MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/CV204 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020976	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020976	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020976	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020976	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020976	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020976	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020976	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020976	AAAAG	2	10	69595	69604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020976	CTTGC	2	10	72538	72547	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020976	AAAAG	2	10	77288	77297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020976	ATCAA	2	10	78986	78995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020976	TTTGT	2	10	85725	85734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020976	AATAA	2	10	88724	88733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020976	ACAAA	2	10	98343	98352	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020976	GCTCT	2	10	114623	114632	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_020976	TTGCA	2	10	137675	137684	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020976	AAGAG	2	10	138927	138936	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020976	AAAAG	2	10	142148	142157	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020976	CAAAA	2	10	162402	162411	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020976	AGAAA	2	10	183334	183343	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020976	CGATA	2	10	188579	188588	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020976	CTAAG	2	10	199272	199281	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020976	ATTTC	2	10	217800	217809	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020976	CAATA	2	10	220923	220932	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020976	TACAA	2	10	244634	244643	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020976	TTTCA	2	10	260763	260772	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020976	AAAGC	2	10	295589	295598	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020976	TGTTT	2	10	298468	298477	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020976	GCAAC	2	10	330493	330502	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_020976	CTTGT	2	10	330553	330562	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020976	CCTTT	2	10	331012	331021	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_020976	AAGGC	2	10	358766	358775	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020976	GCTTC	2	10	360875	360884	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020976	AGTAG	2	10	360952	360961	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020976	TCTCT	2	10	364524	364533	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020976	AACAA	2	10	364907	364916	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020976	AAAAC	2	10	365231	365240	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020976	AAGCG	2	10	400746	400755	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020976	TATCT	2	10	406274	406283	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020976	GTATA	2	10	412993	413002	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020976	AGCAA	2	10	413029	413038	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020976	AAAAT	2	10	414878	414887	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020976	CTCTT	2	10	424947	424956	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_020976	TAAAA	2	10	427489	427498	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020976	AGAAA	2	10	433163	433172	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020976	CTCTT	2	10	433202	433211	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020976	GAAGA	2	10	433212	433221	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020976	AAATT	2	10	433491	433500	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020976	AATTT	2	10	433512	433521	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020976	TAAAA	2	10	461724	461733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020976	CAAAA	2	10	482131	482140	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020976	AATCT	2	10	499474	499483	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020976	CTTCT	2	10	499687	499696	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_020976	TTTCT	2	10	505074	505083	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020976	CCTTT	2	10	506083	506092	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_020976	TAAAA	2	10	511098	511107	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020976	AGGAA	2	10	513082	513091	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020976	ATGAA	2	10	513105	513114	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020976	TCCTC	2	10	514204	514213	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_020976	TTGGA	2	10	520545	520554	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020976	CAAAA	2	10	521311	521320	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_020976	TTTTC	2	10	533339	533348	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020976	AAAAG	2	10	554606	554615	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020976	GAAAA	2	10	561788	561797	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020976	ATTTT	2	10	563225	563234	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020976	ATACT	2	10	569298	569307	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_020976	TCCCC	2	10	572091	572100	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_020976	AAAGG	2	10	578254	578263	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020976	TTTCC	2	10	625871	625880	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_020976	TTATT	2	10	645600	645609	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020976	TCGTC	2	10	646703	646712	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020976	AGAAA	2	10	679268	679277	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020976	TTTAT	2	10	694265	694274	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020976	TCATG	2	10	694460	694469	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020976	AAAAC	2	10	698572	698581	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020976	GAAAA	2	10	703922	703931	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020976	TTATT	2	10	710984	710993	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020976	GAAGA	2	10	733886	733895	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020976	TTTCT	2	10	743397	743406	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020976	AGAAT	2	10	756695	756704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020976	AGGGG	2	10	756926	756935	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020976	AAAAG	2	10	777509	777518	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020976	AGGTA	2	10	780908	780917	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020976	TCCTT	2	10	782091	782100	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_020976	CTCCA	2	10	782245	782254	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_020976	TTTCT	2	10	801505	801514	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020976	AGAAA	2	10	810037	810046	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020976	AAGAG	2	10	821877	821886	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020976	AGAAA	2	10	860564	860573	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020976	TAGAA	2	10	886726	886735	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020976	CTTTT	2	10	902760	902769	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020976	TTTTA	2	10	903505	903514	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020976	AGAGC	2	10	905793	905802	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020976	AAGAG	2	10	925463	925472	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020976	GCTAG	2	10	925489	925498	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020976	TCGTT	2	10	933875	933884	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020976	TTCTT	2	10	936832	936841	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020976	GCCTG	2	10	953191	953200	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_020976	CTTCA	2	10	958672	958681	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_020976	CTAGT	2	10	965531	965540	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020976	TAAAA	2	10	981526	981535	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020976	ATAAA	2	10	981557	981566	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020976	TATTT	2	10	1005128	1005137	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020976	TAGAA	2	10	1016552	1016561	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020976	TTTTC	2	10	1034873	1034882	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020976	TTTTA	2	10	1038854	1038863	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.