MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/224 complete genome

Total Repeats: 340

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020973	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020973	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020973	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020973	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020973	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020973	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020973	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020973	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020973	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020973	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020973	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020973	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020973	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020973	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020973	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020973	TGTT	2	8	44344	44351	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020973	AATA	2	8	44582	44589	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020973	AAGT	2	8	48504	48511	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020973	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020973	GTTT	2	8	54628	54635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020973	TGTT	2	8	54636	54643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020973	TAAT	2	8	54680	54687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020973	CAGA	2	8	61207	61214	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020973	ACAA	2	8	67851	67858	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020973	AAGG	2	8	67949	67956	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020973	GATA	2	8	72418	72425	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020973	TCTA	2	8	77077	77084	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020973	GTTT	2	8	79851	79858	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020973	GGTT	2	8	80206	80213	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020973	GTTT	2	8	88513	88520	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020973	TTTA	2	8	88536	88543	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020973	GTTT	2	8	88548	88555	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020973	GTTT	2	8	88599	88606	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020973	AACA	2	8	88612	88619	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020973	GAAT	2	8	90866	90873	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020973	AAGT	2	8	90898	90905	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020973	AAAT	2	8	94144	94151	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020973	CATT	2	8	94791	94798	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020973	TATT	2	8	98174	98181	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020973	GATA	2	8	100063	100070	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020973	AAGA	2	8	107156	107163	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020973	CTGG	2	8	120870	120877	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020973	TTCC	2	8	123067	123074	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020973	GTTT	2	8	135444	135451	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020973	ATCT	2	8	152163	152170	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020973	GCTG	2	8	152202	152209	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020973	TGTT	2	8	157777	157784	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020973	AAAG	2	8	158619	158626	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020973	TTTA	2	8	158628	158635	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020973	TAAT	2	8	158745	158752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020973	TAAT	2	8	159581	159588	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020973	GCTT	2	8	162226	162233	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020973	CTTC	2	8	166297	166304	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_020973	TTAG	2	8	170705	170712	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020973	AAAC	2	8	172452	172459	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020973	GTAT	2	8	173634	173641	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020973	GGAA	2	8	178820	178827	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020973	TTGA	2	8	179955	179962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020973	TTCC	2	8	181602	181609	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020973	TCTA	2	8	181670	181677	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020973	AATT	2	8	181804	181811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020973	AAGA	2	8	183158	183165	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020973	TCGC	2	8	184020	184027	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020973	AAAC	2	8	188462	188469	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020973	GGAC	2	8	188821	188828	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020973	CTTT	2	8	190033	190040	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020973	ACGA	2	8	198906	198913	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020973	GAAA	2	8	199192	199199	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020973	TAAA	2	8	199992	199999	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020973	CCTT	2	8	212326	212333	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_020973	CTAT	2	8	216052	216059	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020973	GCAA	2	8	216296	216303	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020973	AATT	2	8	217633	217640	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020973	CTTG	2	8	217982	217989	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020973	AAAC	2	8	221712	221719	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020973	TCCT	2	8	224336	224343	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020973	AAAT	2	8	239951	239958	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020973	AAGA	2	8	239970	239977	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020973	TTTC	2	8	242571	242578	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_020973	TAAA	2	8	243405	243412	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020973	AATA	2	8	247064	247071	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020973	GCAG	2	8	248726	248733	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020973	CCAA	2	8	250657	250664	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020973	AAAC	2	8	251265	251272	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020973	TAAA	2	8	260673	260680	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020973	CAAA	2	8	263608	263615	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020973	ATTT	2	8	270118	270125	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020973	GTTT	2	8	275960	275967	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020973	AAAG	2	8	275995	276002	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020973	TGCC	2	8	276483	276490	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020973	GGGA	2	8	280331	280338	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020973	TAAA	2	8	281473	281480	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020973	GATA	2	8	283134	283141	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020973	AATC	2	8	288259	288266	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020973	ACAA	2	8	294026	294033	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020973	GCTT	2	8	295356	295363	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020973	CCCT	2	8	295923	295930	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020973	ACTA	2	8	298172	298179	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020973	TAAA	2	8	298395	298402	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020973	TCCA	2	8	301554	301561	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020973	TCCC	2	8	301756	301763	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020973	ATTG	2	8	302940	302947	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020973	AATA	2	8	314329	314336	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020973	TAAA	2	8	314350	314357	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020973	CAGA	2	8	314358	314365	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020973	AATA	2	8	314425	314432	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020973	AATT	2	8	318341	318348	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020973	GCTA	2	8	324729	324736	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020973	TTAA	2	8	330072	330079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020973	CAGT	2	8	330417	330424	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020973	CAAG	2	8	336606	336613	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020973	CGAT	2	8	344815	344822	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020973	TTTA	2	8	360112	360119	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020973	CAAA	2	8	360406	360413	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020973	TAGT	2	8	360716	360723	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020973	GCTT	2	8	364768	364775	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020973	TAAA	2	8	365048	365055	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020973	AAAT	2	8	365967	365974	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020973	ATCT	2	8	366022	366029	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020973	TAAA	2	8	377801	377808	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020973	TTTA	2	8	387769	387776	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020973	GATT	2	8	388528	388535	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020973	AATT	2	8	388577	388584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020973	ATAA	2	8	388637	388644	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020973	TTAT	2	8	391970	391977	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020973	GCAA	2	8	392016	392023	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020973	TCAT	2	8	401313	401320	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020973	CAAA	2	8	403449	403456	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020973	ATTT	2	8	412866	412873	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020973	AGAA	2	8	412876	412883	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020973	ATTA	2	8	414665	414672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020973	GTAA	2	8	423060	423067	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020973	GAAA	2	8	423109	423116	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020973	TTCT	2	8	424728	424735	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020973	AACT	2	8	426960	426967	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020973	CAAA	2	8	427307	427314	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020973	ACTC	2	8	431998	432005	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020973	AAAC	2	8	437030	437037	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020973	AAAT	2	8	437172	437179	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020973	TAAC	2	8	439738	439745	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020973	AATT	2	8	444602	444609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020973	AAAC	2	8	444615	444622	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020973	CTTC	2	8	444757	444764	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020973	TCTT	2	8	450422	450429	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020973	TAAT	2	8	450435	450442	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020973	GCAA	2	8	454089	454096	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020973	CTTT	2	8	461638	461645	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020973	TTCT	2	8	463079	463086	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020973	CAAA	2	8	463104	463111	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020973	AGAA	2	8	482133	482140	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020973	AACA	2	8	485730	485737	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020973	TAAA	2	8	485793	485800	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.