MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/LST high quality draft genome sequence

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020975	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020975	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020975	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020975	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020975	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020975	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020975	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020975	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020975	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020975	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020975	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020975	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020975	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020975	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020975	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020975	TGTT	2	8	44345	44352	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020975	AATA	2	8	44583	44590	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020975	AAGT	2	8	48505	48512	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020975	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020975	GTTT	2	8	54628	54635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020975	TGTT	2	8	54636	54643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020975	TAAT	2	8	54680	54687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020975	CAGA	2	8	61351	61358	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020975	ACAA	2	8	67995	68002	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020975	AAGG	2	8	68093	68100	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020975	GATA	2	8	72562	72569	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020975	TCTA	2	8	77221	77228	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020975	GTTT	2	8	79995	80002	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020975	GGTT	2	8	80350	80357	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020975	GTTT	2	8	88657	88664	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020975	TTTA	2	8	88680	88687	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020975	GTTT	2	8	88692	88699	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020975	GTTT	2	8	88743	88750	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020975	AACA	2	8	88756	88763	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020975	GAAT	2	8	91010	91017	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020975	AAGT	2	8	91042	91049	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020975	AAAT	2	8	94288	94295	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020975	CATT	2	8	94935	94942	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020975	TATT	2	8	98319	98326	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020975	GATA	2	8	100208	100215	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020975	AAGA	2	8	107301	107308	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020975	CTGG	2	8	121015	121022	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020975	TTCC	2	8	123212	123219	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020975	GTTT	2	8	135589	135596	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020975	ATCT	2	8	152308	152315	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020975	GCTG	2	8	152347	152354	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020975	TGTT	2	8	157922	157929	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020975	AAAG	2	8	158764	158771	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020975	TTTA	2	8	158773	158780	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020975	TAAT	2	8	158890	158897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020975	TAAT	2	8	159726	159733	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020975	GCTT	2	8	162371	162378	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020975	CTTC	2	8	166442	166449	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_020975	TTAG	2	8	170850	170857	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020975	AAAC	2	8	172597	172604	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020975	GTAT	2	8	173779	173786	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020975	GGAA	2	8	178965	178972	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020975	TTGA	2	8	180151	180158	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020975	TTCC	2	8	181798	181805	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020975	TCTA	2	8	181866	181873	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020975	AATT	2	8	182000	182007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020975	AAGA	2	8	183354	183361	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020975	TCGC	2	8	184216	184223	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020975	AAAC	2	8	188660	188667	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020975	GGAC	2	8	189019	189026	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020975	CTTT	2	8	190231	190238	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020975	ACGA	2	8	199105	199112	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020975	GAAA	2	8	199391	199398	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020975	TAAA	2	8	200191	200198	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020975	CCTT	2	8	212525	212532	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_020975	CTAT	2	8	216251	216258	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020975	GCAA	2	8	216495	216502	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020975	AATT	2	8	217832	217839	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020975	CTTG	2	8	218181	218188	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020975	AAAC	2	8	221911	221918	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020975	TCCT	2	8	224535	224542	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020975	AAAT	2	8	240150	240157	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020975	AAGA	2	8	240169	240176	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020975	TTTC	2	8	242770	242777	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_020975	TAAA	2	8	243604	243611	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020975	AATA	2	8	247263	247270	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020975	GCAG	2	8	248925	248932	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020975	CCAA	2	8	250856	250863	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020975	AAAC	2	8	251464	251471	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020975	TAAA	2	8	260872	260879	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020975	CAAA	2	8	263807	263814	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020975	ATTT	2	8	270317	270324	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020975	GTTT	2	8	276159	276166	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020975	AAAG	2	8	276194	276201	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020975	TGCC	2	8	276682	276689	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020975	GGGA	2	8	280530	280537	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020975	TAAA	2	8	281672	281679	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020975	GATA	2	8	283333	283340	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020975	AATC	2	8	288458	288465	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020975	ACAA	2	8	294225	294232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020975	GCTT	2	8	295555	295562	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020975	CCCT	2	8	296122	296129	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020975	ACTA	2	8	298371	298378	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020975	TAAA	2	8	298594	298601	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020975	TCCA	2	8	301753	301760	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020975	TCCC	2	8	301955	301962	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020975	ATTG	2	8	303139	303146	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020975	AATA	2	8	314528	314535	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020975	TAAA	2	8	314549	314556	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020975	CAGA	2	8	314557	314564	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020975	AATA	2	8	314624	314631	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020975	AATT	2	8	318540	318547	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020975	GCTA	2	8	324926	324933	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020975	TTAA	2	8	330269	330276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020975	CAGT	2	8	330614	330621	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020975	CAAG	2	8	336803	336810	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020975	CGAT	2	8	345012	345019	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020975	TTTA	2	8	360309	360316	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020975	CAAA	2	8	360603	360610	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020975	TAGT	2	8	360912	360919	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020975	GCTT	2	8	364965	364972	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020975	TAAA	2	8	365245	365252	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020975	AAAT	2	8	366164	366171	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020975	ATCT	2	8	366219	366226	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020975	TAAA	2	8	377998	378005	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020975	TTTA	2	8	387966	387973	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020975	GATT	2	8	388725	388732	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020975	AATT	2	8	388774	388781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020975	ATAA	2	8	388834	388841	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020975	TTAT	2	8	392167	392174	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020975	GCAA	2	8	392213	392220	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020975	TCAT	2	8	401510	401517	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020975	CAAA	2	8	403646	403653	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020975	ATTT	2	8	413063	413070	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020975	AGAA	2	8	413073	413080	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020975	ATTA	2	8	414862	414869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020975	GTAA	2	8	423257	423264	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020975	GAAA	2	8	423306	423313	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020975	TTCT	2	8	424925	424932	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020975	AACT	2	8	427157	427164	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020975	CAAA	2	8	427504	427511	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020975	ACTC	2	8	432195	432202	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020975	AAAC	2	8	437227	437234	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020975	AAAT	2	8	437369	437376	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020975	TAAC	2	8	439935	439942	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020975	AATT	2	8	444799	444806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020975	AAAC	2	8	444812	444819	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020975	CTTC	2	8	444954	444961	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020975	TCTT	2	8	450619	450626	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020975	TAAT	2	8	450632	450639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020975	GCAA	2	8	454286	454293	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020975	CTTT	2	8	461835	461842	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020975	TTCT	2	8	463276	463283	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020975	CAAA	2	8	463301	463308	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020975	AGAA	2	8	482331	482338	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020975	AACA	2	8	485928	485935	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020975	TAAA	2	8	485991	485998	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.