MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/Bour complete genome

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020971	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020971	GGTGT	2	10	13907	13916	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020971	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020971	TGCAA	2	10	42928	42937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020971	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020971	GAAGA	2	10	48612	48621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020971	CTATT	2	10	50197	50206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020971	AATTT	2	10	54771	54780	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020971	AAAAG	2	10	69318	69327	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020971	CTTGC	2	10	72261	72270	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020971	AAAAG	2	10	77011	77020	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020971	ATCAA	2	10	78709	78718	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020971	TTTGT	2	10	85446	85455	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020971	AATAA	2	10	88445	88454	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020971	TTTAA	2	10	93981	93990	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020971	CTTTT	2	10	94516	94525	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020971	GTTTT	2	10	97929	97938	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020971	ACAAA	2	10	98056	98065	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020971	GCTCT	2	10	114341	114350	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_020971	TTGCA	2	10	137331	137340	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020971	AAAAG	2	10	141803	141812	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020971	TTCTA	2	10	157590	157599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020971	CAAAA	2	10	162048	162057	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020971	CGATA	2	10	187737	187746	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020971	CTAAG	2	10	203175	203184	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020971	ATTTC	2	10	221666	221675	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020971	CAATA	2	10	224789	224798	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020971	TACAA	2	10	248501	248510	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020971	TTTCA	2	10	264609	264618	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020971	AAAGC	2	10	299438	299447	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020971	TGTTT	2	10	302317	302326	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020971	GCAAC	2	10	334361	334370	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020971	CTTGT	2	10	334421	334430	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020971	CCTTT	2	10	334879	334888	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020971	AAGGC	2	10	362627	362636	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020971	GCTTC	2	10	364739	364748	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020971	AGTAG	2	10	364817	364826	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020971	TCTCT	2	10	368370	368379	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020971	AACAA	2	10	368753	368762	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020971	AAAAC	2	10	369075	369084	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020971	AAGCG	2	10	404596	404605	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020971	TATCT	2	10	410124	410133	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020971	GTATA	2	10	416843	416852	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020971	AGCAA	2	10	416879	416888	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020971	AAAAT	2	10	418728	418737	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020971	CTCTT	2	10	428792	428801	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020971	TAAAA	2	10	431335	431344	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020971	AGAAA	2	10	437010	437019	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020971	CTCTT	2	10	437049	437058	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020971	GAAGA	2	10	437059	437068	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020971	AAATT	2	10	437346	437355	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020971	AATTT	2	10	437367	437376	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020971	TAAAA	2	10	465575	465584	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020971	CAAAA	2	10	486022	486031	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020971	AATCT	2	10	503363	503372	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020971	CTTCT	2	10	503576	503585	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020971	TTTCT	2	10	508966	508975	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020971	CCTTT	2	10	509975	509984	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020971	TAAAA	2	10	514995	515004	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020971	AGGAA	2	10	516979	516988	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020971	ATGAA	2	10	517003	517012	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020971	TTGGA	2	10	524455	524464	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020971	CAAAA	2	10	525230	525239	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020971	TTTTC	2	10	537113	537122	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020971	AAAAG	2	10	558367	558376	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020971	GAAAA	2	10	565551	565560	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020971	ATTTT	2	10	566988	566997	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020971	ATACT	2	10	573061	573070	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020971	TCCCC	2	10	575854	575863	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020971	AAAGG	2	10	582017	582026	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020971	ATTAA	2	10	637565	637574	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020971	TCGTC	2	10	650462	650471	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020971	TAAAA	2	10	686086	686095	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020971	TTTAT	2	10	698041	698050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020971	TCATG	2	10	698236	698245	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020971	AAAAC	2	10	702347	702356	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020971	GAAAA	2	10	707697	707706	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020971	TTATT	2	10	714761	714770	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020971	GAAGA	2	10	737661	737670	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020971	TTTCT	2	10	747175	747184	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020971	AGAAT	2	10	760471	760480	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020971	AGGGG	2	10	760702	760711	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020971	AAAAG	2	10	781271	781280	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020971	AGGTA	2	10	784669	784678	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020971	TCCTT	2	10	785852	785861	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020971	TTTCT	2	10	805268	805277	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020971	AGAAA	2	10	813800	813809	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020971	AAGAG	2	10	825639	825648	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020971	CTTTT	2	10	859932	859941	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020971	AGAAA	2	10	864259	864268	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020971	CTTTT	2	10	881923	881932	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020971	TAGAA	2	10	890363	890372	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020971	CTTTT	2	10	906398	906407	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020971	TTTTA	2	10	907143	907152	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020971	AGAGC	2	10	909430	909439	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020971	AAGAG	2	10	929104	929113	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020971	GCTAG	2	10	929130	929139	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020971	TCGTT	2	10	937525	937534	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020971	TTCTT	2	10	940481	940490	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020971	CTTCA	2	10	962366	962375	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020971	CTAGT	2	10	969223	969232	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020971	TAAAA	2	10	985218	985227	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020971	ATAAA	2	10	985249	985258	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020971	CGGGG	2	10	1006659	1006668	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020971	TATTT	2	10	1008817	1008826	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020971	TAGAA	2	10	1020245	1020254	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020971	TTTTA	2	10	1042562	1042571	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.