MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/LST high quality draft genome sequence

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020975	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020975	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020975	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020975	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020975	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020975	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020975	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020975	AAAAG	2	10	69595	69604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020975	CTTGC	2	10	72538	72547	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020975	AAAAG	2	10	77288	77297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020975	ATCAA	2	10	78986	78995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020975	TTTGT	2	10	85725	85734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020975	AATAA	2	10	88724	88733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020975	CTTTT	2	10	94796	94805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020975	ACAAA	2	10	98342	98351	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020975	GCTCT	2	10	114622	114631	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020975	TTGCA	2	10	137674	137683	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020975	AAGAG	2	10	138926	138935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020975	AAAAG	2	10	142147	142156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020975	CAAAA	2	10	162401	162410	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020975	AGAAA	2	10	183333	183342	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020975	CGATA	2	10	188578	188587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020975	CTAAG	2	10	199271	199280	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020975	ATTTC	2	10	217799	217808	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020975	CAATA	2	10	220922	220931	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020975	TACAA	2	10	244633	244642	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020975	TTTCA	2	10	260762	260771	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020975	AAAGC	2	10	295588	295597	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020975	TGTTT	2	10	298467	298476	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020975	GCAAC	2	10	330492	330501	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020975	CTTGT	2	10	330552	330561	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020975	CCTTT	2	10	331011	331020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020975	AAGGC	2	10	358765	358774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020975	GCTTC	2	10	360874	360883	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020975	AGTAG	2	10	360951	360960	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020975	TCTCT	2	10	364523	364532	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020975	AACAA	2	10	364906	364915	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020975	AAAAC	2	10	365230	365239	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020975	AAGCG	2	10	400745	400754	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020975	TATCT	2	10	406273	406282	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020975	GTATA	2	10	412992	413001	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020975	AGCAA	2	10	413028	413037	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020975	AAAAT	2	10	414877	414886	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020975	CTCTT	2	10	424946	424955	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020975	TAAAA	2	10	427488	427497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020975	AGAAA	2	10	433162	433171	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020975	CTCTT	2	10	433201	433210	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020975	GAAGA	2	10	433211	433220	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020975	AAATT	2	10	433490	433499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020975	AATTT	2	10	433511	433520	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020975	TAAAA	2	10	461723	461732	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020975	CAAAA	2	10	482130	482139	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020975	AATCT	2	10	499473	499482	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020975	CTTCT	2	10	499686	499695	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020975	TTTCT	2	10	505073	505082	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020975	CCTTT	2	10	506082	506091	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020975	TAAAA	2	10	511097	511106	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020975	AGGAA	2	10	513081	513090	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020975	ATGAA	2	10	513104	513113	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020975	TCCTC	2	10	514203	514212	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020975	TTGGA	2	10	520544	520553	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020975	CAAAA	2	10	521310	521319	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020975	TTTTC	2	10	533338	533347	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020975	AAAAG	2	10	554605	554614	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020975	GAAAA	2	10	561787	561796	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020975	ATTTT	2	10	563224	563233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020975	ATACT	2	10	569297	569306	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020975	TCCCC	2	10	572090	572099	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_020975	AAAGG	2	10	578253	578262	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020975	TTTCC	2	10	625870	625879	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020975	TTATT	2	10	645599	645608	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020975	TCGTC	2	10	646702	646711	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020975	AGAAA	2	10	679267	679276	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020975	TTTAT	2	10	694264	694273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020975	TCATG	2	10	694459	694468	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020975	AAAAC	2	10	698571	698580	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020975	GAAAA	2	10	703921	703930	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020975	TTATT	2	10	710983	710992	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020975	GAAGA	2	10	733885	733894	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020975	TTTCT	2	10	743396	743405	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020975	AGAAT	2	10	756694	756703	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020975	AGGGG	2	10	756925	756934	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020975	AAAAG	2	10	777508	777517	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020975	AGGTA	2	10	780907	780916	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020975	TCCTT	2	10	782090	782099	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020975	CTCCA	2	10	782244	782253	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_020975	TTTCT	2	10	801504	801513	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020975	AGAAA	2	10	810036	810045	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020975	AAGAG	2	10	821876	821885	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020975	AGAAA	2	10	860563	860572	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020975	TAGAA	2	10	886725	886734	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020975	CTTTT	2	10	902759	902768	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020975	TTTTA	2	10	903504	903513	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020975	AGAGC	2	10	905792	905801	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020975	AAGAG	2	10	925462	925471	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020975	GCTAG	2	10	925488	925497	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020975	TCGTT	2	10	933874	933883	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020975	TTCTT	2	10	936831	936840	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020975	GCCTG	2	10	953190	953199	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_020975	CTTCA	2	10	958671	958680	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020975	CTAGT	2	10	965530	965539	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020975	TAAAA	2	10	981525	981534	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020975	ATAAA	2	10	981556	981565	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020975	TATTT	2	10	1005123	1005132	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020975	TAGAA	2	10	1016547	1016556	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020975	TTTTC	2	10	1034868	1034877	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020975	TTTTA	2	10	1038849	1038858	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.