MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE4 complte genome

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020969	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020969	GGTGT	2	10	13896	13905	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020969	AAAGA	2	10	33682	33691	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020969	TGCAA	2	10	42916	42925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020969	CAAAA	2	10	43234	43243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020969	GAAGA	2	10	48600	48609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020969	CTATT	2	10	50179	50188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020969	AATTT	2	10	54536	54545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020969	AAAAG	2	10	69440	69449	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020969	CTTGC	2	10	72383	72392	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020969	AAAAG	2	10	77133	77142	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020969	ATCAA	2	10	78831	78840	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020969	TTTGT	2	10	85568	85577	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020969	AATAA	2	10	88567	88576	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020969	TTTAA	2	10	94103	94112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020969	CTTTT	2	10	94638	94647	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020969	GTTTT	2	10	98051	98060	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020969	ACAAA	2	10	98178	98187	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020969	GCTCT	2	10	114451	114460	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_020969	TTGCA	2	10	137433	137442	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020969	AAAAG	2	10	141905	141914	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020969	TTCTA	2	10	157691	157700	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020969	CAAAA	2	10	162147	162156	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020969	CGATA	2	10	187837	187846	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020969	CTAAG	2	10	203274	203283	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020969	ATTTC	2	10	221767	221776	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020969	CAATA	2	10	224890	224899	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020969	TACAA	2	10	248597	248606	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020969	TTTCA	2	10	264713	264722	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020969	AAAGC	2	10	299542	299551	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020969	TGTTT	2	10	302421	302430	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020969	GCAAC	2	10	334465	334474	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020969	CTTGT	2	10	334525	334534	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020969	CCTTT	2	10	334983	334992	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020969	AAGGC	2	10	362731	362740	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020969	GCTTC	2	10	364843	364852	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020969	AGTAG	2	10	364921	364930	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020969	TCTCT	2	10	368473	368482	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020969	AACAA	2	10	368856	368865	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020969	AAAAC	2	10	369178	369187	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020969	AAGCG	2	10	404700	404709	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020969	TATCT	2	10	410228	410237	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020969	GTATA	2	10	416947	416956	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020969	AGCAA	2	10	416983	416992	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020969	AAAAT	2	10	418832	418841	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020969	CTCTT	2	10	428896	428905	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020969	TAAAA	2	10	431439	431448	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020969	AGAAA	2	10	437114	437123	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020969	CTCTT	2	10	437153	437162	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020969	GAAGA	2	10	437163	437172	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020969	AAATT	2	10	437450	437459	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020969	AATTT	2	10	437471	437480	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020969	TAAAA	2	10	465679	465688	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020969	CAAAA	2	10	486126	486135	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020969	AATCT	2	10	503467	503476	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020969	CTTCT	2	10	503680	503689	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020969	TTTCT	2	10	509070	509079	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020969	CCTTT	2	10	510079	510088	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020969	TAAAA	2	10	515098	515107	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020969	AGGAA	2	10	517082	517091	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020969	ATGAA	2	10	517106	517115	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020969	TTGGA	2	10	524558	524567	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020969	CAAAA	2	10	525333	525342	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020969	TTTTC	2	10	537063	537072	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020969	AAAAG	2	10	558317	558326	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020969	GAAAA	2	10	565501	565510	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020969	ATTTT	2	10	566938	566947	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020969	ATACT	2	10	573011	573020	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020969	TCCCC	2	10	575804	575813	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020969	AAAGG	2	10	581967	581976	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020969	ATTAA	2	10	637515	637524	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020969	TCGTC	2	10	650412	650421	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020969	TAAAA	2	10	686036	686045	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020969	TTTAT	2	10	697991	698000	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020969	TCATG	2	10	698186	698195	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020969	AAAAC	2	10	702297	702306	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020969	GAAAA	2	10	707647	707656	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020969	TTATT	2	10	714711	714720	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020969	GAAGA	2	10	737608	737617	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020969	TTTCT	2	10	747122	747131	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020969	AGAAT	2	10	760418	760427	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020969	AGGGG	2	10	760649	760658	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020969	AAAAG	2	10	781218	781227	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020969	AGGTA	2	10	784616	784625	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020969	TCCTT	2	10	785799	785808	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020969	TTTCT	2	10	805215	805224	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020969	AGAAA	2	10	813747	813756	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020969	AAGAG	2	10	825586	825595	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020969	AGAAA	2	10	864236	864245	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020969	TAGAA	2	10	890400	890409	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020969	CTTTT	2	10	906435	906444	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020969	TTTTA	2	10	907180	907189	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020969	AGAGC	2	10	909467	909476	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020969	AAGAG	2	10	929141	929150	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020969	GCTAG	2	10	929167	929176	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020969	TCGTT	2	10	937562	937571	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020969	TTCTT	2	10	940518	940527	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020969	CTTCA	2	10	962403	962412	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_020969	CTAGT	2	10	969260	969269	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020969	TAAAA	2	10	985255	985264	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020969	ATAAA	2	10	985286	985295	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020969	CGGGG	2	10	1006696	1006705	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020969	TATTT	2	10	1008854	1008863	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020969	TAGAA	2	10	1020282	1020291	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020969	TTTTC	2	10	1038650	1038659	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020969	TTATT	2	10	1042548	1042557	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020969	TTTTA	2	10	1042598	1042607	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.