MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/1322/p2 high quality draft genome

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020972	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020972	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020972	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020972	TGCAA	2	10	42924	42933	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020972	GAAGA	2	10	48537	48546	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020972	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020972	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020972	AAAAG	2	10	69598	69607	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020972	CTTGC	2	10	72541	72550	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020972	AAAAG	2	10	77291	77300	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020972	ATCAA	2	10	78989	78998	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020972	TTTGT	2	10	85728	85737	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020972	AATAA	2	10	88727	88736	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020972	CTTTT	2	10	94799	94808	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020972	ACAAA	2	10	98344	98353	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020972	GCTCT	2	10	114624	114633	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020972	TTGCA	2	10	137677	137686	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020972	AAGAG	2	10	138929	138938	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020972	AAAAG	2	10	142150	142159	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020972	CAAAA	2	10	162404	162413	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020972	AGAAA	2	10	183336	183345	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020972	CGATA	2	10	188580	188589	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020972	CTAAG	2	10	199271	199280	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020972	ATTTC	2	10	217799	217808	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020972	CAATA	2	10	220922	220931	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020972	TACAA	2	10	244633	244642	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020972	TTTCA	2	10	260762	260771	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020972	AAAGC	2	10	295588	295597	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020972	TGTTT	2	10	298467	298476	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020972	GCAAC	2	10	330494	330503	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020972	CTTGT	2	10	330554	330563	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020972	CCTTT	2	10	331013	331022	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020972	AAGGC	2	10	358767	358776	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020972	GCTTC	2	10	360877	360886	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020972	AGTAG	2	10	360954	360963	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020972	TCTCT	2	10	364526	364535	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020972	AACAA	2	10	364909	364918	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020972	AAAAC	2	10	365233	365242	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020972	AAGCG	2	10	400748	400757	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020972	TATCT	2	10	406277	406286	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020972	GTATA	2	10	412996	413005	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020972	AGCAA	2	10	413032	413041	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020972	AAAAT	2	10	414881	414890	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020972	CTCTT	2	10	424951	424960	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020972	TAAAA	2	10	427493	427502	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020972	AGAAA	2	10	433167	433176	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020972	CTCTT	2	10	433206	433215	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020972	GAAGA	2	10	433216	433225	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020972	AAATT	2	10	433495	433504	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020972	AATTT	2	10	433516	433525	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020972	TAAAA	2	10	461728	461737	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020972	CAAAA	2	10	482134	482143	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020972	AATCT	2	10	499477	499486	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020972	CTTCT	2	10	499690	499699	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020972	TTTCT	2	10	505077	505086	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020972	CCTTT	2	10	506086	506095	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020972	TAAAA	2	10	511101	511110	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020972	AGGAA	2	10	513085	513094	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020972	ATGAA	2	10	513108	513117	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020972	TCCTC	2	10	514207	514216	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020972	TTGGA	2	10	520548	520557	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020972	CAAAA	2	10	521314	521323	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020972	TTTTC	2	10	533922	533931	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020972	AAAAG	2	10	555189	555198	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020972	GAAAA	2	10	562371	562380	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020972	ATTTT	2	10	563808	563817	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020972	ATACT	2	10	569881	569890	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020972	TCCCC	2	10	572674	572683	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_020972	AAAGG	2	10	578837	578846	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020972	TTTCC	2	10	626454	626463	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020972	TTATT	2	10	646183	646192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020972	TCGTC	2	10	647286	647295	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020972	AGAAA	2	10	679851	679860	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020972	TTTAT	2	10	694848	694857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020972	TCATG	2	10	695043	695052	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020972	AAAAC	2	10	699154	699163	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020972	GAAAA	2	10	704504	704513	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020972	TTATT	2	10	711566	711575	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020972	GAAGA	2	10	734468	734477	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020972	TTTCT	2	10	743981	743990	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020972	AGAAT	2	10	757279	757288	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020972	AGGGG	2	10	757510	757519	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020972	AAAAG	2	10	778084	778093	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020972	AGGTA	2	10	781483	781492	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020972	TCCTT	2	10	782666	782675	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020972	CTCCA	2	10	782820	782829	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_020972	TTTCT	2	10	802091	802100	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020972	AGAAA	2	10	810623	810632	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020972	AAGAG	2	10	822463	822472	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020972	AGAAA	2	10	861139	861148	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020972	TAGAA	2	10	887301	887310	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020972	CTTTT	2	10	903335	903344	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020972	TTTTA	2	10	904080	904089	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020972	AGAGC	2	10	906368	906377	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020972	AAGAG	2	10	926039	926048	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020972	GCTAG	2	10	926065	926074	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020972	TCGTT	2	10	934451	934460	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020972	TTCTT	2	10	937408	937417	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020972	GCCTG	2	10	953767	953776	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_020972	CTTCA	2	10	959248	959257	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020972	CTAGT	2	10	966106	966115	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020972	TAAAA	2	10	982101	982110	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020972	ATAAA	2	10	982132	982141	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020972	TATTT	2	10	1005699	1005708	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020972	TAGAA	2	10	1017123	1017132	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020972	TTTTC	2	10	1035420	1035429	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020972	TTTTA	2	10	1039401	1039410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.