MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/CV204 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 648

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020976	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478463965
2	NC_020976	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478463966
3	NC_020976	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478463966
4	NC_020976	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478463966
5	NC_020976	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478463966
6	NC_020976	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478463967
7	NC_020976	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478463969
8	NC_020976	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478463970
9	NC_020976	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478463971
10	NC_020976	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478463972
11	NC_020976	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478463972
12	NC_020976	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478463973
13	NC_020976	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478463974
14	NC_020976	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478463976
15	NC_020976	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478463977
16	NC_020976	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478463977
17	NC_020976	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478463977
18	NC_020976	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478463980
19	NC_020976	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478463981
20	NC_020976	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478463981
21	NC_020976	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478463981
22	NC_020976	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478463982
23	NC_020976	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478463983
24	NC_020976	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478463983
25	NC_020976	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478463985
26	NC_020976	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478463985
27	NC_020976	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478463986
28	NC_020976	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478463987
29	NC_020976	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478463988
30	NC_020976	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478463994
31	NC_020976	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478463994
32	NC_020976	ACGAT	2	10	38695	38704	40 %	20 %	20 %	20 %	478463995
33	NC_020976	AATTT	2	10	39586	39595	40 %	60 %	0 %	0 %	478463996
34	NC_020976	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478463998
35	NC_020976	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478463998
36	NC_020976	TTTAT	2	10	44770	44779	20 %	80 %	0 %	0 %	478464001
37	NC_020976	CTTTC	2	10	46866	46875	0 %	60 %	0 %	40 %	478464003
38	NC_020976	AGTTT	2	10	47405	47414	20 %	60 %	20 %	0 %	478464003
39	NC_020976	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478464006
40	NC_020976	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478464009
41	NC_020976	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478464010
42	NC_020976	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478464011
43	NC_020976	GAGCA	2	10	60379	60388	40 %	0 %	40 %	20 %	478464013
44	NC_020976	TGTGA	2	10	62828	62837	20 %	40 %	40 %	0 %	478464015
45	NC_020976	AGTGA	2	10	64349	64358	40 %	20 %	40 %	0 %	478464016
46	NC_020976	CCTTC	2	10	64623	64632	0 %	40 %	0 %	60 %	478464016
47	NC_020976	AGGAG	2	10	66851	66860	40 %	0 %	60 %	0 %	478464018
48	NC_020976	GTTAA	2	10	66981	66990	40 %	40 %	20 %	0 %	478464018
49	NC_020976	CAAGC	2	10	69347	69356	40 %	0 %	20 %	40 %	478464020
50	NC_020976	GGAGC	2	10	70217	70226	20 %	0 %	60 %	20 %	478464021
51	NC_020976	GCGAT	2	10	70407	70416	20 %	20 %	40 %	20 %	478464021
52	NC_020976	CTCTT	2	10	70761	70770	0 %	60 %	0 %	40 %	478464021
53	NC_020976	AGGGG	2	10	71407	71416	20 %	0 %	80 %	0 %	478464021
54	NC_020976	AAGAA	2	10	71449	71458	80 %	0 %	20 %	0 %	478464021
55	NC_020976	ATTGG	2	10	72739	72748	20 %	40 %	40 %	0 %	478464023
56	NC_020976	GAAAA	2	10	73811	73820	80 %	0 %	20 %	0 %	478464023
57	NC_020976	TGGGA	2	10	74228	74237	20 %	20 %	60 %	0 %	478464024
58	NC_020976	TATTT	2	10	76755	76764	20 %	80 %	0 %	0 %	478464025
59	NC_020976	TGTCT	2	10	80550	80559	0 %	60 %	20 %	20 %	478464028
60	NC_020976	TTACT	2	10	81057	81066	20 %	60 %	0 %	20 %	478464028
61	NC_020976	AGAAA	2	10	82447	82456	80 %	0 %	20 %	0 %	478464030
62	NC_020976	GGAAG	2	10	82960	82969	40 %	0 %	60 %	0 %	478464030
63	NC_020976	AGCGA	2	10	85426	85435	40 %	0 %	40 %	20 %	478464032
64	NC_020976	GATCC	2	10	86511	86520	20 %	20 %	20 %	40 %	478464033
65	NC_020976	AGAGC	2	10	87846	87855	40 %	0 %	40 %	20 %	478464034
66	NC_020976	TTTTC	2	10	91578	91587	0 %	80 %	0 %	20 %	478464037
67	NC_020976	GGATG	2	10	91838	91847	20 %	20 %	60 %	0 %	478464038
68	NC_020976	CAACA	2	10	93377	93386	60 %	0 %	0 %	40 %	478464039
69	NC_020976	ACAGC	2	10	94422	94431	40 %	0 %	20 %	40 %	478464040
70	NC_020976	GGAAC	2	10	95135	95144	40 %	0 %	40 %	20 %	478464041
71	NC_020976	GGATT	2	10	96035	96044	20 %	40 %	40 %	0 %	478464041
72	NC_020976	CAATC	2	10	97137	97146	40 %	20 %	0 %	40 %	478464043
73	NC_020976	TTTGC	2	10	97271	97280	0 %	60 %	20 %	20 %	478464043
74	NC_020976	ATTCA	2	10	97535	97544	40 %	40 %	0 %	20 %	478464043
75	NC_020976	GATCC	2	10	97794	97803	20 %	20 %	20 %	40 %	478464043
76	NC_020976	GTTTT	2	10	98215	98224	0 %	80 %	20 %	0 %	478464043
77	NC_020976	AAGCT	2	10	99420	99429	40 %	20 %	20 %	20 %	478464044
78	NC_020976	AGGGG	2	10	99779	99788	20 %	0 %	80 %	0 %	478464044
79	NC_020976	ATAGC	2	10	100472	100481	40 %	20 %	20 %	20 %	478464045
80	NC_020976	TTCCC	2	10	101076	101085	0 %	40 %	0 %	60 %	478464046
81	NC_020976	AGCGA	2	10	103400	103409	40 %	0 %	40 %	20 %	478464048
82	NC_020976	TTTCT	2	10	103758	103767	0 %	80 %	0 %	20 %	478464048
83	NC_020976	CTTCT	2	10	103812	103821	0 %	60 %	0 %	40 %	478464048
84	NC_020976	ATCAT	2	10	104964	104973	40 %	40 %	0 %	20 %	478464049
85	NC_020976	GGCAT	2	10	105672	105681	20 %	20 %	40 %	20 %	478464049
86	NC_020976	AAAGC	2	10	109398	109407	60 %	0 %	20 %	20 %	478464052
87	NC_020976	GCATT	2	10	110558	110567	20 %	40 %	20 %	20 %	478464054
88	NC_020976	TGTTT	2	10	115247	115256	0 %	80 %	20 %	0 %	478464057
89	NC_020976	CATGT	2	10	115625	115634	20 %	40 %	20 %	20 %	478464057
90	NC_020976	TATCG	2	10	116329	116338	20 %	40 %	20 %	20 %	478464057
91	NC_020976	TTTCT	2	10	116845	116854	0 %	80 %	0 %	20 %	478464058
92	NC_020976	GGAGA	2	10	117041	117050	40 %	0 %	60 %	0 %	478464058
93	NC_020976	AAAGA	2	10	119092	119101	80 %	0 %	20 %	0 %	478464061
94	NC_020976	CCAAT	2	10	122055	122064	40 %	20 %	0 %	40 %	478464064
95	NC_020976	GCTTC	2	10	123156	123165	0 %	40 %	20 %	40 %	478464064
96	NC_020976	TACAA	2	10	126945	126954	60 %	20 %	0 %	20 %	478464068
97	NC_020976	ATCCA	2	10	129352	129361	40 %	20 %	0 %	40 %	478464072
98	NC_020976	GAAGA	2	10	130902	130911	60 %	0 %	40 %	0 %	478464072
99	NC_020976	AAAAG	2	10	132814	132823	80 %	0 %	20 %	0 %	478464073
100	NC_020976	GATTC	2	10	133145	133154	20 %	40 %	20 %	20 %	478464073
101	NC_020976	GGATA	2	10	135763	135772	40 %	20 %	40 %	0 %	478464075
102	NC_020976	ATTGT	2	10	136460	136469	20 %	60 %	20 %	0 %	478464076
103	NC_020976	TCCAG	2	10	140632	140641	20 %	20 %	20 %	40 %	478464083
104	NC_020976	GTACA	2	10	141363	141372	40 %	20 %	20 %	20 %	478464084
105	NC_020976	TAGAT	2	10	141736	141745	40 %	40 %	20 %	0 %	478464084
106	NC_020976	AAAAC	2	10	142628	142637	80 %	0 %	0 %	20 %	478464085
107	NC_020976	TGCTA	2	10	143714	143723	20 %	40 %	20 %	20 %	478464087
108	NC_020976	GGAGC	2	10	143761	143770	20 %	0 %	60 %	20 %	478464087
109	NC_020976	CTGGG	2	10	145176	145185	0 %	20 %	60 %	20 %	478464089
110	NC_020976	GTTTT	2	10	145923	145932	0 %	80 %	20 %	0 %	478464090
111	NC_020976	GAACC	2	10	149657	149666	40 %	0 %	20 %	40 %	478464091
112	NC_020976	ATTCT	2	10	153154	153163	20 %	60 %	0 %	20 %	478464095
113	NC_020976	CTGTG	2	10	153358	153367	0 %	40 %	40 %	20 %	478464095
114	NC_020976	TTCTT	2	10	155831	155840	0 %	80 %	0 %	20 %	478464098
115	NC_020976	AGGAA	2	10	160390	160399	60 %	0 %	40 %	0 %	478464102
116	NC_020976	AGAGA	2	10	163630	163639	60 %	0 %	40 %	0 %	478464105
117	NC_020976	AGCAA	2	10	164065	164074	60 %	0 %	20 %	20 %	478464105
118	NC_020976	TATGA	2	10	164489	164498	40 %	40 %	20 %	0 %	478464106
119	NC_020976	CAAAA	2	10	167568	167577	80 %	0 %	0 %	20 %	478464107
120	NC_020976	AAGAG	2	10	168401	168410	60 %	0 %	40 %	0 %	478464107
121	NC_020976	GATTG	2	10	168746	168755	20 %	40 %	40 %	0 %	478464107
122	NC_020976	GTTTT	2	10	175225	175234	0 %	80 %	20 %	0 %	478464111
123	NC_020976	TATTG	2	10	175248	175257	20 %	60 %	20 %	0 %	478464111
124	NC_020976	CAGCA	2	10	175607	175616	40 %	0 %	20 %	40 %	478464111
125	NC_020976	TAGGA	2	10	175912	175921	40 %	20 %	40 %	0 %	478464112
126	NC_020976	TGATT	2	10	177839	177848	20 %	60 %	20 %	0 %	478464113
127	NC_020976	TCAAT	2	10	178480	178489	40 %	40 %	0 %	20 %	478464113
128	NC_020976	TTTTC	2	10	178519	178528	0 %	80 %	0 %	20 %	478464113
129	NC_020976	GGAAT	2	10	180078	180087	40 %	20 %	40 %	0 %	478464115
130	NC_020976	AGAGT	2	10	181465	181474	40 %	20 %	40 %	0 %	478464116
131	NC_020976	TTGAA	2	10	182155	182164	40 %	40 %	20 %	0 %	478464117
132	NC_020976	TGAGT	2	10	182969	182978	20 %	40 %	40 %	0 %	478464117
133	NC_020976	AGGGG	2	10	183166	183175	20 %	0 %	80 %	0 %	478464117
134	NC_020976	TTGAG	2	10	183716	183725	20 %	40 %	40 %	0 %	478464118
135	NC_020976	ATAGA	2	10	183738	183747	60 %	20 %	20 %	0 %	478464118
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