MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L1/1322/p2 high quality draft genome

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020972	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478468470
2	NC_020972	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478468474
3	NC_020972	CAAAAA	2	12	6849	6860	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020972	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478468480
5	NC_020972	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478468480
6	NC_020972	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468481
7	NC_020972	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478468484
8	NC_020972	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478468487
9	NC_020972	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478468489
10	NC_020972	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478468490
11	NC_020972	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468502
12	NC_020972	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478468503
13	NC_020972	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478468503
14	NC_020972	TTTTGA	2	12	45506	45517	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478468509
15	NC_020972	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478468516
16	NC_020972	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468516
17	NC_020972	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478468518
18	NC_020972	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468519
19	NC_020972	AGTTGT	2	12	58170	58181	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468520
20	NC_020972	AGTTGT	2	12	58314	58325	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468520
21	NC_020972	TCTTGT	2	12	59223	59234	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478468520
22	NC_020972	TCCTAA	2	12	60036	60047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478468521
23	NC_020972	AAAAAT	2	12	61531	61542	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020972	GTTCTT	2	12	63950	63961	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478468523
25	NC_020972	CTATTT	2	12	72260	72271	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478468530
26	NC_020972	ACTCTT	2	12	73389	73400	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478468531
27	NC_020972	TTTCTG	2	12	73939	73950	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478468532
28	NC_020972	GATCAT	2	12	74069	74080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478468532
29	NC_020972	TAGTAC	2	12	77063	77074	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478468533
30	NC_020972	ATCTAG	2	12	77242	77253	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020972	GGTTTA	2	12	80716	80727	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468536
32	NC_020972	GTCTGT	2	12	83760	83771	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478468539
33	NC_020972	TTCTGA	2	12	89374	89385	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478468543
34	NC_020972	AAAAGA	2	12	94438	94449	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478468548
35	NC_020972	AGCTGT	2	12	96531	96542	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478468549
36	NC_020972	TCTTTT	2	12	97196	97207	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478468551
37	NC_020972	GGGGCT	2	12	98144	98155	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478468551
38	NC_020972	TTTGAG	2	12	100343	100354	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468553
39	NC_020972	TCAGAA	2	12	106984	106995	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478468558
40	NC_020972	CATAAC	2	12	110028	110039	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478468561
41	NC_020972	TGTTCT	2	12	112795	112806	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478468563
42	NC_020972	ACTTCG	2	12	116088	116099	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478468565
43	NC_020972	TTTTAG	2	12	116523	116534	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020972	TTGCCA	2	12	119629	119640	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478468570
45	NC_020972	TAAAAA	2	12	121195	121206	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020972	TTGGTA	2	12	121243	121254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468572
47	NC_020972	AGGATC	2	12	121622	121633	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478468572
48	NC_020972	AAGGGT	2	12	123429	123440	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478468573
49	NC_020972	GGGTTT	2	12	124392	124403	0 %	50 %	50 %	0 %	478468574
50	NC_020972	TTGCAT	2	12	124674	124685	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478468574
51	NC_020972	AAGAGA	2	12	125043	125054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468574
52	NC_020972	TTAAAA	2	12	133978	133989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478468581
53	NC_020972	AGGTTG	2	12	135220	135231	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478468582
54	NC_020972	GAGTTA	2	12	140269	140280	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468591
55	NC_020972	TGGAAA	2	12	142822	142833	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478468594
56	NC_020972	TGGAAT	2	12	143697	143708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468595
57	NC_020972	ATGGTT	2	12	143941	143952	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468595
58	NC_020972	TGCTCT	2	12	146133	146144	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478468598
59	NC_020972	GAAAGG	2	12	149871	149882	50 %	0 %	50 %	0 %	478468600
60	NC_020972	GCTTTG	2	12	150114	150125	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478468600
61	NC_020972	TGTGCG	2	12	154237	154248	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478468604
62	NC_020972	CCTCAT	2	12	155535	155546	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478468605
63	NC_020972	TGGAGA	2	12	156993	157004	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478468607
64	NC_020972	CTCCAT	2	12	158362	158373	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478468608
65	NC_020972	TCCTTG	2	12	158958	158969	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478468609
66	NC_020972	AACAGC	2	12	161595	161606	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478468612
67	NC_020972	TAAAAA	2	12	174024	174035	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478468618
68	NC_020972	AAAAAG	2	12	174191	174202	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478468619
69	NC_020972	AGAAAA	2	12	183399	183410	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020972	ATTTGC	2	12	189312	189323	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478468632
71	NC_020972	AAACAT	2	12	190405	190416	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478468635
72	NC_020972	AGCAAC	2	12	190740	190751	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478468635
73	NC_020972	TATGAA	3	18	192334	192351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020972	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478468641
75	NC_020972	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478468654
76	NC_020972	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478468654
77	NC_020972	TTTTAC	2	12	217654	217665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020972	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478468661
79	NC_020972	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478468662
80	NC_020972	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478468662
81	NC_020972	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478468665
82	NC_020972	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478468665
83	NC_020972	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478468666
84	NC_020972	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478468668
85	NC_020972	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468673
86	NC_020972	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478468674
87	NC_020972	TTTTTA	2	12	252186	252197	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020972	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478468693
89	NC_020972	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478468698
90	NC_020972	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478468705
91	NC_020972	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468705
92	NC_020972	AGGAGA	2	12	267286	267297	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020972	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478468708
94	NC_020972	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468710
95	NC_020972	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478468712
96	NC_020972	ATATTA	2	12	276182	276193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020972	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478468714
98	NC_020972	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478468714
99	NC_020972	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478468717
100	NC_020972	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478468723
101	NC_020972	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478468724
102	NC_020972	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478468726
103	NC_020972	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478468728
104	NC_020972	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478468730
105	NC_020972	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478468733
106	NC_020972	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468734
107	NC_020972	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478468736
108	NC_020972	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478468737
109	NC_020972	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478468739
110	NC_020972	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478468744
111	NC_020972	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478468745
112	NC_020972	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478468748
113	NC_020972	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478468750
114	NC_020972	AAAACA	2	12	318924	318935	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478468752
115	NC_020972	AAAAAG	2	12	320353	320364	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020972	ATTCAA	2	12	345877	345888	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478468776
117	NC_020972	AGACCG	2	12	345951	345962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478468776
118	NC_020972	AGAATA	2	12	357834	357845	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020972	TTCTTA	2	12	357854	357865	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478468784
120	NC_020972	CAGCCT	2	12	369932	369943	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478468797
121	NC_020972	ATGCTA	2	12	373849	373860	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478468799
122	NC_020972	CAATAG	2	12	380455	380466	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478468802
123	NC_020972	ACTGAA	2	12	380596	380607	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478468802
124	NC_020972	CTGCAC	2	12	380789	380800	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478468802
125	NC_020972	TCCATA	2	12	391148	391159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478468811
126	NC_020972	TTAGGT	2	12	392499	392510	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478468813
127	NC_020972	AGGGAA	2	12	393825	393836	50 %	0 %	50 %	0 %	478468814
128	NC_020972	CTGAAG	2	12	394660	394671	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478468815
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132	NC_020972	CCTTTC	2	12	402129	402140	0 %	50 %	0 %	50 %	478468821
133	NC_020972	TTTTAA	2	12	405994	406005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020972	ACATGC	2	12	411671	411682	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478468831
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139	NC_020972	CTCTAC	2	12	422654	422665	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478468840
140	NC_020972	ACATCA	2	12	423299	423310	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_020972	CGGAAT	2	12	423561	423572	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478468842
142	NC_020972	TGATAA	2	12	425466	425477	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478468843
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144	NC_020972	TTCTCC	2	12	439875	439886	0 %	50 %	0 %	50 %	478468857
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149	NC_020972	CCAATA	2	12	457771	457782	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478468870
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161	NC_020972	AAGAAA	2	12	499545	499556	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020972	GGTAAT	2	12	504347	504358	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468908
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230	NC_020972	CAAAGT	2	12	714452	714463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478469105
231	NC_020972	TATCCA	2	12	719087	719098	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478469110
232	NC_020972	TATTGA	2	12	734981	734992	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478469119
233	NC_020972	TCTGCA	2	12	742638	742649	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
234	NC_020972	TGTGAT	2	12	743280	743291	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478469126
235	NC_020972	TATTTT	2	12	752115	752126	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
236	NC_020972	GGGAAG	2	12	756237	756248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478469139
237	NC_020972	GGAAGA	2	12	759895	759906	50 %	0 %	50 %	0 %	478469141
238	NC_020972	ATGCAA	2	12	762207	762218	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478469145
239	NC_020972	GAGAAA	2	12	762436	762447	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478469145
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250	NC_020972	GAAATT	2	12	800930	800941	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478469178
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259	NC_020972	ATCACA	2	12	835436	835447	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478469204
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312	NC_020972	GCGGAG	2	12	1033119	1033130	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	478469357
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.