MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/LST high quality draft genome sequence

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020975	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478471161
2	NC_020975	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478471165
3	NC_020975	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478471171
4	NC_020975	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478471171
5	NC_020975	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478471172
6	NC_020975	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478471175
7	NC_020975	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478471178
8	NC_020975	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478471180
9	NC_020975	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478471181
10	NC_020975	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471193
11	NC_020975	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478471194
12	NC_020975	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478471194
13	NC_020975	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478471200
14	NC_020975	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478471207
15	NC_020975	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471207
16	NC_020975	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478471209
17	NC_020975	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478471210
18	NC_020975	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471211
19	NC_020975	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471211
20	NC_020975	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478471211
21	NC_020975	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478471212
22	NC_020975	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478471214
23	NC_020975	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478471221
24	NC_020975	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478471222
25	NC_020975	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478471223
26	NC_020975	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478471223
27	NC_020975	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478471224
28	NC_020975	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471227
29	NC_020975	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478471230
30	NC_020975	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478471234
31	NC_020975	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478471239
32	NC_020975	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478471240
33	NC_020975	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478471242
34	NC_020975	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478471242
35	NC_020975	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471244
36	NC_020975	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478471249
37	NC_020975	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478471252
38	NC_020975	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478471254
39	NC_020975	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478471256
40	NC_020975	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478471261
41	NC_020975	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471263
42	NC_020975	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478471263
43	NC_020975	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478471264
44	NC_020975	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478471265
45	NC_020975	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478471265
46	NC_020975	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478471265
47	NC_020975	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478471272
48	NC_020975	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478471273
49	NC_020975	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478471282
50	NC_020975	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478471285
51	NC_020975	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478471286
52	NC_020975	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471286
53	NC_020975	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478471289
54	NC_020975	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478471291
55	NC_020975	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478471291
56	NC_020975	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478471295
57	NC_020975	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478471296
58	NC_020975	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478471298
59	NC_020975	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478471299
60	NC_020975	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478471300
61	NC_020975	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478471303
62	NC_020975	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478471309
63	NC_020975	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478471310
64	NC_020975	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478471323
65	NC_020975	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478471325
66	NC_020975	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478471325
67	NC_020975	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478471331
68	NC_020975	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478471344
69	NC_020975	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478471344
70	NC_020975	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478471351
71	NC_020975	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478471352
72	NC_020975	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478471352
73	NC_020975	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478471355
74	NC_020975	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478471355
75	NC_020975	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478471356
76	NC_020975	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478471358
77	NC_020975	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478471363
78	NC_020975	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478471364
79	NC_020975	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478471383
80	NC_020975	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478471388
81	NC_020975	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478471395
82	NC_020975	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478471395
83	NC_020975	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478471398
84	NC_020975	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478471400
85	NC_020975	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478471402
86	NC_020975	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478471404
87	NC_020975	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478471404
88	NC_020975	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478471407
89	NC_020975	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478471413
90	NC_020975	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478471414
91	NC_020975	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478471416
92	NC_020975	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478471418
93	NC_020975	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478471420
94	NC_020975	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478471423
95	NC_020975	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478471424
96	NC_020975	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478471426
97	NC_020975	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478471427
98	NC_020975	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478471429
99	NC_020975	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478471434
100	NC_020975	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478471435
101	NC_020975	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478471438
102	NC_020975	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478471440
103	NC_020975	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478471442
104	NC_020975	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478471461
105	NC_020975	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478471466
106	NC_020975	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478471466
107	NC_020975	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478471474
108	NC_020975	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478471487
109	NC_020975	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478471489
110	NC_020975	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478471492
111	NC_020975	ACTGAA	2	12	380593	380604	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478471492
112	NC_020975	CTGCAC	2	12	380786	380797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478471492
113	NC_020975	TCCATA	2	12	391145	391156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478471501
114	NC_020975	TTAGGT	2	12	392496	392507	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478471503
115	NC_020975	AGGGAA	2	12	393822	393833	50 %	0 %	50 %	0 %	478471504
116	NC_020975	CTGAAG	2	12	394657	394668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478471505
117	NC_020975	TAATCT	2	12	400077	400088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478471508
118	NC_020975	GAACAA	2	12	400579	400590	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478471509
119	NC_020975	CTAAAG	2	12	400962	400973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478471510
120	NC_020975	CCTTTC	2	12	402126	402137	0 %	50 %	0 %	50 %	478471511
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215	NC_020975	ATGCAA	2	12	761629	761640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478471835
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224	NC_020975	TTTCTT	2	12	795539	795550	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478471863
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227	NC_020975	TAGCCT	2	12	803972	803983	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478471869
228	NC_020975	CACCTA	2	12	818534	818545	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478471879
229	NC_020975	AAGAGG	2	12	824414	824425	50 %	0 %	50 %	0 %	478471883
230	NC_020975	GAAAGG	2	12	829291	829302	50 %	0 %	50 %	0 %	478471888
231	NC_020975	AGCTTC	2	12	830745	830756	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478471889
232	NC_020975	ATCACA	2	12	834849	834860	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478471894
233	NC_020975	GATCCG	2	12	839458	839469	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478471898
234	NC_020975	TTATGC	2	12	846408	846419	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478471904
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.