MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN complete genome

Total Repeats: 14081

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020974	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463064
2	NC_020974	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463064
3	NC_020974	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
4	NC_020974	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463064
5	NC_020974	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463064
6	NC_020974	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
7	NC_020974	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463064
8	NC_020974	CAG	2	6	413	418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463064
9	NC_020974	GCT	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463064
10	NC_020974	ATT	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463064
11	NC_020974	GCC	2	6	601	606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478463064
12	NC_020974	TGC	2	6	660	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463064
13	NC_020974	ATT	2	6	672	677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463064
14	NC_020974	CGA	2	6	694	699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463064
15	NC_020974	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463064
16	NC_020974	GAA	2	6	883	888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463064
17	NC_020974	AGA	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463064
18	NC_020974	AGA	2	6	966	971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463064
19	NC_020974	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463064
20	NC_020974	TTG	2	6	1182	1187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463064
21	NC_020974	CTC	2	6	1211	1216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463064
22	NC_020974	GAT	2	6	1273	1278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
23	NC_020974	GAT	2	6	1327	1332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
24	NC_020974	ATG	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
25	NC_020974	CTT	2	6	1610	1615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463064
26	NC_020974	CAG	2	6	1675	1680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463064
27	NC_020974	TGA	2	6	1736	1741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463064
28	NC_020974	AAG	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020974	TGG	2	6	1833	1838	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020974	CTT	2	6	1840	1845	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020974	ATG	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463065
32	NC_020974	GTG	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463065
33	NC_020974	TCC	2	6	1948	1953	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463065
34	NC_020974	AGC	2	6	1962	1967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463065
35	NC_020974	AGC	2	6	1989	1994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463065
36	NC_020974	AAG	2	6	2000	2005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463065
37	NC_020974	TAC	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463065
38	NC_020974	GCT	2	6	2048	2053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463065
39	NC_020974	AAC	2	6	2146	2151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463065
40	NC_020974	AGA	2	6	2158	2163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463065
41	NC_020974	TAA	2	6	2248	2253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020974	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463066
43	NC_020974	ATC	2	6	2421	2426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463066
44	NC_020974	TGC	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463066
45	NC_020974	CAT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463066
46	NC_020974	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463066
47	NC_020974	AAG	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463066
48	NC_020974	GGA	2	6	2658	2663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463066
49	NC_020974	ATC	2	6	2787	2792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463067
50	NC_020974	ATA	2	6	2937	2942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463067
51	NC_020974	AAC	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478463067
52	NC_020974	GGT	2	6	3016	3021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463067
53	NC_020974	AAT	2	6	3122	3127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463067
54	NC_020974	TTC	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463067
55	NC_020974	GCA	2	6	3176	3181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463067
56	NC_020974	GGA	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463067
57	NC_020974	CAG	2	6	3243	3248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463067
58	NC_020974	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463067
59	NC_020974	GGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463067
60	NC_020974	AAG	2	6	3510	3515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463067
61	NC_020974	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463067
62	NC_020974	TTG	2	6	3624	3629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463067
63	NC_020974	AAG	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463067
64	NC_020974	AAG	2	6	3750	3755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463067
65	NC_020974	CAG	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463067
66	NC_020974	GCT	2	6	3863	3868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463067
67	NC_020974	AAG	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463067
68	NC_020974	CAG	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463067
69	NC_020974	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463067
70	NC_020974	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463067
71	NC_020974	ATT	2	6	4256	4261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463068
72	NC_020974	TGA	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463068
73	NC_020974	GTA	2	6	4518	4523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463068
74	NC_020974	AGA	2	6	4565	4570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463068
75	NC_020974	GAA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463068
76	NC_020974	CGT	2	6	4881	4886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463068
77	NC_020974	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463068
78	NC_020974	TGA	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463068
79	NC_020974	TTG	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463068
80	NC_020974	TTC	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463068
81	NC_020974	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463068
82	NC_020974	AGA	2	6	5417	5422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463068
83	NC_020974	GTT	2	6	5444	5449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463068
84	NC_020974	GGT	2	6	5492	5497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463068
85	NC_020974	CTC	2	6	5596	5601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463068
86	NC_020974	AGC	2	6	5627	5632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463068
87	NC_020974	GCA	2	6	5652	5657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_020974	AGA	2	6	5679	5684	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020974	ATT	2	6	5746	5751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463069
90	NC_020974	TCT	2	6	5764	5769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463069
91	NC_020974	GCT	2	6	5810	5815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463069
92	NC_020974	GAT	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478463069
93	NC_020974	ACG	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463069
94	NC_020974	GAA	2	6	5907	5912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463069
95	NC_020974	AGA	3	9	5984	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463069
96	NC_020974	GCT	2	6	5993	5998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463069
97	NC_020974	AGA	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463069
98	NC_020974	TGG	2	6	6038	6043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478463069
99	NC_020974	AGA	3	9	6056	6064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463069
100	NC_020974	GGA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463069
101	NC_020974	TCA	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463069
102	NC_020974	GGA	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463069
103	NC_020974	CTT	2	6	6347	6352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463069
104	NC_020974	CTG	2	6	6353	6358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463069
105	NC_020974	CAG	2	6	6508	6513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463069
106	NC_020974	CTT	2	6	6959	6964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020974	AGG	2	6	7037	7042	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463070
108	NC_020974	GAA	2	6	7081	7086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463070
109	NC_020974	GCA	2	6	7345	7350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463070
110	NC_020974	AAG	2	6	7386	7391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463070
111	NC_020974	TGC	2	6	7419	7424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463070
112	NC_020974	GAA	2	6	7674	7679	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020974	TTA	2	6	7751	7756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020974	GAA	2	6	7800	7805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020974	ATG	2	6	7836	7841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020974	TCG	2	6	7913	7918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463071
117	NC_020974	TCC	2	6	7956	7961	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478463071
118	NC_020974	GTT	2	6	8064	8069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463071
119	NC_020974	TTA	2	6	8434	8439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478463071
120	NC_020974	TTC	2	6	8757	8762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463071
121	NC_020974	GAA	2	6	8901	8906	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463072
122	NC_020974	ACC	2	6	9029	9034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478463072
123	NC_020974	CTT	2	6	9082	9087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478463072
124	NC_020974	GAG	2	6	9162	9167	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463072
125	NC_020974	ATA	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478463072
126	NC_020974	AGG	2	6	9203	9208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463072
127	NC_020974	GAA	2	6	9383	9388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463072
128	NC_020974	CAG	2	6	9399	9404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478463072
129	NC_020974	TGT	2	6	9470	9475	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463072
130	NC_020974	GAG	2	6	9485	9490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478463072
131	NC_020974	TAC	2	6	9553	9558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478463072
132	NC_020974	GTT	2	6	9657	9662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463072
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259	NC_020974	GCT	2	6	19390	19395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478463081
260	NC_020974	TGT	2	6	19524	19529	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478463081
261	NC_020974	GAA	2	6	19602	19607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478463081
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283	NC_020974	AGA	3	9	21251	21259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
284	NC_020974	TGG	2	6	21470	21475	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_020974	AAT	2	6	22020	22025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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