MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN complete genome

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020974	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020974	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020974	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020974	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020974	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020974	CTATT	2	10	50121	50130	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020974	AATTT	2	10	54647	54656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020974	AAAAG	2	10	69610	69619	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020974	CTTGC	2	10	72553	72562	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020974	AAAAG	2	10	77303	77312	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020974	ATCAA	2	10	79001	79010	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020974	TTTGT	2	10	85740	85749	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020974	AATAA	2	10	88739	88748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020974	CTTTT	2	10	94811	94820	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020974	ACAAA	2	10	98357	98366	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020974	GCTCT	2	10	114637	114646	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020974	TTGCA	2	10	137689	137698	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020974	AAGAG	2	10	138941	138950	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020974	AAAAG	2	10	142162	142171	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020974	TTCTA	2	10	157948	157957	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020974	CAAAA	2	10	162414	162423	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020974	AGAAA	2	10	183298	183307	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020974	CGATA	2	10	188542	188551	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020974	CTAAG	2	10	199244	199253	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020974	ATTTC	2	10	217772	217781	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020974	CAATA	2	10	220895	220904	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020974	TACAA	2	10	244606	244615	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020974	TTTCA	2	10	260735	260744	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020974	AAAGC	2	10	295561	295570	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020974	TGTTT	2	10	298440	298449	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020974	GCAAC	2	10	330467	330476	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_020974	CTTGT	2	10	330527	330536	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020974	CCTTT	2	10	330988	330997	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020974	AAGGC	2	10	358742	358751	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020974	GCTTC	2	10	360852	360861	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020974	AGTAG	2	10	360929	360938	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020974	TCTCT	2	10	364501	364510	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_020974	AACAA	2	10	364884	364893	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020974	AAAAC	2	10	365208	365217	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020974	AAGCG	2	10	400687	400696	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020974	TATCT	2	10	406215	406224	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020974	GTATA	2	10	412934	412943	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020974	AGCAA	2	10	412970	412979	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020974	AAAAT	2	10	414819	414828	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020974	CTCTT	2	10	424888	424897	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_020974	TAAAA	2	10	427430	427439	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020974	AGAAA	2	10	433104	433113	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020974	CTCTT	2	10	433143	433152	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_020974	GAAGA	2	10	433153	433162	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020974	AAATT	2	10	433432	433441	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020974	AATTT	2	10	433453	433462	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020974	TAAAA	2	10	461665	461674	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020974	CAAAA	2	10	482072	482081	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020974	AATCT	2	10	499414	499423	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020974	CTTCT	2	10	499627	499636	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_020974	TTTCT	2	10	505014	505023	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020974	CCTTT	2	10	506023	506032	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_020974	TAAAA	2	10	511038	511047	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020974	AGGAA	2	10	513022	513031	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020974	ATGAA	2	10	513045	513054	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020974	TCCTC	2	10	514144	514153	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_020974	TTGGA	2	10	520485	520494	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020974	CAAAA	2	10	521251	521260	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020974	TTTTC	2	10	533745	533754	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020974	AAAAG	2	10	554999	555008	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020974	GAAAA	2	10	562181	562190	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020974	ATTTT	2	10	563618	563627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020974	ATACT	2	10	569691	569700	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020974	TCCCC	2	10	572484	572493	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020974	AAAGG	2	10	578647	578656	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020974	TTTCC	2	10	626265	626274	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020974	TTATT	2	10	645994	646003	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020974	TCGTC	2	10	647097	647106	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020974	AGAAA	2	10	679664	679673	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020974	TTTAT	2	10	694661	694670	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020974	TCATG	2	10	694856	694865	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020974	AAAAC	2	10	698967	698976	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020974	GAAAA	2	10	704317	704326	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020974	TTATT	2	10	711379	711388	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020974	GAAGA	2	10	734281	734290	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020974	TTTCT	2	10	743794	743803	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020974	AGAAT	2	10	757092	757101	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020974	AGGGG	2	10	757323	757332	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020974	AAAAG	2	10	777913	777922	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020974	AGGTA	2	10	781312	781321	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020974	TCCTT	2	10	782495	782504	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_020974	CTCCA	2	10	782649	782658	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_020974	TTTCT	2	10	801920	801929	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020974	AGAAA	2	10	810452	810461	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020974	AAGAG	2	10	822292	822301	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020974	CTTTT	2	10	856616	856625	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020974	AGAAA	2	10	860967	860976	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020974	CTTTT	2	10	878660	878669	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020974	TAGAA	2	10	887129	887138	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020974	CTTTT	2	10	903163	903172	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020974	TTTTA	2	10	903908	903917	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020974	AGAGC	2	10	906196	906205	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020974	AAGAG	2	10	925866	925875	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020974	GCTAG	2	10	925892	925901	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020974	TCGTT	2	10	934278	934287	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020974	TTCTT	2	10	937235	937244	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020974	GCCTG	2	10	953594	953603	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020974	CTTCA	2	10	959075	959084	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020974	CTAGT	2	10	965933	965942	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020974	TAAAA	2	10	981928	981937	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020974	ATAAA	2	10	981959	981968	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020974	TATTT	2	10	1005526	1005535	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020974	TAGAA	2	10	1016950	1016959	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020974	TTAGA	2	10	1021590	1021599	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020974	TTTTC	2	10	1035249	1035258	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020974	TTTTA	2	10	1039230	1039239	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.