC	2	10	1034710	1034719	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_020977	TTTTA	2	10	1038691	1038700	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.