MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/224 complete genome

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020973	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020973	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020973	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020973	TGCAA	2	10	42924	42933	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020973	GAAGA	2	10	48537	48546	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020973	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020973	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020973	AAAAG	2	10	69451	69460	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020973	CTTGC	2	10	72394	72403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020973	AAAAG	2	10	77144	77153	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020973	ATCAA	2	10	78842	78851	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020973	TTTGT	2	10	85581	85590	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020973	AATAA	2	10	88580	88589	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020973	CTTTT	2	10	94652	94661	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020973	ACAAA	2	10	98197	98206	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020973	GCTCT	2	10	114477	114486	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020973	TTGCA	2	10	137529	137538	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020973	AAGAG	2	10	138781	138790	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020973	AAAAG	2	10	142002	142011	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020973	CAAAA	2	10	162256	162265	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020973	AGAAA	2	10	183137	183146	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020973	CGATA	2	10	188380	188389	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020973	CTAAG	2	10	199072	199081	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020973	ATTTC	2	10	217600	217609	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020973	CAATA	2	10	220723	220732	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020973	TACAA	2	10	244434	244443	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020973	TTTCA	2	10	260563	260572	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020973	AAAGC	2	10	295389	295398	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020973	TGTTT	2	10	298268	298277	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020973	GCAAC	2	10	330295	330304	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020973	CTTGT	2	10	330355	330364	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020973	CCTTT	2	10	330814	330823	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020973	AAGGC	2	10	358568	358577	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020973	GCTTC	2	10	360678	360687	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020973	TCTCT	2	10	364326	364335	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020973	AACAA	2	10	364709	364718	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020973	AAAAC	2	10	365033	365042	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020973	AAGCG	2	10	400548	400557	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020973	TATCT	2	10	406076	406085	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020973	GTATA	2	10	412795	412804	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020973	AGCAA	2	10	412831	412840	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020973	AAAAT	2	10	414680	414689	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020973	CTCTT	2	10	424749	424758	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_020973	TAAAA	2	10	427291	427300	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020973	AGAAA	2	10	432965	432974	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020973	CTCTT	2	10	433004	433013	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020973	GAAGA	2	10	433014	433023	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020973	AAATT	2	10	433293	433302	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020973	AATTT	2	10	433314	433323	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020973	TAAAA	2	10	461526	461535	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020973	CAAAA	2	10	481932	481941	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020973	AATCT	2	10	499276	499285	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020973	CTTCT	2	10	499489	499498	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_020973	TTTCT	2	10	504876	504885	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020973	CCTTT	2	10	505885	505894	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_020973	TAAAA	2	10	510901	510910	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020973	AGGAA	2	10	512885	512894	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020973	ATGAA	2	10	512908	512917	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020973	TCCTC	2	10	514008	514017	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_020973	TTGGA	2	10	520349	520358	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020973	CAAAA	2	10	521115	521124	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_020973	TTTTC	2	10	533306	533315	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020973	AAAAG	2	10	554573	554582	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020973	GAAAA	2	10	561755	561764	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020973	ATTTT	2	10	563192	563201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020973	ATACT	2	10	569265	569274	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_020973	TCCCC	2	10	572058	572067	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_020973	AAAGG	2	10	578221	578230	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020973	TTTCC	2	10	625838	625847	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_020973	TTATT	2	10	645567	645576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020973	TCGTC	2	10	646670	646679	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020973	AGAAA	2	10	679237	679246	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020973	TTTAT	2	10	694234	694243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020973	TCATG	2	10	694429	694438	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020973	AAAAC	2	10	698540	698549	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020973	GAAAA	2	10	703890	703899	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020973	TTATT	2	10	710952	710961	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020973	GAAGA	2	10	733853	733862	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020973	TTTCT	2	10	743366	743375	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020973	AGAAT	2	10	756664	756673	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020973	AGGGG	2	10	756895	756904	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020973	AAAAG	2	10	777475	777484	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020973	AGGTA	2	10	780874	780883	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020973	TCCTT	2	10	782057	782066	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_020973	CTCCA	2	10	782211	782220	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_020973	TTTCT	2	10	801482	801491	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020973	AGAAA	2	10	810014	810023	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020973	AAGAG	2	10	821854	821863	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020973	CTTTT	2	10	856178	856187	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020973	AGAAA	2	10	860529	860538	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020973	CTTTT	2	10	878222	878231	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020973	TAGAA	2	10	886691	886700	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020973	CTTTT	2	10	902725	902734	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020973	TTTTA	2	10	903470	903479	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020973	AGAGC	2	10	905758	905767	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020973	AAGAG	2	10	925428	925437	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020973	GCTAG	2	10	925454	925463	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020973	TCGTT	2	10	933840	933849	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020973	TTCTT	2	10	936797	936806	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020973	GCCTG	2	10	953156	953165	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020973	CTTCA	2	10	958637	958646	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020973	CTAGT	2	10	965495	965504	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020973	TAAAA	2	10	981490	981499	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020973	ATAAA	2	10	981521	981530	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020973	TATTT	2	10	1005089	1005098	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020973	TAGAA	2	10	1016512	1016521	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020973	TTAGA	2	10	1021152	1021161	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020973	TTTTC	2	10	1034811	1034820	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020973	TTTTA	2	10	1038792	1038801	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.