MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/224 complete genome

Total Repeats: 12850

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020973	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462165
2	NC_020973	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478462165
3	NC_020973	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462165
4	NC_020973	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462165
5	NC_020973	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478462165
6	NC_020973	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462165
7	NC_020973	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478462165
8	NC_020973	CAG	2	6	413	418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462165
9	NC_020973	GCT	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462165
10	NC_020973	ATT	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462165
11	NC_020973	GCC	2	6	601	606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478462165
12	NC_020973	TGC	2	6	660	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462165
13	NC_020973	ATT	2	6	672	677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462165
14	NC_020973	CGA	2	6	694	699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462165
15	NC_020973	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462165
16	NC_020973	GAA	2	6	883	888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462165
17	NC_020973	AGA	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462165
18	NC_020973	AGA	2	6	966	971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462165
19	NC_020973	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478462165
20	NC_020973	TTG	2	6	1182	1187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462165
21	NC_020973	CTC	2	6	1211	1216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478462165
22	NC_020973	GAT	2	6	1273	1278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462165
23	NC_020973	GAT	2	6	1327	1332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462165
24	NC_020973	ATG	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462165
25	NC_020973	CTT	2	6	1610	1615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462165
26	NC_020973	CAG	2	6	1675	1680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462165
27	NC_020973	GCA	2	6	1740	1745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462165
28	NC_020973	ATG	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462166
29	NC_020973	GTG	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478462166
30	NC_020973	TCC	2	6	1948	1953	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478462166
31	NC_020973	AGC	2	6	1962	1967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462166
32	NC_020973	AGC	2	6	1989	1994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462166
33	NC_020973	AAG	2	6	2000	2005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462166
34	NC_020973	TAC	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462166
35	NC_020973	GCT	2	6	2048	2053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462166
36	NC_020973	AAC	2	6	2146	2151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478462166
37	NC_020973	AGA	2	6	2158	2163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462166
38	NC_020973	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462167
39	NC_020973	ATC	2	6	2421	2426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462167
40	NC_020973	TGC	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462167
41	NC_020973	CAT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462167
42	NC_020973	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462167
43	NC_020973	AAG	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462167
44	NC_020973	GGA	2	6	2658	2663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462167
45	NC_020973	ATC	2	6	2787	2792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462168
46	NC_020973	ATA	2	6	2937	2942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478462168
47	NC_020973	AAC	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478462168
48	NC_020973	GGT	2	6	3016	3021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478462168
49	NC_020973	AAT	2	6	3122	3127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478462168
50	NC_020973	TTC	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462168
51	NC_020973	GCA	2	6	3176	3181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462168
52	NC_020973	GGA	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462168
53	NC_020973	CAG	2	6	3243	3248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462168
54	NC_020973	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462168
55	NC_020973	GGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478462168
56	NC_020973	AAG	2	6	3510	3515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462168
57	NC_020973	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462168
58	NC_020973	TTG	2	6	3624	3629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462168
59	NC_020973	AAG	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462168
60	NC_020973	AAG	2	6	3750	3755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462168
61	NC_020973	CAG	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462168
62	NC_020973	GCT	2	6	3863	3868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462168
63	NC_020973	AAG	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462168
64	NC_020973	CAG	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462168
65	NC_020973	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462168
66	NC_020973	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478462168
67	NC_020973	ATT	2	6	4256	4261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462169
68	NC_020973	TGA	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462169
69	NC_020973	GTA	2	6	4518	4523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462169
70	NC_020973	AGA	2	6	4565	4570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462169
71	NC_020973	GAA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462169
72	NC_020973	CGT	2	6	4881	4886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462169
73	NC_020973	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462169
74	NC_020973	TGA	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462169
75	NC_020973	TTG	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462169
76	NC_020973	TTC	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462169
77	NC_020973	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462169
78	NC_020973	AGA	2	6	5417	5422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462169
79	NC_020973	GTT	2	6	5444	5449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462169
80	NC_020973	GGT	2	6	5492	5497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478462169
81	NC_020973	CTC	2	6	5596	5601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478462169
82	NC_020973	AGC	2	6	5627	5632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462169
83	NC_020973	ATT	2	6	5746	5751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462170
84	NC_020973	TCT	2	6	5764	5769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462170
85	NC_020973	GCT	2	6	5810	5815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462170
86	NC_020973	GAT	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462170
87	NC_020973	ACG	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462170
88	NC_020973	GAA	2	6	5907	5912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462170
89	NC_020973	AGA	3	9	5984	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462170
90	NC_020973	GCT	2	6	5993	5998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462170
91	NC_020973	AGA	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462170
92	NC_020973	TGG	2	6	6038	6043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478462170
93	NC_020973	AGA	3	9	6056	6064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462170
94	NC_020973	GGA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462170
95	NC_020973	TCA	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462170
96	NC_020973	GGA	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462170
97	NC_020973	CTT	2	6	6347	6352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462170
98	NC_020973	CTG	2	6	6353	6358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462170
99	NC_020973	CAG	2	6	6508	6513	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462170
100	NC_020973	AGG	2	6	7037	7042	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462171
101	NC_020973	GAA	2	6	7081	7086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462171
102	NC_020973	GCA	2	6	7345	7350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462171
103	NC_020973	AAG	2	6	7386	7391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462171
104	NC_020973	TGC	2	6	7419	7424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462171
105	NC_020973	TCG	2	6	7913	7918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462172
106	NC_020973	TCC	2	6	7956	7961	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478462172
107	NC_020973	GTT	2	6	8064	8069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462172
108	NC_020973	TTA	2	6	8434	8439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462172
109	NC_020973	TTC	2	6	8757	8762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462172
110	NC_020973	GAA	2	6	8901	8906	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462173
111	NC_020973	ACC	2	6	9029	9034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478462173
112	NC_020973	CTT	2	6	9082	9087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478462173
113	NC_020973	GAG	2	6	9162	9167	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462173
114	NC_020973	ATA	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478462173
115	NC_020973	AGG	2	6	9203	9208	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462173
116	NC_020973	GAA	2	6	9383	9388	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462173
117	NC_020973	CAG	2	6	9399	9404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478462173
118	NC_020973	TGT	2	6	9470	9475	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462173
119	NC_020973	GAG	2	6	9485	9490	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462173
120	NC_020973	TAC	2	6	9553	9558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478462173
121	NC_020973	GTT	2	6	9657	9662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478462173
122	NC_020973	AAG	2	6	9681	9686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462173
123	NC_020973	GAG	2	6	9707	9712	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478462173
124	NC_020973	TTA	2	6	9997	10002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478462174
125	NC_020973	AGA	2	6	10032	10037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462174
126	NC_020973	TGC	2	6	10262	10267	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462174
127	NC_020973	GAA	2	6	10289	10294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478462174
128	NC_020973	TCG	2	6	10349	10354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478462174
129	NC_020973	TGG	2	6	10372	10377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478462174
130	NC_020973	GTA	2	6	10423	10428	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478462175
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