MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 complete genome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020970	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020970	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020970	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020970	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020970	CAAAA	2	10	43244	43253	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020970	GAAGA	2	10	48609	48618	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020970	CTATT	2	10	50187	50196	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020970	AATTT	2	10	54545	54554	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020970	AAAAG	2	10	69542	69551	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020970	CTTGC	2	10	72485	72494	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020970	AAAAG	2	10	77235	77244	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020970	ATCAA	2	10	78933	78942	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020970	TTTGT	2	10	85670	85679	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020970	AATAA	2	10	88669	88678	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020970	CTTTT	2	10	94741	94750	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020970	ACAAA	2	10	98286	98295	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020970	GCTCT	2	10	114559	114568	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_020970	TTGCA	2	10	137536	137545	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020970	AAAAG	2	10	142008	142017	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020970	TTCTA	2	10	157791	157800	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020970	CAAAA	2	10	162249	162258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020970	CGATA	2	10	188339	188348	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020970	CTAAG	2	10	203484	203493	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020970	ATTTC	2	10	222011	222020	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020970	CAATA	2	10	225134	225143	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020970	TACAA	2	10	248845	248854	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020970	TTTCA	2	10	264964	264973	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020970	AAAGC	2	10	299792	299801	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020970	TGTTT	2	10	302671	302680	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020970	TCAAT	2	10	322734	322743	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020970	GCAAC	2	10	334697	334706	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_020970	CTTGT	2	10	334757	334766	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020970	CCTTT	2	10	335213	335222	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020970	AAGGC	2	10	362968	362977	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020970	GCTTC	2	10	365078	365087	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020970	AGTAG	2	10	365155	365164	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020970	TCTCT	2	10	368622	368631	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_020970	AACAA	2	10	369005	369014	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020970	AAAAC	2	10	369327	369336	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020970	AAGCG	2	10	404845	404854	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020970	TATCT	2	10	410373	410382	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020970	GTATA	2	10	417094	417103	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020970	AGCAA	2	10	417130	417139	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020970	AAAAT	2	10	418979	418988	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020970	CTCTT	2	10	429043	429052	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_020970	TAAAA	2	10	431586	431595	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020970	AGAAA	2	10	437260	437269	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020970	CTCTT	2	10	437299	437308	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_020970	GAAGA	2	10	437309	437318	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020970	AAATT	2	10	437588	437597	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020970	AATTT	2	10	437609	437618	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020970	TAAAA	2	10	465821	465830	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020970	CAAAA	2	10	486162	486171	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020970	AATCT	2	10	503504	503513	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020970	CTTCT	2	10	503717	503726	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_020970	TTTCT	2	10	509104	509113	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020970	CCTTT	2	10	510113	510122	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_020970	TAAAA	2	10	515129	515138	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020970	AGGAA	2	10	517113	517122	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020970	ATGAA	2	10	517137	517146	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020970	TTGGA	2	10	524578	524587	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020970	CAAAA	2	10	525344	525353	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020970	TTTTC	2	10	537073	537082	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020970	AAAAG	2	10	558327	558336	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020970	GAAAA	2	10	565513	565522	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020970	ATTTT	2	10	566951	566960	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020970	ATACT	2	10	573023	573032	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020970	TCCCC	2	10	575816	575825	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_020970	AAAGG	2	10	581979	581988	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020970	TTTCC	2	10	629597	629606	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020970	ATTAA	2	10	637549	637558	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020970	TCGTC	2	10	650448	650457	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020970	TAAAA	2	10	686078	686087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020970	TTTAT	2	10	698032	698041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020970	TCATG	2	10	698227	698236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020970	AAAAC	2	10	702345	702354	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020970	GAAAA	2	10	707694	707703	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020970	TTATT	2	10	714753	714762	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020970	GAAGA	2	10	737647	737656	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020970	AGGGG	2	10	760685	760694	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020970	ATTTT	2	10	779429	779438	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020970	AAAAG	2	10	781262	781271	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020970	AGGTA	2	10	784661	784670	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020970	TCCTT	2	10	785844	785853	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_020970	CTCCA	2	10	786000	786009	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_020970	AAAAC	2	10	797040	797049	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020970	TTTCT	2	10	805261	805270	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020970	AGAAA	2	10	813793	813802	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020970	CTTTT	2	10	859883	859892	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020970	AGAAA	2	10	864235	864244	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020970	CTTTT	2	10	881929	881938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020970	TAGAA	2	10	890399	890408	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020970	CTTTT	2	10	906439	906448	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020970	TTTTA	2	10	907184	907193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020970	AGAGC	2	10	909472	909481	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020970	AAGAG	2	10	929146	929155	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020970	GCTAG	2	10	929172	929181	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020970	TCGTT	2	10	937559	937568	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020970	TTCTT	2	10	940516	940525	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020970	CTTCA	2	10	962404	962413	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020970	CTAGT	2	10	969261	969270	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020970	TAAAA	2	10	985254	985263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020970	CGGGG	2	10	1006696	1006705	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020970	TATTT	2	10	1008854	1008863	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020970	TAGAA	2	10	1020281	1020290	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020970	TTTTC	2	10	1038655	1038664	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020970	TTATT	2	10	1042553	1042562	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020970	TTTTA	2	10	1042603	1042612	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.