MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 complete genome

Total Repeats: 2538

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020970	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478460355
2	NC_020970	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478460355
3	NC_020970	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478460355
4	NC_020970	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478460355
5	NC_020970	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478460355
6	NC_020970	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478460356
7	NC_020970	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478460357
8	NC_020970	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478460357
9	NC_020970	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478460358
10	NC_020970	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478460358
11	NC_020970	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478460358
12	NC_020970	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478460359
13	NC_020970	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478460359
14	NC_020970	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478460359
15	NC_020970	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478460359
16	NC_020970	TGGA	2	8	5923	5930	25 %	25 %	50 %	0 %	478460360
17	NC_020970	CTTT	2	8	6300	6307	0 %	75 %	0 %	25 %	478460360
18	NC_020970	GGGA	2	8	6815	6822	25 %	0 %	75 %	0 %	478460360
19	NC_020970	GGTG	2	8	7118	7125	0 %	25 %	75 %	0 %	478460361
20	NC_020970	AAAT	2	8	7184	7191	75 %	25 %	0 %	0 %	478460361
21	NC_020970	AAGC	2	8	8421	8428	50 %	0 %	25 %	25 %	478460362
22	NC_020970	ATTG	2	8	8819	8826	25 %	50 %	25 %	0 %	478460363
23	NC_020970	AGCG	2	8	9286	9293	25 %	0 %	50 %	25 %	478460363
24	NC_020970	AAAG	2	8	9307	9314	75 %	0 %	25 %	0 %	478460363
25	NC_020970	CTTT	2	8	9647	9654	0 %	75 %	0 %	25 %	478460363
26	NC_020970	TTCG	2	8	10019	10026	0 %	50 %	25 %	25 %	478460364
27	NC_020970	AATT	2	8	10124	10131	50 %	50 %	0 %	0 %	478460364
28	NC_020970	ATGG	2	8	10183	10190	25 %	25 %	50 %	0 %	478460364
29	NC_020970	CTTT	2	8	10808	10815	0 %	75 %	0 %	25 %	478460365
30	NC_020970	GCAA	2	8	11025	11032	50 %	0 %	25 %	25 %	478460365
31	NC_020970	AGCC	2	8	11255	11262	25 %	0 %	25 %	50 %	478460365
32	NC_020970	GAAA	2	8	11398	11405	75 %	0 %	25 %	0 %	478460365
33	NC_020970	AATG	2	8	12141	12148	50 %	25 %	25 %	0 %	478460366
34	NC_020970	GTTT	2	8	13173	13180	0 %	75 %	25 %	0 %	478460367
35	NC_020970	ATGC	2	8	13603	13610	25 %	25 %	25 %	25 %	478460367
36	NC_020970	TTGT	2	8	14638	14645	0 %	75 %	25 %	0 %	478460368
37	NC_020970	TTCT	2	8	14809	14816	0 %	75 %	0 %	25 %	478460368
38	NC_020970	ATTT	2	8	15015	15022	25 %	75 %	0 %	0 %	478460368
39	NC_020970	TTTC	2	8	15677	15684	0 %	75 %	0 %	25 %	478460369
40	NC_020970	AAAT	2	8	16159	16166	75 %	25 %	0 %	0 %	478460369
41	NC_020970	GTAA	2	8	17001	17008	50 %	25 %	25 %	0 %	478460370
42	NC_020970	CTAA	2	8	17194	17201	50 %	25 %	0 %	25 %	478460370
43	NC_020970	AGAA	2	8	17457	17464	75 %	0 %	25 %	0 %	478460370
44	NC_020970	ATTT	2	8	17603	17610	25 %	75 %	0 %	0 %	478460370
45	NC_020970	TGCG	2	8	19125	19132	0 %	25 %	50 %	25 %	478460372
46	NC_020970	GAAG	2	8	20109	20116	50 %	0 %	50 %	0 %	478460372
47	NC_020970	TTTG	2	8	20135	20142	0 %	75 %	25 %	0 %	478460372
48	NC_020970	TGTA	2	8	20827	20834	25 %	50 %	25 %	0 %	478460373
49	NC_020970	GATG	2	8	22243	22250	25 %	25 %	50 %	0 %	478460374
50	NC_020970	CATT	2	8	23302	23309	25 %	50 %	0 %	25 %	478460374
51	NC_020970	GCTT	2	8	23645	23652	0 %	50 %	25 %	25 %	478460374
52	NC_020970	GGTT	2	8	23693	23700	0 %	50 %	50 %	0 %	478460374
53	NC_020970	TTCT	2	8	24063	24070	0 %	75 %	0 %	25 %	478460374
54	NC_020970	TAAC	2	8	24165	24172	50 %	25 %	0 %	25 %	478460374
55	NC_020970	CATT	2	8	24288	24295	25 %	50 %	0 %	25 %	478460374
56	NC_020970	GGTA	2	8	24658	24665	25 %	25 %	50 %	0 %	478460374
57	NC_020970	TTCG	2	8	25798	25805	0 %	50 %	25 %	25 %	478460375
58	NC_020970	TAGG	2	8	25877	25884	25 %	25 %	50 %	0 %	478460375
59	NC_020970	TTCC	2	8	26001	26008	0 %	50 %	0 %	50 %	478460375
60	NC_020970	TAGG	2	8	26115	26122	25 %	25 %	50 %	0 %	478460375
61	NC_020970	GCTT	2	8	26887	26894	0 %	50 %	25 %	25 %	478460375
62	NC_020970	GGAA	2	8	27470	27477	50 %	0 %	50 %	0 %	478460376
63	NC_020970	TTAA	2	8	27543	27550	50 %	50 %	0 %	0 %	478460376
64	NC_020970	AAAG	2	8	27593	27600	75 %	0 %	25 %	0 %	478460376
65	NC_020970	GGGC	2	8	27873	27880	0 %	0 %	75 %	25 %	478460376
66	NC_020970	GTTT	2	8	28156	28163	0 %	75 %	25 %	0 %	478460377
67	NC_020970	CAGA	2	8	28178	28185	50 %	0 %	25 %	25 %	478460377
68	NC_020970	CTTT	2	8	30150	30157	0 %	75 %	0 %	25 %	478460379
69	NC_020970	TTTG	2	8	30165	30172	0 %	75 %	25 %	0 %	478460379
70	NC_020970	TTGT	2	8	30200	30207	0 %	75 %	25 %	0 %	478460379
71	NC_020970	TGGC	2	8	30363	30370	0 %	25 %	50 %	25 %	478460379
72	NC_020970	AAAG	2	8	30923	30930	75 %	0 %	25 %	0 %	478460380
73	NC_020970	AAAC	2	8	30993	31000	75 %	0 %	0 %	25 %	478460380
74	NC_020970	GATG	2	8	31136	31143	25 %	25 %	50 %	0 %	478460380
75	NC_020970	GATA	2	8	32245	32252	50 %	25 %	25 %	0 %	478460382
76	NC_020970	TGAT	2	8	34740	34747	25 %	50 %	25 %	0 %	478460385
77	NC_020970	AAGA	3	12	34868	34879	75 %	0 %	25 %	0 %	478460385
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80	NC_020970	GGCA	2	8	35500	35507	25 %	0 %	50 %	25 %	478460387
81	NC_020970	TCGA	2	8	35757	35764	25 %	25 %	25 %	25 %	478460387
82	NC_020970	TGCT	2	8	35910	35917	0 %	50 %	25 %	25 %	478460387
83	NC_020970	TATG	2	8	36053	36060	25 %	50 %	25 %	0 %	478460387
84	NC_020970	TTGG	2	8	36142	36149	0 %	50 %	50 %	0 %	478460387
85	NC_020970	AGAT	2	8	36862	36869	50 %	25 %	25 %	0 %	478460387
86	NC_020970	CTTT	2	8	37234	37241	0 %	75 %	0 %	25 %	478460388
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88	NC_020970	TAGG	2	8	37883	37890	25 %	25 %	50 %	0 %	478460388
89	NC_020970	CAAT	2	8	38067	38074	50 %	25 %	0 %	25 %	478460388
90	NC_020970	AATG	2	8	38854	38861	50 %	25 %	25 %	0 %	478460388
91	NC_020970	AGAA	2	8	39691	39698	75 %	0 %	25 %	0 %	478460389
92	NC_020970	AAGA	2	8	39743	39750	75 %	0 %	25 %	0 %	478460389
93	NC_020970	ATCC	2	8	39751	39758	25 %	25 %	0 %	50 %	478460389
94	NC_020970	TAAT	2	8	39962	39969	50 %	50 %	0 %	0 %	478460389
95	NC_020970	GTGC	2	8	42051	42058	0 %	25 %	50 %	25 %	478460391
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99	NC_020970	CAAT	2	8	44035	44042	50 %	25 %	0 %	25 %	478460393
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102	NC_020970	GCTC	2	8	45099	45106	0 %	25 %	25 %	50 %	478460394
103	NC_020970	TTCT	2	8	45241	45248	0 %	75 %	0 %	25 %	478460394
104	NC_020970	TTGA	2	8	45841	45848	25 %	50 %	25 %	0 %	478460395
105	NC_020970	TGTT	2	8	46013	46020	0 %	75 %	25 %	0 %	478460395
106	NC_020970	CTAT	2	8	46043	46050	25 %	50 %	0 %	25 %	478460395
107	NC_020970	TGTT	2	8	46072	46079	0 %	75 %	25 %	0 %	478460395
108	NC_020970	CTAT	2	8	46368	46375	25 %	50 %	0 %	25 %	478460395
109	NC_020970	AAGA	2	8	46863	46870	75 %	0 %	25 %	0 %	478460396
110	NC_020970	AAGA	2	8	46920	46927	75 %	0 %	25 %	0 %	478460396
111	NC_020970	AAAG	2	8	46960	46967	75 %	0 %	25 %	0 %	478460396
112	NC_020970	AAGA	2	8	47075	47082	75 %	0 %	25 %	0 %	478460396
113	NC_020970	ACTT	2	8	47336	47343	25 %	50 %	0 %	25 %	478460396
114	NC_020970	ATGG	2	8	47962	47969	25 %	25 %	50 %	0 %	478460396
115	NC_020970	AGGA	2	8	47993	48000	50 %	0 %	50 %	0 %	478460396
116	NC_020970	GAAC	2	8	48540	48547	50 %	0 %	25 %	25 %	478460396
117	NC_020970	AACA	2	8	48784	48791	75 %	0 %	0 %	25 %	478460397
118	NC_020970	CTTT	2	8	48980	48987	0 %	75 %	0 %	25 %	478460397
119	NC_020970	CTTT	2	8	49865	49872	0 %	75 %	0 %	25 %	478460398
120	NC_020970	GTAG	2	8	49883	49890	25 %	25 %	50 %	0 %	478460398
121	NC_020970	GAAG	2	8	51311	51318	50 %	0 %	50 %	0 %	478460399
122	NC_020970	TTCA	2	8	51733	51740	25 %	50 %	0 %	25 %	478460399
123	NC_020970	GGAA	2	8	52900	52907	50 %	0 %	50 %	0 %	478460401
124	NC_020970	TTAA	2	8	53641	53648	50 %	50 %	0 %	0 %	478460401
125	NC_020970	CCTT	2	8	53848	53855	0 %	50 %	0 %	50 %	478460402
126	NC_020970	TTTA	2	8	54015	54022	25 %	75 %	0 %	0 %	478460402
127	NC_020970	AAAG	2	8	54239	54246	75 %	0 %	25 %	0 %	478460402
128	NC_020970	GATT	2	8	54376	54383	25 %	50 %	25 %	0 %	478460402
129	NC_020970	AATC	2	8	54431	54438	50 %	25 %	0 %	25 %	478460402
130	NC_020970	GGAT	2	8	54752	54759	25 %	25 %	50 %	0 %	478460403
131	NC_020970	TCGA	2	8	54914	54921	25 %	25 %	25 %	25 %	478460403
132	NC_020970	CTTC	2	8	54999	55006	0 %	50 %	0 %	50 %	478460403
133	NC_020970	GAAT	2	8	55034	55041	50 %	25 %	25 %	0 %	478460403
134	NC_020970	TTGA	2	8	55104	55111	25 %	50 %	25 %	0 %	478460403
135	NC_020970	GGAA	2	8	55463	55470	50 %	0 %	50 %	0 %	478460403
136	NC_020970	CTGG	3	12	56362	56373	0 %	25 %	50 %	25 %	478460404
137	NC_020970	TTGC	2	8	56499	56506	0 %	50 %	25 %	25 %	478460404
138	NC_020970	AGCG	2	8	56539	56546	25 %	0 %	50 %	25 %	478460404
139	NC_020970	AGCT	2	8	56998	57005	25 %	25 %	25 %	25 %	478460404
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