MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis E/Bour complete genome

Total Repeats: 324

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020971	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478461250
2	NC_020971	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461254
3	NC_020971	CAAAAA	2	12	6850	6861	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020971	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461260
5	NC_020971	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461260
6	NC_020971	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461261
7	NC_020971	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461267
8	NC_020971	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461269
9	NC_020971	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478461270
10	NC_020971	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461282
11	NC_020971	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478461283
12	NC_020971	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461283
13	NC_020971	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478461290
14	NC_020971	TAGCAT	2	12	49222	49233	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_020971	TGAACG	2	12	53044	53055	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461297
16	NC_020971	GTGATT	2	12	53063	53074	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461297
17	NC_020971	GATCTG	2	12	55696	55707	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461299
18	NC_020971	GTGTAA	2	12	55744	55755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461299
19	NC_020971	GGTTCA	2	12	55833	55844	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461299
20	NC_020971	CCAAGA	2	12	58265	58276	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461301
21	NC_020971	AGTTGT	2	12	58371	58382	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461301
22	NC_020971	TCCTAA	2	12	59744	59755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478461302
23	NC_020971	AAAAAT	2	12	61239	61250	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020971	GTTCTT	2	12	63658	63669	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478461304
25	NC_020971	CTATTT	2	12	71980	71991	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478461311
26	NC_020971	ACTCTT	2	12	73109	73120	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478461312
27	NC_020971	TTTCTG	2	12	73659	73670	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478461313
28	NC_020971	GATCAT	2	12	73789	73800	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478461313
29	NC_020971	TAGTAC	2	12	76783	76794	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478461314
30	NC_020971	ATCTAG	2	12	76962	76973	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020971	GGTTTA	2	12	80434	80445	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461317
32	NC_020971	GTCTGT	2	12	83478	83489	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478461320
33	NC_020971	TTCTGA	2	12	89092	89103	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478461324
34	NC_020971	AAAAGA	2	12	94155	94166	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478461329
35	NC_020971	AGCTGT	2	12	96249	96260	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461330
36	NC_020971	TCTTTT	2	12	96908	96919	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461332
37	NC_020971	GGGGCT	2	12	97856	97867	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478461332
38	NC_020971	TTTGAG	2	12	100060	100071	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461334
39	NC_020971	TCAGAA	2	12	106701	106712	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478461339
40	NC_020971	CATAAC	2	12	109745	109756	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478461342
41	NC_020971	TGTTCT	2	12	112512	112523	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478461344
42	NC_020971	ACTTCG	2	12	115805	115816	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461346
43	NC_020971	TTTTAG	2	12	116240	116251	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020971	TAAAAA	2	12	120837	120848	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020971	TTGGTA	2	12	120885	120896	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461353
46	NC_020971	AGGATC	2	12	121264	121275	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461353
47	NC_020971	AAGGGT	2	12	123076	123087	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478461356
48	NC_020971	GGGTTT	2	12	124039	124050	0 %	50 %	50 %	0 %	478461357
49	NC_020971	TTGCAT	2	12	124321	124332	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478461357
50	NC_020971	AAGAGA	2	12	124690	124701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478461357
51	NC_020971	TTAAAA	2	12	133627	133638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478461363
52	NC_020971	AGGTTG	2	12	134869	134880	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478461364
53	NC_020971	GAGTTA	2	12	139922	139933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461373
54	NC_020971	TGGAAT	2	12	143350	143361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461377
55	NC_020971	ATGGTT	2	12	143594	143605	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478461377
56	NC_020971	TGCTCT	2	12	145786	145797	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461380
57	NC_020971	GAAAGG	2	12	149524	149535	50 %	0 %	50 %	0 %	478461382
58	NC_020971	GCTTTG	2	12	149767	149778	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478461382
59	NC_020971	TGTGCG	2	12	153889	153900	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478461386
60	NC_020971	CCTCAT	2	12	155187	155198	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478461387
61	NC_020971	TGGAGA	2	12	156645	156656	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478461389
62	NC_020971	CTCCAT	2	12	158015	158026	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478461390
63	NC_020971	TCCTTG	2	12	158611	158622	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461391
64	NC_020971	AAGTTT	2	12	158696	158707	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478461391
65	NC_020971	AACAGC	2	12	161248	161259	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461395
66	NC_020971	AAAAAG	2	12	173838	173849	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478461402
67	NC_020971	ATGTAA	2	12	176668	176679	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478461404
68	NC_020971	AGAAAA	2	12	182464	182475	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020971	ACTTCT	2	12	189526	189537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478461416
70	NC_020971	ATTTGC	2	12	192219	192230	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478461417
71	NC_020971	AAACAT	2	12	193309	193320	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478461420
72	NC_020971	AGCAAC	2	12	193644	193655	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461420
73	NC_020971	TATGAA	2	12	195238	195249	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020971	TCTGGA	2	12	199914	199925	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461427
75	NC_020971	CTGGAT	2	12	215507	215518	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461440
76	NC_020971	GAAATA	2	12	215830	215841	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478461440
77	NC_020971	TTTTAC	2	12	221523	221534	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020971	GATGCA	2	12	222684	222695	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461447
79	NC_020971	ACTCCA	2	12	223574	223585	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478461448
80	NC_020971	CTGCTT	2	12	223806	223817	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478461448
81	NC_020971	ATTGCT	2	12	227115	227126	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478461451
82	NC_020971	TCCTAG	2	12	227405	227416	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461451
83	NC_020971	GCAACG	2	12	227893	227904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478461452
84	NC_020971	CTTAGC	2	12	230526	230537	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461454
85	NC_020971	TTCCTT	2	12	237358	237369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478461459
86	NC_020971	TCTCCT	2	12	240239	240250	0 %	50 %	0 %	50 %	478461460
87	NC_020971	AAACCA	2	12	240814	240825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478461461
88	NC_020971	AACCCT	2	12	255240	255251	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020971	ATTTTT	2	12	256035	256046	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020971	CCTGCA	2	12	256196	256207	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478461479
91	NC_020971	ACCTTT	2	12	261391	261402	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478461484
92	NC_020971	TCATAA	2	12	269235	269246	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478461491
93	NC_020971	AAGTGT	2	12	269961	269972	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461491
94	NC_020971	AGGAGA	2	12	271134	271145	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020971	ATCTAA	2	12	273239	273250	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478461494
96	NC_020971	TGGAAT	2	12	275437	275448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461496
97	NC_020971	GGAACA	2	12	279324	279335	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478461498
98	NC_020971	ATATTA	2	12	280032	280043	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020971	CACGCG	2	12	281697	281708	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478461500
100	NC_020971	TTTCTT	2	12	281876	281887	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461500
101	NC_020971	CTCCTA	2	12	286038	286049	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478461503
102	NC_020971	GCAATG	2	12	292157	292168	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478461509
103	NC_020971	CGACAT	2	12	292830	292841	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478461510
104	NC_020971	CCCTTA	2	12	294284	294295	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478461512
105	NC_020971	AAAATA	2	12	296382	296393	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478461514
106	NC_020971	ACCACT	2	12	298737	298748	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478461516
107	NC_020971	CATTGC	2	12	301983	301994	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461519
108	NC_020971	CCAAAA	2	12	303162	303173	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478461520
109	NC_020971	TCTTTT	2	12	305047	305058	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461522
110	NC_020971	CAAGAC	2	12	306138	306149	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461523
111	NC_020971	AGCTTA	2	12	307419	307430	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478461525
112	NC_020971	CAAAGA	2	12	312804	312815	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478461530
113	NC_020971	ATGGCT	2	12	313420	313431	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478461531
114	NC_020971	TACAAA	2	12	317610	317621	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478461534
115	NC_020971	TTAATT	2	12	319289	319300	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478461536
116	NC_020971	AAAAAT	2	12	322382	322393	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020971	AAAACA	2	12	322774	322785	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478461538
118	NC_020971	AAAAAG	2	12	324200	324211	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020971	CAGAAC	2	12	344759	344770	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478461557
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324	NC_020971	TAAAAT	2	12	1042546	1042557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.