MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/CV204 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020976	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478463962
2	NC_020976	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463966
3	NC_020976	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463972
4	NC_020976	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478463972
5	NC_020976	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463973
6	NC_020976	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478463976
7	NC_020976	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478463979
8	NC_020976	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478463981
9	NC_020976	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478463982
10	NC_020976	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478463994
11	NC_020976	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478463995
12	NC_020976	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478463995
13	NC_020976	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478464001
14	NC_020976	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478464008
15	NC_020976	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464008
16	NC_020976	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478464010
17	NC_020976	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464011
18	NC_020976	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464012
19	NC_020976	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464012
20	NC_020976	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478464012
21	NC_020976	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478464013
22	NC_020976	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478464015
23	NC_020976	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478464022
24	NC_020976	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478464023
25	NC_020976	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478464024
26	NC_020976	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478464024
27	NC_020976	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478464025
28	NC_020976	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464028
29	NC_020976	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478464031
30	NC_020976	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478464035
31	NC_020976	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478464040
32	NC_020976	AGCTGT	2	12	96529	96540	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478464041
33	NC_020976	TCTTTT	2	12	97194	97205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478464043
34	NC_020976	GGGGCT	2	12	98142	98153	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478464043
35	NC_020976	TTTGAG	2	12	100342	100353	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464045
36	NC_020976	TCAGAA	2	12	106983	106994	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478464050
37	NC_020976	CATAAC	2	12	110027	110038	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478464053
38	NC_020976	TGTTCT	2	12	112794	112805	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478464055
39	NC_020976	ACTTCG	2	12	116087	116098	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464057
40	NC_020976	TTGCCA	2	12	119628	119639	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464062
41	NC_020976	TTGGTA	2	12	121242	121253	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464064
42	NC_020976	AGGATC	2	12	121621	121632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478464064
43	NC_020976	AAGGGT	2	12	123428	123439	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478464065
44	NC_020976	GGGTTT	2	12	124391	124402	0 %	50 %	50 %	0 %	478464066
45	NC_020976	TTGCAT	2	12	124673	124684	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478464066
46	NC_020976	AAGAGA	2	12	125042	125053	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478464066
47	NC_020976	TTAAAA	2	12	133977	133988	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478464073
48	NC_020976	AGGTTG	2	12	135219	135230	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478464074
49	NC_020976	GAGTTA	2	12	140267	140278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464083
50	NC_020976	TGGAAA	2	12	142820	142831	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478464086
51	NC_020976	TGGAAT	2	12	143695	143706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464087
52	NC_020976	ATGGTT	2	12	143939	143950	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464087
53	NC_020976	TGCTCT	2	12	146131	146142	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478464090
54	NC_020976	GAAAGG	2	12	149869	149880	50 %	0 %	50 %	0 %	478464092
55	NC_020976	GCTTTG	2	12	150112	150123	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478464092
56	NC_020976	TGTGCG	2	12	154235	154246	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478464096
57	NC_020976	CCTCAT	2	12	155533	155544	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478464097
58	NC_020976	TGGAGA	2	12	156991	157002	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478464099
59	NC_020976	CTCCAT	2	12	158360	158371	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478464100
60	NC_020976	TCCTTG	2	12	158956	158967	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478464101
61	NC_020976	AACAGC	2	12	161593	161604	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478464104
62	NC_020976	TAAAAA	2	12	174022	174033	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478464110
63	NC_020976	AAAAAG	2	12	174189	174200	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478464111
64	NC_020976	ATTTGC	2	12	189311	189322	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478464124
65	NC_020976	AAACAT	2	12	190405	190416	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478464126
66	NC_020976	AGCAAC	2	12	190740	190751	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478464126
67	NC_020976	TCTGGA	2	12	196011	196022	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478464132
68	NC_020976	CTGGAT	2	12	211602	211613	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478464145
69	NC_020976	GAAATA	2	12	211925	211936	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478464145
70	NC_020976	GATGCA	2	12	218818	218829	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478464152
71	NC_020976	ACTCCA	2	12	219708	219719	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478464153
72	NC_020976	CTGCTT	2	12	219940	219951	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478464153
73	NC_020976	ATTGCT	2	12	223249	223260	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478464156
74	NC_020976	TCCTAG	2	12	223539	223550	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464156
75	NC_020976	GCAACG	2	12	224027	224038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478464157
76	NC_020976	CTTAGC	2	12	226659	226670	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464159
77	NC_020976	TTCCTT	2	12	233491	233502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478464164
78	NC_020976	TCTCCT	2	12	236372	236383	0 %	50 %	0 %	50 %	478464165
79	NC_020976	CCTGCA	2	12	252347	252358	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478464184
80	NC_020976	ACCTTT	2	12	257542	257553	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478464189
81	NC_020976	TCATAA	2	12	265388	265399	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478464196
82	NC_020976	AAGTGT	2	12	266114	266125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464196
83	NC_020976	ATCTAA	2	12	269390	269401	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478464199
84	NC_020976	TGGAAT	2	12	271588	271599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478464201
85	NC_020976	GGAACA	2	12	275475	275486	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478464203
86	NC_020976	CACGCG	2	12	277848	277859	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478464205
87	NC_020976	TTTCTT	2	12	278027	278038	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478464205
88	NC_020976	CTCCTA	2	12	282189	282200	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478464208
89	NC_020976	GCAATG	2	12	288308	288319	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478464214
90	NC_020976	CGACAT	2	12	288981	288992	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478464215
91	NC_020976	CCCTTA	2	12	290435	290446	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478464217
92	NC_020976	AAAATA	2	12	292533	292544	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478464219
93	NC_020976	ACCACT	2	12	294888	294899	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478464221
94	NC_020976	CATTGC	2	12	298134	298145	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464224
95	NC_020976	CCAAAA	2	12	299313	299324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478464225
96	NC_020976	TCTTTT	2	12	301198	301209	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478464227
97	NC_020976	CAAGAC	2	12	302289	302300	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478464228
98	NC_020976	AGCTTA	2	12	303569	303580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478464230
99	NC_020976	CAAAGA	2	12	308954	308965	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478464235
100	NC_020976	ATGGCT	2	12	309570	309581	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478464236
101	NC_020976	TACAAA	2	12	313760	313771	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478464239
102	NC_020976	TTAATT	2	12	315439	315450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478464241
103	NC_020976	AAAACA	2	12	318924	318935	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478464243
104	NC_020976	CAGGAC	2	12	340899	340910	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478464262
105	NC_020976	ATTCAA	2	12	345876	345887	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478464267
106	NC_020976	AGACCG	2	12	345950	345961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478464267
107	NC_020976	TTCTTA	2	12	357853	357864	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478464275
108	NC_020976	CAGCCT	2	12	369930	369941	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478464288
109	NC_020976	ATGCTA	2	12	373847	373858	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478464290
110	NC_020976	CAATAG	2	12	380453	380464	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478464293
111	NC_020976	ACTGAA	2	12	380594	380605	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478464293
112	NC_020976	CTGCAC	2	12	380787	380798	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478464293
113	NC_020976	TCCATA	2	12	391146	391157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478464302
114	NC_020976	TTAGGT	2	12	392497	392508	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478464304
115	NC_020976	AGGGAA	2	12	393823	393834	50 %	0 %	50 %	0 %	478464305
116	NC_020976	CTGAAG	2	12	394658	394669	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478464306
117	NC_020976	TAATCT	2	12	400078	400089	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478464309
118	NC_020976	GAACAA	2	12	400580	400591	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478464310
119	NC_020976	CTAAAG	2	12	400963	400974	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478464311
120	NC_020976	CCTTTC	2	12	402127	402138	0 %	50 %	0 %	50 %	478464312
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227	NC_020976	TAGCCT	2	12	803973	803984	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464670
228	NC_020976	CACCTA	2	12	818535	818546	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478464680
229	NC_020976	AAGAGG	2	12	824415	824426	50 %	0 %	50 %	0 %	478464684
230	NC_020976	GAAAGG	2	12	829292	829303	50 %	0 %	50 %	0 %	478464689
231	NC_020976	AGCTTC	2	12	830746	830757	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478464690
232	NC_020976	ATCACA	2	12	834850	834861	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478464695
233	NC_020976	GATCCG	2	12	839459	839470	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478464699
234	NC_020976	TTATGC	2	12	846409	846420	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478464705
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.