MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 complete genome

Total Repeats: 2880

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020970	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478460355
2	NC_020970	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478460355
3	NC_020970	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478460355
4	NC_020970	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478460355
5	NC_020970	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478460355
6	NC_020970	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020970	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478460356
8	NC_020970	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478460357
9	NC_020970	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478460357
10	NC_020970	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478460358
11	NC_020970	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478460358
12	NC_020970	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478460358
13	NC_020970	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478460359
14	NC_020970	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478460359
15	NC_020970	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478460359
16	NC_020970	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478460359
17	NC_020970	TGGA	2	8	5923	5930	25 %	25 %	50 %	0 %	478460360
18	NC_020970	CTTT	2	8	6300	6307	0 %	75 %	0 %	25 %	478460360
19	NC_020970	GGGA	2	8	6815	6822	25 %	0 %	75 %	0 %	478460360
20	NC_020970	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020970	GGTG	2	8	7118	7125	0 %	25 %	75 %	0 %	478460361
22	NC_020970	AAAT	2	8	7184	7191	75 %	25 %	0 %	0 %	478460361
23	NC_020970	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020970	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020970	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020970	AAGC	2	8	8421	8428	50 %	0 %	25 %	25 %	478460362
27	NC_020970	ATTG	2	8	8819	8826	25 %	50 %	25 %	0 %	478460363
28	NC_020970	AGCG	2	8	9286	9293	25 %	0 %	50 %	25 %	478460363
29	NC_020970	AAAG	2	8	9307	9314	75 %	0 %	25 %	0 %	478460363
30	NC_020970	CTTT	2	8	9647	9654	0 %	75 %	0 %	25 %	478460363
31	NC_020970	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020970	TTCG	2	8	10019	10026	0 %	50 %	25 %	25 %	478460364
33	NC_020970	AATT	2	8	10124	10131	50 %	50 %	0 %	0 %	478460364
34	NC_020970	ATGG	2	8	10183	10190	25 %	25 %	50 %	0 %	478460364
35	NC_020970	CTTT	2	8	10808	10815	0 %	75 %	0 %	25 %	478460365
36	NC_020970	GCAA	2	8	11025	11032	50 %	0 %	25 %	25 %	478460365
37	NC_020970	AGCC	2	8	11255	11262	25 %	0 %	25 %	50 %	478460365
38	NC_020970	GAAA	2	8	11398	11405	75 %	0 %	25 %	0 %	478460365
39	NC_020970	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020970	AATG	2	8	12141	12148	50 %	25 %	25 %	0 %	478460366
41	NC_020970	GTTT	2	8	13173	13180	0 %	75 %	25 %	0 %	478460367
42	NC_020970	ATGC	2	8	13603	13610	25 %	25 %	25 %	25 %	478460367
43	NC_020970	AAGG	2	8	14037	14044	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020970	TTGT	2	8	14638	14645	0 %	75 %	25 %	0 %	478460368
45	NC_020970	TTCT	2	8	14809	14816	0 %	75 %	0 %	25 %	478460368
46	NC_020970	ATTT	2	8	15015	15022	25 %	75 %	0 %	0 %	478460368
47	NC_020970	TTTC	2	8	15677	15684	0 %	75 %	0 %	25 %	478460369
48	NC_020970	AAAT	2	8	16159	16166	75 %	25 %	0 %	0 %	478460369
49	NC_020970	CAAA	2	8	16671	16678	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020970	GTAA	2	8	17001	17008	50 %	25 %	25 %	0 %	478460370
51	NC_020970	CTAA	2	8	17194	17201	50 %	25 %	0 %	25 %	478460370
52	NC_020970	AGAA	2	8	17457	17464	75 %	0 %	25 %	0 %	478460370
53	NC_020970	ATTT	2	8	17603	17610	25 %	75 %	0 %	0 %	478460370
54	NC_020970	TGCG	2	8	19125	19132	0 %	25 %	50 %	25 %	478460372
55	NC_020970	GAAG	2	8	20109	20116	50 %	0 %	50 %	0 %	478460372
56	NC_020970	TTTG	2	8	20135	20142	0 %	75 %	25 %	0 %	478460372
57	NC_020970	TGTA	2	8	20827	20834	25 %	50 %	25 %	0 %	478460373
58	NC_020970	CGCT	2	8	21867	21874	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020970	TTAA	2	8	21888	21895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020970	GTTA	2	8	21925	21932	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020970	GATC	2	8	21980	21987	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020970	GATG	2	8	22243	22250	25 %	25 %	50 %	0 %	478460374
63	NC_020970	CATT	2	8	23302	23309	25 %	50 %	0 %	25 %	478460374
64	NC_020970	GCTT	2	8	23645	23652	0 %	50 %	25 %	25 %	478460374
65	NC_020970	GGTT	2	8	23693	23700	0 %	50 %	50 %	0 %	478460374
66	NC_020970	TTCT	2	8	24063	24070	0 %	75 %	0 %	25 %	478460374
67	NC_020970	TAAC	2	8	24165	24172	50 %	25 %	0 %	25 %	478460374
68	NC_020970	CATT	2	8	24288	24295	25 %	50 %	0 %	25 %	478460374
69	NC_020970	GGTA	2	8	24658	24665	25 %	25 %	50 %	0 %	478460374
70	NC_020970	TTCG	2	8	25798	25805	0 %	50 %	25 %	25 %	478460375
71	NC_020970	TAGG	2	8	25877	25884	25 %	25 %	50 %	0 %	478460375
72	NC_020970	TTCC	2	8	26001	26008	0 %	50 %	0 %	50 %	478460375
73	NC_020970	TAGG	2	8	26115	26122	25 %	25 %	50 %	0 %	478460375
74	NC_020970	GCTT	2	8	26887	26894	0 %	50 %	25 %	25 %	478460375
75	NC_020970	GGAA	2	8	27470	27477	50 %	0 %	50 %	0 %	478460376
76	NC_020970	TTAA	2	8	27543	27550	50 %	50 %	0 %	0 %	478460376
77	NC_020970	AAAG	2	8	27593	27600	75 %	0 %	25 %	0 %	478460376
78	NC_020970	GGGC	2	8	27873	27880	0 %	0 %	75 %	25 %	478460376
79	NC_020970	GTTT	2	8	28156	28163	0 %	75 %	25 %	0 %	478460377
80	NC_020970	CAGA	2	8	28178	28185	50 %	0 %	25 %	25 %	478460377
81	NC_020970	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020970	CTTT	2	8	30150	30157	0 %	75 %	0 %	25 %	478460379
83	NC_020970	TTTG	2	8	30165	30172	0 %	75 %	25 %	0 %	478460379
84	NC_020970	TTGT	2	8	30200	30207	0 %	75 %	25 %	0 %	478460379
85	NC_020970	TGGC	2	8	30363	30370	0 %	25 %	50 %	25 %	478460379
86	NC_020970	AAAG	2	8	30923	30930	75 %	0 %	25 %	0 %	478460380
87	NC_020970	AAAC	2	8	30993	31000	75 %	0 %	0 %	25 %	478460380
88	NC_020970	GATG	2	8	31136	31143	25 %	25 %	50 %	0 %	478460380
89	NC_020970	GATA	2	8	32245	32252	50 %	25 %	25 %	0 %	478460382
90	NC_020970	TGAT	2	8	34740	34747	25 %	50 %	25 %	0 %	478460385
91	NC_020970	AAGA	3	12	34868	34879	75 %	0 %	25 %	0 %	478460385
92	NC_020970	AAGC	2	8	35088	35095	50 %	0 %	25 %	25 %	478460386
93	NC_020970	GTTC	2	8	35121	35128	0 %	50 %	25 %	25 %	478460386
94	NC_020970	GGCA	2	8	35500	35507	25 %	0 %	50 %	25 %	478460387
95	NC_020970	TCGA	2	8	35757	35764	25 %	25 %	25 %	25 %	478460387
96	NC_020970	TGCT	2	8	35910	35917	0 %	50 %	25 %	25 %	478460387
97	NC_020970	TATG	2	8	36053	36060	25 %	50 %	25 %	0 %	478460387
98	NC_020970	TTGG	2	8	36142	36149	0 %	50 %	50 %	0 %	478460387
99	NC_020970	AGAT	2	8	36862	36869	50 %	25 %	25 %	0 %	478460387
100	NC_020970	CTTT	2	8	37234	37241	0 %	75 %	0 %	25 %	478460388
101	NC_020970	ATGA	2	8	37724	37731	50 %	25 %	25 %	0 %	478460388
102	NC_020970	TAGG	2	8	37883	37890	25 %	25 %	50 %	0 %	478460388
103	NC_020970	CAAT	2	8	38067	38074	50 %	25 %	0 %	25 %	478460388
104	NC_020970	AATG	2	8	38854	38861	50 %	25 %	25 %	0 %	478460388
105	NC_020970	AGAA	2	8	39691	39698	75 %	0 %	25 %	0 %	478460389
106	NC_020970	AAGA	2	8	39743	39750	75 %	0 %	25 %	0 %	478460389
107	NC_020970	ATCC	2	8	39751	39758	25 %	25 %	0 %	50 %	478460389
108	NC_020970	TAAT	2	8	39962	39969	50 %	50 %	0 %	0 %	478460389
109	NC_020970	GTGC	2	8	42051	42058	0 %	25 %	50 %	25 %	478460391
110	NC_020970	AGAA	2	8	42470	42477	75 %	0 %	25 %	0 %	478460391
111	NC_020970	GGAT	2	8	42622	42629	25 %	25 %	50 %	0 %	478460391
112	NC_020970	AAAC	2	8	43831	43838	75 %	0 %	0 %	25 %	478460393
113	NC_020970	CAAT	2	8	44035	44042	50 %	25 %	0 %	25 %	478460393
114	NC_020970	TGTT	2	8	44415	44422	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020970	AATA	2	8	44653	44660	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020970	ATTT	2	8	44791	44798	25 %	75 %	0 %	0 %	478460394
117	NC_020970	GGAA	2	8	44818	44825	50 %	0 %	50 %	0 %	478460394
118	NC_020970	GCTC	2	8	45099	45106	0 %	25 %	25 %	50 %	478460394
119	NC_020970	TTCT	2	8	45241	45248	0 %	75 %	0 %	25 %	478460394
120	NC_020970	TTGA	2	8	45841	45848	25 %	50 %	25 %	0 %	478460395
121	NC_020970	TGTT	2	8	46013	46020	0 %	75 %	25 %	0 %	478460395
122	NC_020970	CTAT	2	8	46043	46050	25 %	50 %	0 %	25 %	478460395
123	NC_020970	TGTT	2	8	46072	46079	0 %	75 %	25 %	0 %	478460395
124	NC_020970	CTAT	2	8	46368	46375	25 %	50 %	0 %	25 %	478460395
125	NC_020970	AAGA	2	8	46863	46870	75 %	0 %	25 %	0 %	478460396
126	NC_020970	AAGA	2	8	46920	46927	75 %	0 %	25 %	0 %	478460396
127	NC_020970	AAAG	2	8	46960	46967	75 %	0 %	25 %	0 %	478460396
128	NC_020970	AAGA	2	8	47075	47082	75 %	0 %	25 %	0 %	478460396
129	NC_020970	ACTT	2	8	47336	47343	25 %	50 %	0 %	25 %	478460396
130	NC_020970	ATGG	2	8	47962	47969	25 %	25 %	50 %	0 %	478460396
131	NC_020970	AGGA	2	8	47993	48000	50 %	0 %	50 %	0 %	478460396
132	NC_020970	GAAC	2	8	48540	48547	50 %	0 %	25 %	25 %	478460396
133	NC_020970	AAGT	2	8	48575	48582	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020970	AACA	2	8	48784	48791	75 %	0 %	0 %	25 %	478460397
135	NC_020970	CTTT	2	8	48980	48987	0 %	75 %	0 %	25 %	478460397
136	NC_020970	CTTT	2	8	49865	49872	0 %	75 %	0 %	25 %	478460398
137	NC_020970	GTAG	2	8	49883	49890	25 %	25 %	50 %	0 %	478460398
138	NC_020970	GAAG	2	8	51311	51318	50 %	0 %	50 %	0 %	478460399
139	NC_020970	TTCA	2	8	51733	51740	25 %	50 %	0 %	25 %	478460399
140	NC_020970	TATT	2	8	52669	52676	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020970	GGAA	2	8	52900	52907	50 %	0 %	50 %	0 %	478460401
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