MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/Bour complete genome

Total Repeats: 349

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020971	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020971	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020971	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020971	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020971	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020971	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020971	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020971	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020971	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020971	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020971	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020971	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020971	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020971	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020971	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020971	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020971	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020971	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020971	TATT	2	8	52895	52902	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020971	GTTT	2	8	54755	54762	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020971	TGTT	2	8	54763	54770	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020971	TAAT	2	8	54807	54814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020971	CAGA	2	8	61062	61069	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020971	ACAA	2	8	67706	67713	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020971	AAGG	2	8	67804	67811	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020971	GATA	2	8	72285	72292	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020971	TCTA	2	8	76944	76951	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020971	GTTT	2	8	79718	79725	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020971	ATTC	2	8	79921	79928	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_020971	GGTT	2	8	80071	80078	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020971	GTTT	2	8	88378	88385	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020971	TTTA	2	8	88401	88408	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020971	GTTT	2	8	88413	88420	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020971	GTTT	2	8	88464	88471	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020971	GAAT	2	8	90731	90738	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020971	AAGT	2	8	90763	90770	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020971	AAAT	2	8	94008	94015	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020971	TATT	2	8	98033	98040	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020971	AAGA	2	8	107020	107027	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020971	CTGG	2	8	120733	120740	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_020971	GTTT	2	8	135240	135247	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020971	TACA	2	8	144697	144704	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020971	ATCT	2	8	151962	151969	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020971	GCTG	2	8	152001	152008	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020971	TGTT	2	8	157577	157584	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020971	AAAG	2	8	158420	158427	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020971	TTTA	2	8	158429	158436	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020971	TAAT	2	8	158546	158553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020971	TAAT	2	8	159382	159389	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020971	GCTT	2	8	162018	162025	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_020971	CTTC	2	8	166089	166096	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_020971	TTAG	2	8	170498	170505	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020971	AAAC	2	8	172245	172252	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_020971	GTAT	2	8	173427	173434	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020971	GGAA	2	8	178615	178622	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020971	TTCC	2	8	181026	181033	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_020971	AAAC	2	8	181129	181136	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_020971	AAAG	2	8	182404	182411	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020971	AAGA	2	8	182422	182429	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020971	AAAG	2	8	182602	182609	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020971	AAAC	2	8	187819	187826	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020971	GGAC	2	8	188178	188185	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020971	ATGC	2	8	192995	193002	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020971	CTTT	2	8	193136	193143	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020971	ACGA	2	8	203009	203016	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020971	GAAA	2	8	203294	203301	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020971	CCTT	2	8	216431	216438	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020971	CTAT	2	8	220121	220128	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020971	GCAA	2	8	220365	220372	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020971	AATT	2	8	221699	221706	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020971	CTTG	2	8	222048	222055	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020971	AAAC	2	8	225778	225785	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020971	TCCT	2	8	228403	228410	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020971	AAAT	2	8	244018	244025	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020971	AAGA	2	8	244037	244044	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020971	TTTC	2	8	246638	246645	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020971	TAAA	2	8	247472	247479	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020971	AATA	2	8	251131	251138	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020971	GAAA	2	8	252751	252758	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020971	GCAG	2	8	252800	252807	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020971	AGAA	2	8	252833	252840	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020971	CCAA	2	8	254716	254723	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020971	AAAC	2	8	255314	255321	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020971	TAAA	2	8	264719	264726	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020971	CAAA	2	8	267654	267661	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020971	ATAA	2	8	273887	273894	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020971	TCTA	2	8	274021	274028	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_020971	ATTT	2	8	274167	274174	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020971	GTTT	2	8	280009	280016	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020971	AAAG	2	8	280044	280051	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020971	TGCC	2	8	280532	280539	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_020971	GGGA	2	8	284380	284387	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020971	CAAA	2	8	284425	284432	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020971	TAAA	2	8	285522	285529	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020971	GATA	2	8	287183	287190	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020971	AATC	2	8	292308	292315	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020971	ACAA	2	8	298075	298082	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020971	GCTT	2	8	299405	299412	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020971	CCCT	2	8	299972	299979	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_020971	TAAA	2	8	302444	302451	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020971	TCCA	2	8	305603	305610	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020971	TCCC	2	8	305805	305812	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
103	NC_020971	ATTG	2	8	306990	306997	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020971	AATA	2	8	318379	318386	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020971	TAAA	2	8	318400	318407	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020971	CAGA	2	8	318408	318415	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020971	AATA	2	8	318475	318482	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020971	CAAT	2	8	328104	328111	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020971	GCTA	2	8	328794	328801	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020971	TTAA	2	8	334137	334144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020971	CAGT	2	8	334483	334490	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020971	CAAG	2	8	340663	340670	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020971	GCAA	2	8	359470	359477	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_020971	TTTA	2	8	364171	364178	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020971	CAAA	2	8	364465	364472	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_020971	TAGT	2	8	364778	364785	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020971	GCTT	2	8	368812	368819	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_020971	TAAA	2	8	369090	369097	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020971	AAAT	2	8	370008	370015	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020971	CCTT	2	8	370030	370037	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_020971	ATCT	2	8	370063	370070	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_020971	ACAA	2	8	370072	370079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_020971	TAAA	2	8	381846	381853	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020971	TTTA	2	8	391814	391821	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020971	GATT	2	8	392573	392580	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020971	AATT	2	8	392622	392629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020971	TTAT	2	8	396015	396022	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020971	GCAA	2	8	396068	396075	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020971	TCAT	2	8	405361	405368	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020971	CAAA	2	8	407497	407504	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_020971	ATTT	2	8	416914	416921	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020971	AGAA	2	8	416924	416931	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020971	ATTA	2	8	418713	418720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020971	TTCT	2	8	428771	428778	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020971	AACT	2	8	431003	431010	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020971	CAAA	2	8	431351	431358	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020971	ACTC	2	8	436043	436050	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020971	AAAC	2	8	441083	441090	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020971	AAAT	2	8	441225	441232	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020971	TAAC	2	8	443791	443798	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020971	AATT	2	8	448651	448658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020971	AAAC	2	8	448664	448671	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020971	CTTC	2	8	448806	448813	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020971	TCTT	2	8	454471	454478	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020971	TAAT	2	8	454484	454491	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020971	GCAA	2	8	458138	458145	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020971	CTTT	2	8	465687	465694	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020971	TTCT	2	8	467128	467135	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020971	CAAA	2	8	467153	467160	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020971	AGAA	2	8	486223	486230	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020971	AACA	2	8	489820	489827	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020971	TAAA	2	8	489883	489890	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.