MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 complete genome

Total Repeats: 294

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020970	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478460355
2	NC_020970	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460355
3	NC_020970	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460359
4	NC_020970	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460365
5	NC_020970	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460365
6	NC_020970	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460366
7	NC_020970	GTTCCT	2	12	19989	20000	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478460372
8	NC_020970	CTTTTT	2	12	22143	22154	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478460374
9	NC_020970	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478460375
10	NC_020970	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460387
11	NC_020970	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478460388
12	NC_020970	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478460388
13	NC_020970	TTTTGA	2	12	45577	45588	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478460394
14	NC_020970	TGAACG	2	12	52818	52829	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478460401
15	NC_020970	GTGATT	2	12	52837	52848	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460401
16	NC_020970	GATCTG	2	12	55486	55497	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478460403
17	NC_020970	GTGTAA	2	12	55534	55545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460403
18	NC_020970	GGTTCA	2	12	55623	55634	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478460403
19	NC_020970	GAAAAG	2	12	56882	56893	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460404
20	NC_020970	AGTTGT	2	12	58233	58244	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460405
21	NC_020970	TTGTTC	2	12	59153	59164	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478460405
22	NC_020970	TGAAAA	2	12	59623	59634	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478460406
23	NC_020970	TCCTAA	2	12	59962	59973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460406
24	NC_020970	GTTCTT	2	12	63882	63893	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478460408
25	NC_020970	CTATTT	2	12	72204	72215	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478460415
26	NC_020970	ACTCTT	2	12	73333	73344	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478460416
27	NC_020970	TTTCTG	2	12	73883	73894	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478460417
28	NC_020970	GATCAT	2	12	74013	74024	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478460417
29	NC_020970	TAGTAC	2	12	77007	77018	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478460418
30	NC_020970	GGTTTA	2	12	80658	80669	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460421
31	NC_020970	TTTAGT	2	12	82431	82442	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478460423
32	NC_020970	GTCTGT	2	12	83702	83713	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478460424
33	NC_020970	TTCTGA	2	12	89316	89327	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478460428
34	NC_020970	AAAAGA	2	12	94380	94391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478460434
35	NC_020970	AGCTGT	2	12	96473	96484	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478460435
36	NC_020970	TCTTTT	2	12	97138	97149	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478460437
37	NC_020970	GGGGCT	2	12	98086	98097	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478460437
38	NC_020970	TTTGAG	2	12	100290	100301	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460439
39	NC_020970	TCAGAA	2	12	106931	106942	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460444
40	NC_020970	CATAAC	2	12	109975	109986	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478460447
41	NC_020970	TGTTCT	2	12	112739	112750	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478460449
42	NC_020970	ACTTCG	2	12	116023	116034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478460451
43	NC_020970	TTGCCA	2	12	119561	119572	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478460456
44	NC_020970	TTGGTA	2	12	121101	121112	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460458
45	NC_020970	AGGATC	2	12	121480	121491	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478460458
46	NC_020970	AAGGGT	2	12	123287	123298	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478460459
47	NC_020970	GGGTTT	2	12	124250	124261	0 %	50 %	50 %	0 %	478460460
48	NC_020970	TTGCAT	2	12	124532	124543	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478460460
49	NC_020970	AAGAGA	2	12	124901	124912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460460
50	NC_020970	TTAAAA	2	12	133835	133846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460466
51	NC_020970	AGGTTG	2	12	135077	135088	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478460467
52	NC_020970	CTGTTT	2	12	135772	135783	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478460468
53	NC_020970	GAGTTA	2	12	140127	140138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460476
54	NC_020970	TGGAAA	2	12	142680	142691	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478460479
55	NC_020970	TGGAAT	2	12	143555	143566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460480
56	NC_020970	ATGGTT	2	12	143799	143810	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460480
57	NC_020970	TGCTCT	2	12	145990	146001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478460483
58	NC_020970	GAAAGG	2	12	149728	149739	50 %	0 %	50 %	0 %	478460485
59	NC_020970	GCTTTG	2	12	149971	149982	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478460485
60	NC_020970	CCTCAT	2	12	155391	155402	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478460490
61	NC_020970	TGGAGA	2	12	156849	156860	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478460492
62	NC_020970	CTCCAT	2	12	158216	158227	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478460493
63	NC_020970	TCCTTG	2	12	158812	158823	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478460494
64	NC_020970	AACAGC	2	12	161449	161460	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478460497
65	NC_020970	AAAAAG	2	12	174036	174047	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478460504
66	NC_020970	TCCCAA	2	12	182466	182477	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478460510
67	NC_020970	ACTTCT	2	12	190147	190158	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478460518
68	NC_020970	ATTTGC	2	12	192839	192850	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478460520
69	NC_020970	AAACAT	2	12	193929	193940	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478460523
70	NC_020970	AGCAAC	2	12	194264	194275	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478460523
71	NC_020970	TTGCCT	2	12	196973	196984	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478460527
72	NC_020970	TCTGGA	2	12	200223	200234	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478460531
73	NC_020970	CTGGAT	2	12	215814	215825	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478460544
74	NC_020970	GAAATA	2	12	216137	216148	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478460544
75	NC_020970	GATGCA	2	12	223029	223040	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478460551
76	NC_020970	ACTCCA	2	12	223919	223930	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478460552
77	NC_020970	CTGCTT	2	12	224151	224162	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478460552
78	NC_020970	ATTGCT	2	12	227460	227471	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478460555
79	NC_020970	TCCTAG	2	12	227750	227761	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478460555
80	NC_020970	GCAACG	2	12	228238	228249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460556
81	NC_020970	CTTAGC	2	12	230871	230882	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478460558
82	NC_020970	TTCCTT	2	12	237703	237714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460563
83	NC_020970	TCTCCT	2	12	240584	240595	0 %	50 %	0 %	50 %	478460564
84	NC_020970	AAACCA	2	12	241159	241170	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460565
85	NC_020970	CCTGCA	2	12	256548	256559	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478460583
86	NC_020970	ACCTTT	2	12	261743	261754	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478460588
87	NC_020970	TCATAA	2	12	269590	269601	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478460595
88	NC_020970	AAGTGT	2	12	270316	270327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460595
89	NC_020970	ATCTAA	2	12	273594	273605	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478460598
90	NC_020970	TGGAAT	2	12	275792	275803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460600
91	NC_020970	GGAACA	2	12	279679	279690	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478460602
92	NC_020970	CACGCG	2	12	282052	282063	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478460604
93	NC_020970	TTTCTT	2	12	282231	282242	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478460604
94	NC_020970	CTCCTA	2	12	286393	286404	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478460607
95	NC_020970	GCAATG	2	12	292511	292522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478460613
96	NC_020970	CGACAT	2	12	293184	293195	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478460614
97	NC_020970	CCCTTA	2	12	294638	294649	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478460616
98	NC_020970	AAAATA	2	12	296736	296747	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478460618
99	NC_020970	ACCACT	2	12	299091	299102	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478460620
100	NC_020970	CATTGC	2	12	302337	302348	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478460623
101	NC_020970	CCAAAA	2	12	303516	303527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460624
102	NC_020970	TCTTTT	2	12	305401	305412	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478460626
103	NC_020970	CAAGAC	2	12	306492	306503	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478460627
104	NC_020970	AGCTTA	2	12	307773	307784	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478460629
105	NC_020970	CAAAGA	2	12	313145	313156	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478460634
106	NC_020970	ATGGCT	2	12	313761	313772	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478460635
107	NC_020970	TACAAA	2	12	317951	317962	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478460638
108	NC_020970	TTAATT	2	12	319630	319641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460640
109	NC_020970	AAAACA	2	12	323116	323127	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478460642
110	NC_020970	AGAGAA	2	12	325208	325219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460643
111	NC_020970	CAGAAC	2	12	345101	345112	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478460661
112	NC_020970	ATTCAA	2	12	350078	350089	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478460666
113	NC_020970	TTCTTA	2	12	362055	362066	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478460674
114	NC_020970	CAGCCT	2	12	374026	374037	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478460688
115	NC_020970	AGCTGA	2	12	374076	374087	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478460688
116	NC_020970	ATGCTA	2	12	377943	377954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478460690
117	NC_020970	CAATAG	2	12	384549	384560	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460693
118	NC_020970	ACTGAA	2	12	384690	384701	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460693
119	NC_020970	CTGCAC	2	12	384883	384894	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478460693
120	NC_020970	TCCATA	2	12	395241	395252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460702
121	NC_020970	TTAGGT	2	12	396599	396610	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460704
122	NC_020970	AGGGAA	2	12	397925	397936	50 %	0 %	50 %	0 %	478460705
123	NC_020970	CTGAAG	2	12	398760	398771	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478460706
124	NC_020970	TAATCT	2	12	404177	404188	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478460709
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126	NC_020970	CTAAAG	2	12	405062	405073	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460711
127	NC_020970	CCTTTC	2	12	406226	406237	0 %	50 %	0 %	50 %	478460712
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129	NC_020970	ACATGC	2	12	415769	415780	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478460722
130	NC_020970	GGCTCT	2	12	416504	416515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460723
131	NC_020970	ATCTTG	2	12	418098	418109	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478460724
132	NC_020970	CCCCCA	2	12	419432	419443	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478460725
133	NC_020970	TTCCTC	2	12	423497	423508	0 %	50 %	0 %	50 %	478460729
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135	NC_020970	ACATCA	2	12	427391	427402	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478460732
136	NC_020970	CGGAAT	2	12	427653	427664	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478460733
137	NC_020970	TGATAA	2	12	429558	429569	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478460734
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139	NC_020970	TTCTCC	2	12	443968	443979	0 %	50 %	0 %	50 %	478460748
140	NC_020970	ATGAAG	2	12	453019	453030	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478460756
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142	NC_020970	ATCCGC	2	12	454461	454472	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478460756
143	NC_020970	CTAAAG	2	12	456879	456890	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460757
144	NC_020970	CCAATA	2	12	461864	461875	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478460761
145	NC_020970	ATCGGC	2	12	467711	467722	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478460769
146	NC_020970	TATTGG	2	12	468304	468315	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460769
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149	NC_020970	CTACAA	2	12	484786	484797	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478460774
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151	NC_020970	TTCTTT	2	12	493076	493087	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478460785
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153	NC_020970	TGAGTA	2	12	496589	496600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460787
154	NC_020970	AAACTG	2	12	500036	500047	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460792
155	NC_020970	GGTAAT	2	12	508374	508385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460800
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229	NC_020970	TTTCCA	2	12	777880	777891	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478461049
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231	NC_020970	ATTAGG	2	12	790275	790286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478461057
232	NC_020970	CCCTGA	2	12	793271	793282	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478461060
233	NC_020970	AGAATT	2	12	796193	796204	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478461063
234	NC_020970	AAGCTC	2	12	796432	796443	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478461063
235	NC_020970	TTTCTT	2	12	799297	799308	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478461065
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238	NC_020970	GCTGAG	2	12	804782	804793	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478461070
239	NC_020970	TAGCCT	2	12	807729	807740	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461071
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243	NC_020970	GAAAGG	2	12	833005	833016	50 %	0 %	50 %	0 %	478461090
244	NC_020970	AGCTTC	2	12	834459	834470	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478461091
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.