MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/LST high quality draft genome sequence

Total Repeats: 648

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020975	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478471164
2	NC_020975	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478471165
3	NC_020975	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478471165
4	NC_020975	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478471165
5	NC_020975	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478471165
6	NC_020975	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478471166
7	NC_020975	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478471168
8	NC_020975	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478471169
9	NC_020975	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478471170
10	NC_020975	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478471171
11	NC_020975	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478471171
12	NC_020975	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478471172
13	NC_020975	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478471173
14	NC_020975	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478471175
15	NC_020975	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478471176
16	NC_020975	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478471176
17	NC_020975	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478471176
18	NC_020975	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478471179
19	NC_020975	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478471180
20	NC_020975	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478471180
21	NC_020975	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478471180
22	NC_020975	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478471181
23	NC_020975	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478471182
24	NC_020975	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478471182
25	NC_020975	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478471184
26	NC_020975	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478471184
27	NC_020975	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478471185
28	NC_020975	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478471186
29	NC_020975	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478471187
30	NC_020975	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478471193
31	NC_020975	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478471193
32	NC_020975	ACGAT	2	10	38695	38704	40 %	20 %	20 %	20 %	478471194
33	NC_020975	AATTT	2	10	39586	39595	40 %	60 %	0 %	0 %	478471195
34	NC_020975	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478471197
35	NC_020975	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478471197
36	NC_020975	TTTAT	2	10	44770	44779	20 %	80 %	0 %	0 %	478471200
37	NC_020975	CTTTC	2	10	46866	46875	0 %	60 %	0 %	40 %	478471202
38	NC_020975	AGTTT	2	10	47405	47414	20 %	60 %	20 %	0 %	478471202
39	NC_020975	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478471205
40	NC_020975	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478471208
41	NC_020975	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478471209
42	NC_020975	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478471210
43	NC_020975	GAGCA	2	10	60379	60388	40 %	0 %	40 %	20 %	478471212
44	NC_020975	TGTGA	2	10	62828	62837	20 %	40 %	40 %	0 %	478471214
45	NC_020975	AGTGA	2	10	64349	64358	40 %	20 %	40 %	0 %	478471215
46	NC_020975	CCTTC	2	10	64623	64632	0 %	40 %	0 %	60 %	478471215
47	NC_020975	AGGAG	2	10	66851	66860	40 %	0 %	60 %	0 %	478471217
48	NC_020975	GTTAA	2	10	66981	66990	40 %	40 %	20 %	0 %	478471217
49	NC_020975	CAAGC	2	10	69347	69356	40 %	0 %	20 %	40 %	478471219
50	NC_020975	GGAGC	2	10	70217	70226	20 %	0 %	60 %	20 %	478471220
51	NC_020975	GCGAT	2	10	70407	70416	20 %	20 %	40 %	20 %	478471220
52	NC_020975	CTCTT	2	10	70761	70770	0 %	60 %	0 %	40 %	478471220
53	NC_020975	AGGGG	2	10	71407	71416	20 %	0 %	80 %	0 %	478471220
54	NC_020975	AAGAA	2	10	71449	71458	80 %	0 %	20 %	0 %	478471220
55	NC_020975	ATTGG	2	10	72739	72748	20 %	40 %	40 %	0 %	478471222
56	NC_020975	GAAAA	2	10	73811	73820	80 %	0 %	20 %	0 %	478471222
57	NC_020975	TGGGA	2	10	74228	74237	20 %	20 %	60 %	0 %	478471223
58	NC_020975	TATTT	2	10	76755	76764	20 %	80 %	0 %	0 %	478471224
59	NC_020975	TGTCT	2	10	80550	80559	0 %	60 %	20 %	20 %	478471227
60	NC_020975	TTACT	2	10	81057	81066	20 %	60 %	0 %	20 %	478471227
61	NC_020975	AGAAA	2	10	82447	82456	80 %	0 %	20 %	0 %	478471229
62	NC_020975	GGAAG	2	10	82960	82969	40 %	0 %	60 %	0 %	478471229
63	NC_020975	AGCGA	2	10	85426	85435	40 %	0 %	40 %	20 %	478471231
64	NC_020975	GATCC	2	10	86511	86520	20 %	20 %	20 %	40 %	478471232
65	NC_020975	AGAGC	2	10	87846	87855	40 %	0 %	40 %	20 %	478471233
66	NC_020975	TTTTC	2	10	91578	91587	0 %	80 %	0 %	20 %	478471236
67	NC_020975	GGATG	2	10	91838	91847	20 %	20 %	60 %	0 %	478471237
68	NC_020975	CAACA	2	10	93377	93386	60 %	0 %	0 %	40 %	478471238
69	NC_020975	ACAGC	2	10	94422	94431	40 %	0 %	20 %	40 %	478471239
70	NC_020975	GGAAC	2	10	95134	95143	40 %	0 %	40 %	20 %	478471240
71	NC_020975	GGATT	2	10	96034	96043	20 %	40 %	40 %	0 %	478471240
72	NC_020975	CAATC	2	10	97136	97145	40 %	20 %	0 %	40 %	478471242
73	NC_020975	TTTGC	2	10	97270	97279	0 %	60 %	20 %	20 %	478471242
74	NC_020975	ATTCA	2	10	97534	97543	40 %	40 %	0 %	20 %	478471242
75	NC_020975	GATCC	2	10	97793	97802	20 %	20 %	20 %	40 %	478471242
76	NC_020975	GTTTT	2	10	98214	98223	0 %	80 %	20 %	0 %	478471242
77	NC_020975	AAGCT	2	10	99419	99428	40 %	20 %	20 %	20 %	478471243
78	NC_020975	AGGGG	2	10	99778	99787	20 %	0 %	80 %	0 %	478471243
79	NC_020975	ATAGC	2	10	100471	100480	40 %	20 %	20 %	20 %	478471244
80	NC_020975	TTCCC	2	10	101075	101084	0 %	40 %	0 %	60 %	478471245
81	NC_020975	AGCGA	2	10	103399	103408	40 %	0 %	40 %	20 %	478471247
82	NC_020975	TTTCT	2	10	103757	103766	0 %	80 %	0 %	20 %	478471247
83	NC_020975	CTTCT	2	10	103811	103820	0 %	60 %	0 %	40 %	478471247
84	NC_020975	ATCAT	2	10	104963	104972	40 %	40 %	0 %	20 %	478471248
85	NC_020975	GGCAT	2	10	105671	105680	20 %	20 %	40 %	20 %	478471248
86	NC_020975	AAAGC	2	10	109397	109406	60 %	0 %	20 %	20 %	478471251
87	NC_020975	GCATT	2	10	110557	110566	20 %	40 %	20 %	20 %	478471253
88	NC_020975	TGTTT	2	10	115246	115255	0 %	80 %	20 %	0 %	478471256
89	NC_020975	CATGT	2	10	115624	115633	20 %	40 %	20 %	20 %	478471256
90	NC_020975	TATCG	2	10	116328	116337	20 %	40 %	20 %	20 %	478471256
91	NC_020975	TTTCT	2	10	116844	116853	0 %	80 %	0 %	20 %	478471257
92	NC_020975	GGAGA	2	10	117040	117049	40 %	0 %	60 %	0 %	478471257
93	NC_020975	AAAGA	2	10	119091	119100	80 %	0 %	20 %	0 %	478471260
94	NC_020975	CCAAT	2	10	122054	122063	40 %	20 %	0 %	40 %	478471263
95	NC_020975	GCTTC	2	10	123155	123164	0 %	40 %	20 %	40 %	478471263
96	NC_020975	TACAA	2	10	126944	126953	60 %	20 %	0 %	20 %	478471267
97	NC_020975	ATCCA	2	10	129351	129360	40 %	20 %	0 %	40 %	478471271
98	NC_020975	GAAGA	2	10	130901	130910	60 %	0 %	40 %	0 %	478471271
99	NC_020975	AAAAG	2	10	132813	132822	80 %	0 %	20 %	0 %	478471272
100	NC_020975	GATTC	2	10	133144	133153	20 %	40 %	20 %	20 %	478471272
101	NC_020975	GGATA	2	10	135762	135771	40 %	20 %	40 %	0 %	478471274
102	NC_020975	ATTGT	2	10	136459	136468	20 %	60 %	20 %	0 %	478471275
103	NC_020975	TCCAG	2	10	140631	140640	20 %	20 %	20 %	40 %	478471282
104	NC_020975	GTACA	2	10	141362	141371	40 %	20 %	20 %	20 %	478471283
105	NC_020975	TAGAT	2	10	141735	141744	40 %	40 %	20 %	0 %	478471283
106	NC_020975	AAAAC	2	10	142627	142636	80 %	0 %	0 %	20 %	478471284
107	NC_020975	TGCTA	2	10	143713	143722	20 %	40 %	20 %	20 %	478471286
108	NC_020975	GGAGC	2	10	143760	143769	20 %	0 %	60 %	20 %	478471286
109	NC_020975	CTGGG	2	10	145175	145184	0 %	20 %	60 %	20 %	478471288
110	NC_020975	GTTTT	2	10	145922	145931	0 %	80 %	20 %	0 %	478471289
111	NC_020975	GAACC	2	10	149656	149665	40 %	0 %	20 %	40 %	478471290
112	NC_020975	ATTCT	2	10	153153	153162	20 %	60 %	0 %	20 %	478471294
113	NC_020975	CTGTG	2	10	153357	153366	0 %	40 %	40 %	20 %	478471294
114	NC_020975	TTCTT	2	10	155830	155839	0 %	80 %	0 %	20 %	478471297
115	NC_020975	AGGAA	2	10	160389	160398	60 %	0 %	40 %	0 %	478471301
116	NC_020975	AGAGA	2	10	163629	163638	60 %	0 %	40 %	0 %	478471304
117	NC_020975	AGCAA	2	10	164064	164073	60 %	0 %	20 %	20 %	478471304
118	NC_020975	TATGA	2	10	164488	164497	40 %	40 %	20 %	0 %	478471305
119	NC_020975	CAAAA	2	10	167567	167576	80 %	0 %	0 %	20 %	478471306
120	NC_020975	AAGAG	2	10	168400	168409	60 %	0 %	40 %	0 %	478471306
121	NC_020975	GATTG	2	10	168745	168754	20 %	40 %	40 %	0 %	478471306
122	NC_020975	GTTTT	2	10	175224	175233	0 %	80 %	20 %	0 %	478471310
123	NC_020975	TATTG	2	10	175247	175256	20 %	60 %	20 %	0 %	478471310
124	NC_020975	CAGCA	2	10	175606	175615	40 %	0 %	20 %	40 %	478471310
125	NC_020975	TAGGA	2	10	175911	175920	40 %	20 %	40 %	0 %	478471311
126	NC_020975	TGATT	2	10	177838	177847	20 %	60 %	20 %	0 %	478471312
127	NC_020975	TCAAT	2	10	178479	178488	40 %	40 %	0 %	20 %	478471312
128	NC_020975	TTTTC	2	10	178518	178527	0 %	80 %	0 %	20 %	478471312
129	NC_020975	GGAAT	2	10	180077	180086	40 %	20 %	40 %	0 %	478471314
130	NC_020975	AGAGT	2	10	181464	181473	40 %	20 %	40 %	0 %	478471315
131	NC_020975	TTGAA	2	10	182154	182163	40 %	40 %	20 %	0 %	478471316
132	NC_020975	TGAGT	2	10	182968	182977	20 %	40 %	40 %	0 %	478471316
133	NC_020975	AGGGG	2	10	183165	183174	20 %	0 %	80 %	0 %	478471316
134	NC_020975	TTGAG	2	10	183715	183724	20 %	40 %	40 %	0 %	478471317
135	NC_020975	ATAGA	2	10	183737	183746	60 %	20 %	20 %	0 %	478471317
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