MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L1/224 complete genome

Total Repeats: 760

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020973	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478462168
2	NC_020973	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478462169
3	NC_020973	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478462169
4	NC_020973	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478462169
5	NC_020973	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478462169
6	NC_020973	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478462170
7	NC_020973	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020973	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478462172
9	NC_020973	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478462173
10	NC_020973	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478462174
11	NC_020973	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478462175
12	NC_020973	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478462175
13	NC_020973	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478462176
14	NC_020973	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478462177
15	NC_020973	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020973	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478462179
17	NC_020973	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478462180
18	NC_020973	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478462180
19	NC_020973	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478462180
20	NC_020973	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478462183
21	NC_020973	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478462184
22	NC_020973	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478462184
23	NC_020973	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478462184
24	NC_020973	AGAGG	2	10	26131	26140	40 %	0 %	60 %	0 %	478462185
25	NC_020973	GGAGA	2	10	27910	27919	40 %	0 %	60 %	0 %	478462186
26	NC_020973	GGATA	2	10	27936	27945	40 %	20 %	40 %	0 %	478462186
27	NC_020973	ATCCG	2	10	28661	28670	20 %	20 %	20 %	40 %	478462188
28	NC_020973	AGGGT	2	10	29179	29188	20 %	20 %	60 %	0 %	478462188
29	NC_020973	CCTAT	2	10	30219	30228	20 %	40 %	0 %	40 %	478462189
30	NC_020973	GAAGG	2	10	31018	31027	40 %	0 %	60 %	0 %	478462190
31	NC_020973	GAGCT	2	10	32058	32067	20 %	20 %	40 %	20 %	478462191
32	NC_020973	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020973	CTATT	2	10	36732	36741	20 %	60 %	0 %	20 %	478462197
34	NC_020973	TCCTA	2	10	36779	36788	20 %	40 %	0 %	40 %	478462197
35	NC_020973	ACGAT	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	478462198
36	NC_020973	AATTT	2	10	39585	39594	40 %	60 %	0 %	0 %	478462199
37	NC_020973	AGCAA	2	10	42709	42718	60 %	0 %	20 %	20 %	478462201
38	NC_020973	CGATG	2	10	42766	42775	20 %	20 %	40 %	20 %	478462201
39	NC_020973	TGCAA	2	10	42924	42933	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020973	TTTAT	2	10	44769	44778	20 %	80 %	0 %	0 %	478462204
41	NC_020973	CTTTC	2	10	46865	46874	0 %	60 %	0 %	40 %	478462206
42	NC_020973	AGTTT	2	10	47404	47413	20 %	60 %	20 %	0 %	478462206
43	NC_020973	GAAGA	2	10	48537	48546	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020973	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020973	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478462209
46	NC_020973	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478462212
47	NC_020973	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020973	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478462213
49	NC_020973	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478462214
50	NC_020973	GAGCA	2	10	60235	60244	40 %	0 %	40 %	20 %	478462216
51	NC_020973	TGTGA	2	10	62684	62693	20 %	40 %	40 %	0 %	478462218
52	NC_020973	AGTGA	2	10	64205	64214	40 %	20 %	40 %	0 %	478462219
53	NC_020973	CCTTC	2	10	64479	64488	0 %	40 %	0 %	60 %	478462219
54	NC_020973	AGGAG	2	10	66707	66716	40 %	0 %	60 %	0 %	478462221
55	NC_020973	GTTAA	2	10	66837	66846	40 %	40 %	20 %	0 %	478462221
56	NC_020973	CAAGC	2	10	69203	69212	40 %	0 %	20 %	40 %	478462223
57	NC_020973	AAAAG	2	10	69451	69460	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020973	GGAGC	2	10	70073	70082	20 %	0 %	60 %	20 %	478462224
59	NC_020973	GCGAT	2	10	70263	70272	20 %	20 %	40 %	20 %	478462224
60	NC_020973	CTCTT	2	10	70617	70626	0 %	60 %	0 %	40 %	478462224
61	NC_020973	AGGGG	2	10	71263	71272	20 %	0 %	80 %	0 %	478462224
62	NC_020973	AAGAA	2	10	71305	71314	80 %	0 %	20 %	0 %	478462224
63	NC_020973	CTTGC	2	10	72394	72403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020973	ATTGG	2	10	72595	72604	20 %	40 %	40 %	0 %	478462226
65	NC_020973	GAAAA	2	10	73667	73676	80 %	0 %	20 %	0 %	478462226
66	NC_020973	TGGGA	2	10	74084	74093	20 %	20 %	60 %	0 %	478462227
67	NC_020973	TATTT	2	10	76611	76620	20 %	80 %	0 %	0 %	478462228
68	NC_020973	AAAAG	2	10	77144	77153	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020973	ATCAA	2	10	78842	78851	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020973	TGTCT	2	10	80406	80415	0 %	60 %	20 %	20 %	478462231
71	NC_020973	TTACT	2	10	80913	80922	20 %	60 %	0 %	20 %	478462231
72	NC_020973	AGAAA	2	10	82303	82312	80 %	0 %	20 %	0 %	478462233
73	NC_020973	GGAAG	2	10	82816	82825	40 %	0 %	60 %	0 %	478462233
74	NC_020973	AGCGA	2	10	85282	85291	40 %	0 %	40 %	20 %	478462235
75	NC_020973	TTTGT	2	10	85581	85590	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020973	GATCC	2	10	86367	86376	20 %	20 %	20 %	40 %	478462236
77	NC_020973	AGAGC	2	10	87702	87711	40 %	0 %	40 %	20 %	478462237
78	NC_020973	AATAA	2	10	88580	88589	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020973	TTTTC	2	10	91434	91443	0 %	80 %	0 %	20 %	478462240
80	NC_020973	GGATG	2	10	91694	91703	20 %	20 %	60 %	0 %	478462241
81	NC_020973	CAACA	2	10	93233	93242	60 %	0 %	0 %	40 %	478462242
82	NC_020973	ACAGC	2	10	94278	94287	40 %	0 %	20 %	40 %	478462243
83	NC_020973	CTTTT	2	10	94652	94661	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020973	GGAAC	2	10	94990	94999	40 %	0 %	40 %	20 %	478462244
85	NC_020973	GGATT	2	10	95890	95899	20 %	40 %	40 %	0 %	478462244
86	NC_020973	CAATC	2	10	96992	97001	40 %	20 %	0 %	40 %	478462246
87	NC_020973	TTTGC	2	10	97126	97135	0 %	60 %	20 %	20 %	478462246
88	NC_020973	ATTCA	2	10	97390	97399	40 %	40 %	0 %	20 %	478462246
89	NC_020973	GATCC	2	10	97649	97658	20 %	20 %	20 %	40 %	478462246
90	NC_020973	GTTTT	2	10	98070	98079	0 %	80 %	20 %	0 %	478462246
91	NC_020973	ACAAA	2	10	98197	98206	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020973	AAGCT	2	10	99274	99283	40 %	20 %	20 %	20 %	478462247
93	NC_020973	AGGGG	2	10	99633	99642	20 %	0 %	80 %	0 %	478462247
94	NC_020973	ATAGC	2	10	100326	100335	40 %	20 %	20 %	20 %	478462248
95	NC_020973	TTCCC	2	10	100930	100939	0 %	40 %	0 %	60 %	478462249
96	NC_020973	AGCGA	2	10	103254	103263	40 %	0 %	40 %	20 %	478462251
97	NC_020973	TTTCT	2	10	103612	103621	0 %	80 %	0 %	20 %	478462251
98	NC_020973	CTTCT	2	10	103666	103675	0 %	60 %	0 %	40 %	478462251
99	NC_020973	ATCAT	2	10	104818	104827	40 %	40 %	0 %	20 %	478462252
100	NC_020973	GGCAT	2	10	105526	105535	20 %	20 %	40 %	20 %	478462252
101	NC_020973	AAAGC	2	10	109252	109261	60 %	0 %	20 %	20 %	478462255
102	NC_020973	GCATT	2	10	110412	110421	20 %	40 %	20 %	20 %	478462257
103	NC_020973	GCTCT	2	10	114477	114486	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020973	TGTTT	2	10	115101	115110	0 %	80 %	20 %	0 %	478462260
105	NC_020973	CATGT	2	10	115479	115488	20 %	40 %	20 %	20 %	478462260
106	NC_020973	TATCG	2	10	116183	116192	20 %	40 %	20 %	20 %	478462260
107	NC_020973	TTTCT	2	10	116699	116708	0 %	80 %	0 %	20 %	478462261
108	NC_020973	GGAGA	2	10	116895	116904	40 %	0 %	60 %	0 %	478462261
109	NC_020973	AAAGA	2	10	118946	118955	80 %	0 %	20 %	0 %	478462264
110	NC_020973	CCAAT	2	10	121909	121918	40 %	20 %	0 %	40 %	478462267
111	NC_020973	GCTTC	2	10	123010	123019	0 %	40 %	20 %	40 %	478462267
112	NC_020973	TACAA	2	10	126799	126808	60 %	20 %	0 %	20 %	478462271
113	NC_020973	ATCCA	2	10	129206	129215	40 %	20 %	0 %	40 %	478462275
114	NC_020973	GAAGA	2	10	130756	130765	60 %	0 %	40 %	0 %	478462275
115	NC_020973	AAAAG	2	10	132668	132677	80 %	0 %	20 %	0 %	478462276
116	NC_020973	GATTC	2	10	132999	133008	20 %	40 %	20 %	20 %	478462276
117	NC_020973	GGATA	2	10	135617	135626	40 %	20 %	40 %	0 %	478462278
118	NC_020973	ATTGT	2	10	136314	136323	20 %	60 %	20 %	0 %	478462279
119	NC_020973	TGTTT	2	10	136740	136749	0 %	80 %	20 %	0 %	478462280
120	NC_020973	TTGCA	2	10	137529	137538	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_020973	AAGAG	2	10	138781	138790	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020973	TCCAG	2	10	140486	140495	20 %	20 %	20 %	40 %	478462286
123	NC_020973	GTACA	2	10	141217	141226	40 %	20 %	20 %	20 %	478462287
124	NC_020973	TAGAT	2	10	141590	141599	40 %	40 %	20 %	0 %	478462287
125	NC_020973	AAAAG	2	10	142002	142011	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020973	AAAAC	2	10	142482	142491	80 %	0 %	0 %	20 %	478462288
127	NC_020973	TGCTA	2	10	143568	143577	20 %	40 %	20 %	20 %	478462290
128	NC_020973	GGAGC	2	10	143615	143624	20 %	0 %	60 %	20 %	478462290
129	NC_020973	CTGGG	2	10	145030	145039	0 %	20 %	60 %	20 %	478462292
130	NC_020973	GTTTT	2	10	145777	145786	0 %	80 %	20 %	0 %	478462293
131	NC_020973	GAACC	2	10	149511	149520	40 %	0 %	20 %	40 %	478462294
132	NC_020973	ATTCT	2	10	153008	153017	20 %	60 %	0 %	20 %	478462298
133	NC_020973	CTGTG	2	10	153212	153221	0 %	40 %	40 %	20 %	478462298
134	NC_020973	TTCTT	2	10	155685	155694	0 %	80 %	0 %	20 %	478462301
135	NC_020973	AGGAA	2	10	160244	160253	60 %	0 %	40 %	0 %	478462305
136	NC_020973	CAAAA	2	10	162256	162265	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_020973	AGAGA	2	10	163484	163493	60 %	0 %	40 %	0 %	478462308
138	NC_020973	AGCAA	2	10	163919	163928	60 %	0 %	20 %	20 %	478462308
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254	NC_020973	CTTGT	2	10	330355	330364	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
255	NC_020973	CCTTT	2	10	330814	330823	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
256	NC_020973	CTAAA	2	10	333917	333926	60 %	20 %	0 %	20 %	478462460
257	NC_020973	TCCAA	2	10	334552	334561	40 %	20 %	0 %	40 %	478462460
258	NC_020973	TCCAT	2	10	334635	334644	20 %	40 %	0 %	40 %	478462460
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261	NC_020973	CATTG	2	10	338830	338839	20 %	40 %	20 %	20 %	478462463
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265	NC_020973	CCTTC	2	10	349960	349969	0 %	40 %	0 %	60 %	478462472
266	NC_020973	CACGA	2	10	353471	353480	40 %	0 %	20 %	40 %	478462473
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