MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE4 complte genome

Total Repeats: 319

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020969	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478472965
2	NC_020969	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472965
3	NC_020969	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472969
4	NC_020969	CAAAAA	2	12	6852	6863	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_020969	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472975
6	NC_020969	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472975
7	NC_020969	TAGTGA	2	12	12695	12706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472976
8	NC_020969	GTTCCT	2	12	19980	19991	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472982
9	NC_020969	CTTTTT	2	12	22134	22145	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472984
10	NC_020969	GTGAGG	2	12	26064	26075	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478472985
11	NC_020969	GGATTT	2	12	36541	36552	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472997
12	NC_020969	AATTAG	2	12	37962	37973	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478472998
13	NC_020969	TTCCTG	2	12	38261	38272	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472998
14	NC_020969	TTTTGA	2	12	45568	45579	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478473005
15	NC_020969	TGAACG	2	12	52809	52820	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478473012
16	NC_020969	GTGATT	2	12	52828	52839	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473012
17	NC_020969	GATCTG	2	12	55461	55472	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473014
18	NC_020969	GTGTAA	2	12	55509	55520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473014
19	NC_020969	GGTTCA	2	12	55598	55609	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473014
20	NC_020969	CCAAGA	2	12	58030	58041	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478473016
21	NC_020969	AGTTGT	2	12	58136	58147	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473016
22	NC_020969	TCCTAA	2	12	59866	59877	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473017
23	NC_020969	AAAAAT	2	12	61361	61372	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020969	GTTCTT	2	12	63780	63791	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473019
25	NC_020969	CTATTT	2	12	72102	72113	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478473026
26	NC_020969	ACTCTT	2	12	73231	73242	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478473027
27	NC_020969	TTTCTG	2	12	73781	73792	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473028
28	NC_020969	GATCAT	2	12	73911	73922	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478473028
29	NC_020969	TAGTAC	2	12	76905	76916	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478473029
30	NC_020969	ATCTAG	2	12	77084	77095	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020969	GGTTTA	2	12	80556	80567	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473032
32	NC_020969	GTCTGT	2	12	83600	83611	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478473035
33	NC_020969	TTCTGA	2	12	89214	89225	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478473039
34	NC_020969	AAAAGA	2	12	94277	94288	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478473044
35	NC_020969	AGCTGT	2	12	96371	96382	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473045
36	NC_020969	TCTTTT	2	12	97030	97041	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478473047
37	NC_020969	GGGGCT	2	12	97978	97989	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478473047
38	NC_020969	TTTGAG	2	12	100182	100193	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473049
39	NC_020969	TCAGAA	2	12	106823	106834	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473054
40	NC_020969	CATAAC	2	12	109867	109878	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478473057
41	NC_020969	TGTTCT	2	12	112631	112642	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473059
42	NC_020969	ACTTCG	2	12	115915	115926	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473061
43	NC_020969	TTTTAG	2	12	116350	116361	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020969	TTGCCA	2	12	119454	119465	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473066
45	NC_020969	TAAAAA	2	12	120946	120957	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020969	TTGGTA	2	12	120994	121005	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473068
47	NC_020969	AGGATC	2	12	121373	121384	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478473068
48	NC_020969	AAGGGT	2	12	123180	123191	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478473069
49	NC_020969	GGGTTT	2	12	124143	124154	0 %	50 %	50 %	0 %	478473070
50	NC_020969	TTGCAT	2	12	124425	124436	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478473070
51	NC_020969	AAGAGA	2	12	124794	124805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473070
52	NC_020969	TTAAAA	2	12	133731	133742	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473076
53	NC_020969	AGGTTG	2	12	134973	134984	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478473077
54	NC_020969	GAGTTA	2	12	140024	140035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473086
55	NC_020969	TGGAAT	2	12	143452	143463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473090
56	NC_020969	ATGGTT	2	12	143696	143707	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473090
57	NC_020969	TGCTCT	2	12	145887	145898	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473093
58	NC_020969	GAAAGG	2	12	149625	149636	50 %	0 %	50 %	0 %	478473095
59	NC_020969	GCTTTG	2	12	149868	149879	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478473095
60	NC_020969	TGTGCG	2	12	153990	154001	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478473099
61	NC_020969	CCTCAT	2	12	155288	155299	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478473100
62	NC_020969	TGGAGA	2	12	156746	156757	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478473102
63	NC_020969	CTCCAT	2	12	158115	158126	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478473103
64	NC_020969	TCCTTG	2	12	158711	158722	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473104
65	NC_020969	AACAGC	2	12	161347	161358	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478473107
66	NC_020969	AAAAAG	2	12	173937	173948	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478473114
67	NC_020969	AGAAAA	2	12	182563	182574	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020969	ACTTCT	2	12	189625	189636	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478473127
69	NC_020969	ATTTGC	2	12	192318	192329	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478473128
70	NC_020969	AAACAT	2	12	193408	193419	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478473131
71	NC_020969	AGCAAC	2	12	193743	193754	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478473131
72	NC_020969	TATGAA	2	12	195337	195348	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020969	TCTGGA	2	12	200013	200024	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473138
74	NC_020969	CTGGAT	2	12	215606	215617	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473151
75	NC_020969	GAAATA	2	12	215929	215940	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478473151
76	NC_020969	ACTCCA	2	12	223675	223686	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478473159
77	NC_020969	CTGCTT	2	12	223907	223918	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473159
78	NC_020969	ATTGCT	2	12	227216	227227	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478473162
79	NC_020969	TCCTAG	2	12	227506	227517	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473162
80	NC_020969	GCAACG	2	12	227994	228005	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473163
81	NC_020969	CTTAGC	2	12	230623	230634	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473165
82	NC_020969	TTCCTT	2	12	237455	237466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473170
83	NC_020969	TCTCCT	2	12	240336	240347	0 %	50 %	0 %	50 %	478473171
84	NC_020969	AAACCA	2	12	240911	240922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473172
85	NC_020969	AACCCT	2	12	255335	255346	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020969	ATTTTT	2	12	256139	256150	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020969	CCTGCA	2	12	256300	256311	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478473190
88	NC_020969	ACCTTT	2	12	261495	261506	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478473195
89	NC_020969	TCATAA	2	12	269339	269350	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478473202
90	NC_020969	AAGTGT	2	12	270065	270076	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473202
91	NC_020969	AGGAGA	2	12	271238	271249	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020969	ATCTAA	2	12	273343	273354	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478473205
93	NC_020969	TGGAAT	2	12	275541	275552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473207
94	NC_020969	GGAACA	2	12	279428	279439	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478473209
95	NC_020969	ATATTA	2	12	280136	280147	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020969	CACGCG	2	12	281801	281812	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478473211
97	NC_020969	TTTCTT	2	12	281980	281991	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478473211
98	NC_020969	CTCCTA	2	12	286142	286153	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478473214
99	NC_020969	GCAATG	2	12	292261	292272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478473220
100	NC_020969	CGACAT	2	12	292934	292945	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478473221
101	NC_020969	CCCTTA	2	12	294388	294399	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478473223
102	NC_020969	AAAATA	2	12	296486	296497	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478473225
103	NC_020969	ACCACT	2	12	298841	298852	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478473227
104	NC_020969	CATTGC	2	12	302087	302098	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473230
105	NC_020969	CCAAAA	2	12	303266	303277	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473231
106	NC_020969	TCTTTT	2	12	305151	305162	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478473233
107	NC_020969	CAAGAC	2	12	306242	306253	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478473234
108	NC_020969	AGCTTA	2	12	307523	307534	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478473236
109	NC_020969	CAAAGA	2	12	312908	312919	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478473241
110	NC_020969	ATGGCT	2	12	313524	313535	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473242
111	NC_020969	TACAAA	2	12	317714	317725	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478473245
112	NC_020969	TTAATT	2	12	319393	319404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473247
113	NC_020969	AAAAAT	2	12	322486	322497	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020969	AAAACA	2	12	322878	322889	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478473249
115	NC_020969	AAAAAG	2	12	324304	324315	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020969	CAGAAC	2	12	344863	344874	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478473268
117	NC_020969	ATTCAA	2	12	349841	349852	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478473273
118	NC_020969	AGAATA	2	12	361798	361809	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020969	TTCTTA	2	12	361818	361829	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478473281
120	NC_020969	CAGCCT	2	12	373880	373891	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478473296
121	NC_020969	AGCTGA	2	12	373930	373941	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478473296
122	NC_020969	ATGCTA	2	12	377797	377808	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478473298
123	NC_020969	CAATAG	2	12	384403	384414	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473301
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162	NC_020969	AAGAAA	2	12	503535	503546	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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220	NC_020969	TTATTT	2	12	649308	649319	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
221	NC_020969	GCTTCT	2	12	650661	650672	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473551
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236	NC_020969	GCGATT	2	12	733797	733808	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473615
237	NC_020969	TATTGA	2	12	738123	738134	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478473618
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319	NC_020969	TAAAAT	2	12	1042582	1042593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.