MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN complete genome

Total Repeats: 345

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020974	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020974	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020974	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020974	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020974	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020974	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020974	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020974	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020974	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020974	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020974	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020974	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020974	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020974	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020974	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020974	TGTT	2	8	44345	44352	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020974	AATA	2	8	44583	44590	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020974	AAGT	2	8	48505	48512	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020974	TATT	2	8	52771	52778	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020974	GTTT	2	8	54631	54638	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020974	TGTT	2	8	54639	54646	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020974	TAAT	2	8	54683	54690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020974	ACAA	2	8	68010	68017	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020974	AAGG	2	8	68108	68115	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020974	GATA	2	8	72577	72584	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020974	TCTA	2	8	77236	77243	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020974	GTTT	2	8	80010	80017	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020974	GGTT	2	8	80365	80372	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020974	GTTT	2	8	88672	88679	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020974	TTTA	2	8	88695	88702	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020974	GTTT	2	8	88707	88714	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020974	GTTT	2	8	88758	88765	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020974	AACA	2	8	88771	88778	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_020974	GAAT	2	8	91025	91032	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020974	AAGT	2	8	91057	91064	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020974	AAAT	2	8	94303	94310	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020974	CATT	2	8	94950	94957	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020974	TATT	2	8	98334	98341	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020974	GATA	2	8	100223	100230	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020974	AAGA	2	8	107316	107323	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020974	CTGG	2	8	121030	121037	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020974	TTCC	2	8	123227	123234	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_020974	GTTT	2	8	135604	135611	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020974	ATCT	2	8	152321	152328	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020974	GCTG	2	8	152360	152367	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020974	TGTT	2	8	157935	157942	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020974	AAAG	2	8	158777	158784	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020974	TTTA	2	8	158786	158793	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020974	TAAT	2	8	158903	158910	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020974	TAAT	2	8	159739	159746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020974	GCTT	2	8	162384	162391	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020974	CTTC	2	8	166455	166462	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020974	TTAG	2	8	170863	170870	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020974	AAAC	2	8	172610	172617	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020974	GTAT	2	8	173792	173799	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020974	GGAA	2	8	178978	178985	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020974	TTGA	2	8	180113	180120	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020974	TTCC	2	8	181760	181767	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020974	TCTA	2	8	181828	181835	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_020974	AATT	2	8	181962	181969	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020974	AAGA	2	8	183319	183326	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020974	TCGC	2	8	184181	184188	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020974	AAAC	2	8	188624	188631	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020974	GGAC	2	8	188983	188990	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020974	CTTT	2	8	190195	190202	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020974	ACGA	2	8	199078	199085	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020974	GAAA	2	8	199364	199371	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020974	TAAA	2	8	200164	200171	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020974	CCTT	2	8	212498	212505	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020974	CTAT	2	8	216224	216231	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020974	GCAA	2	8	216468	216475	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020974	AATT	2	8	217805	217812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020974	CTTG	2	8	218154	218161	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020974	AAAC	2	8	221884	221891	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020974	TCCT	2	8	224508	224515	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_020974	AAAT	2	8	240123	240130	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020974	AAGA	2	8	240142	240149	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020974	TTTC	2	8	242743	242750	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_020974	TAAA	2	8	243577	243584	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020974	AATA	2	8	247236	247243	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020974	GCAG	2	8	248898	248905	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_020974	CCAA	2	8	250829	250836	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020974	AAAC	2	8	251437	251444	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020974	TAAA	2	8	260845	260852	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020974	CAAA	2	8	263780	263787	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020974	ATTT	2	8	270290	270297	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020974	GTTT	2	8	276132	276139	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020974	AAAG	2	8	276167	276174	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020974	TGCC	2	8	276655	276662	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020974	GGGA	2	8	280503	280510	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020974	TAAA	2	8	281645	281652	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020974	GATA	2	8	283306	283313	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020974	AATC	2	8	288431	288438	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020974	ACAA	2	8	294198	294205	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020974	GCTT	2	8	295528	295535	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020974	CCCT	2	8	296095	296102	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020974	ACTA	2	8	298344	298351	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020974	TAAA	2	8	298567	298574	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020974	TCCA	2	8	301726	301733	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020974	TCCC	2	8	301928	301935	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_020974	ATTG	2	8	303112	303119	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020974	AATA	2	8	314501	314508	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020974	TAAA	2	8	314522	314529	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020974	CAGA	2	8	314530	314537	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020974	AATA	2	8	314597	314604	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020974	AATT	2	8	318513	318520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020974	GCTA	2	8	324901	324908	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020974	TTAA	2	8	330244	330251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020974	CAGT	2	8	330590	330597	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020974	CAAG	2	8	336780	336787	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020974	CGAT	2	8	344989	344996	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020974	ATCC	2	8	355414	355421	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_020974	TTTA	2	8	360286	360293	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020974	CAAA	2	8	360580	360587	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020974	TAGT	2	8	360890	360897	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020974	GCTT	2	8	364943	364950	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020974	TAAA	2	8	365223	365230	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020974	AAAT	2	8	366142	366149	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020974	ATCT	2	8	366197	366204	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020974	TAAA	2	8	377940	377947	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020974	TTTA	2	8	387908	387915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020974	GATT	2	8	388667	388674	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020974	AATT	2	8	388716	388723	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020974	ATAA	2	8	388776	388783	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020974	TTAT	2	8	392109	392116	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020974	GCAA	2	8	392155	392162	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020974	TCAT	2	8	401452	401459	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020974	CAAA	2	8	403588	403595	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020974	ATTT	2	8	413005	413012	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020974	AGAA	2	8	413015	413022	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020974	ATTA	2	8	414804	414811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020974	GTAA	2	8	423199	423206	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020974	GAAA	2	8	423248	423255	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020974	TTCT	2	8	424867	424874	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020974	AACT	2	8	427099	427106	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020974	CAAA	2	8	427446	427453	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020974	ACTC	2	8	432137	432144	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020974	AAAC	2	8	437169	437176	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020974	AAAT	2	8	437311	437318	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020974	TAAC	2	8	439877	439884	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020974	AATT	2	8	444741	444748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020974	AAAC	2	8	444754	444761	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020974	CTTC	2	8	444896	444903	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020974	TCTT	2	8	450561	450568	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020974	TAAT	2	8	450574	450581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020974	GCAA	2	8	454228	454235	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020974	CTTT	2	8	461777	461784	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020974	TTCT	2	8	463218	463225	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020974	CAAA	2	8	463243	463250	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020974	AGAA	2	8	482273	482280	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020974	AACA	2	8	485870	485877	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020974	TAAA	2	8	485933	485940	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.