MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 296

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020968	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478459454
2	NC_020968	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459454
3	NC_020968	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459458
4	NC_020968	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459464
5	NC_020968	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459464
6	NC_020968	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459465
7	NC_020968	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478459471
8	NC_020968	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478459473
9	NC_020968	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478459474
10	NC_020968	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459486
11	NC_020968	AATTAG	2	12	37972	37983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478459487
12	NC_020968	TTCCTG	2	12	38271	38282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478459487
13	NC_020968	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478459493
14	NC_020968	TGAACG	2	12	52929	52940	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478459500
15	NC_020968	GTGATT	2	12	52948	52959	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459500
16	NC_020968	GATCTG	2	12	55596	55607	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478459502
17	NC_020968	GTGTAA	2	12	55644	55655	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459502
18	NC_020968	GGTTCA	2	12	55733	55744	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478459502
19	NC_020968	GAAAAG	2	12	56992	57003	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459503
20	NC_020968	CCAAGA	2	12	58234	58245	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478459504
21	NC_020968	AGTTGT	2	12	58340	58351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459504
22	NC_020968	TTGTTC	2	12	59263	59274	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478459504
23	NC_020968	TGAAAA	2	12	59733	59744	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478459505
24	NC_020968	TCCTAA	2	12	60072	60083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459505
25	NC_020968	GTTCTT	2	12	63992	64003	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478459507
26	NC_020968	CTATTT	2	12	72314	72325	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478459514
27	NC_020968	ACTCTT	2	12	73443	73454	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478459515
28	NC_020968	TTTCTG	2	12	73993	74004	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478459516
29	NC_020968	GATCAT	2	12	74123	74134	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478459516
30	NC_020968	TAGTAC	2	12	77117	77128	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478459517
31	NC_020968	GGTTTA	2	12	80767	80778	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459520
32	NC_020968	TTTAGT	2	12	82540	82551	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478459522
33	NC_020968	GTCTGT	2	12	83811	83822	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478459523
34	NC_020968	TTCTGA	2	12	89425	89436	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478459527
35	NC_020968	AAAAGA	2	12	94369	94380	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478459533
36	NC_020968	AGCTGT	2	12	96462	96473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478459534
37	NC_020968	TCTTTT	2	12	97127	97138	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478459536
38	NC_020968	GGGGCT	2	12	98075	98086	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478459536
39	NC_020968	TTTGAG	2	12	100279	100290	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459538
40	NC_020968	TCAGAA	2	12	106920	106931	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459543
41	NC_020968	CATAAC	2	12	109964	109975	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478459546
42	NC_020968	TGTTCT	2	12	112728	112739	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478459548
43	NC_020968	ACTTCG	2	12	116012	116023	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478459550
44	NC_020968	TTGCCA	2	12	119551	119562	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478459555
45	NC_020968	TTGGTA	2	12	121091	121102	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459557
46	NC_020968	AGGATC	2	12	121470	121481	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478459557
47	NC_020968	AAGGGT	2	12	123277	123288	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478459558
48	NC_020968	GGGTTT	2	12	124240	124251	0 %	50 %	50 %	0 %	478459559
49	NC_020968	TTGCAT	2	12	124522	124533	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478459559
50	NC_020968	AAGAGA	2	12	124891	124902	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459559
51	NC_020968	TTAAAA	2	12	133824	133835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478459565
52	NC_020968	AGGTTG	2	12	135066	135077	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478459566
53	NC_020968	CTGTTT	2	12	135761	135772	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478459567
54	NC_020968	GAGTTA	2	12	140116	140127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459575
55	NC_020968	TGGAAA	2	12	142669	142680	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478459578
56	NC_020968	TGGAAT	2	12	143544	143555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459579
57	NC_020968	ATGGTT	2	12	143788	143799	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459579
58	NC_020968	TGCTCT	2	12	145980	145991	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478459582
59	NC_020968	GAAAGG	2	12	149718	149729	50 %	0 %	50 %	0 %	478459584
60	NC_020968	GCTTTG	2	12	149961	149972	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478459584
61	NC_020968	TGTGCG	2	12	154083	154094	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478459588
62	NC_020968	CCTCAT	2	12	155381	155392	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478459589
63	NC_020968	TGGAGA	2	12	156839	156850	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478459591
64	NC_020968	CTCCAT	2	12	158209	158220	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478459592
65	NC_020968	TCCTTG	2	12	158805	158816	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478459593
66	NC_020968	AAGTTT	2	12	158890	158901	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478459593
67	NC_020968	AACAGC	2	12	161442	161453	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478459596
68	NC_020968	AAAAAG	2	12	174029	174040	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478459603
69	NC_020968	ACTTCT	2	12	189767	189778	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478459616
70	NC_020968	ATTTGC	2	12	192460	192471	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478459617
71	NC_020968	AAACAT	2	12	193550	193561	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478459620
72	NC_020968	AGCAAC	2	12	193885	193896	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478459620
73	NC_020968	TTGCCT	2	12	196599	196610	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478459624
74	NC_020968	TCTGGA	2	12	199849	199860	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478459628
75	NC_020968	CTGGAT	2	12	215439	215450	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478459641
76	NC_020968	GAAATA	2	12	215762	215773	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478459641
77	NC_020968	GATGCA	2	12	222653	222664	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478459648
78	NC_020968	ACTCCA	2	12	223543	223554	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478459649
79	NC_020968	CTGCTT	2	12	223775	223786	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478459649
80	NC_020968	ATTGCT	2	12	227084	227095	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478459652
81	NC_020968	TCCTAG	2	12	227374	227385	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478459652
82	NC_020968	GCAACG	2	12	227862	227873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478459653
83	NC_020968	CTTAGC	2	12	230495	230506	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478459655
84	NC_020968	TTCCTT	2	12	237327	237338	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478459660
85	NC_020968	TCTCCT	2	12	240208	240219	0 %	50 %	0 %	50 %	478459661
86	NC_020968	AAACCA	2	12	240783	240794	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459662
87	NC_020968	CCTGCA	2	12	256164	256175	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478459680
88	NC_020968	ACCTTT	2	12	261359	261370	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478459685
89	NC_020968	TCATAA	2	12	269206	269217	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478459692
90	NC_020968	AAGTGT	2	12	269932	269943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459692
91	NC_020968	ATCTAA	2	12	273210	273221	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478459695
92	NC_020968	TGGAAT	2	12	275408	275419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459697
93	NC_020968	GGAACA	2	12	279295	279306	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478459699
94	NC_020968	CACGCG	2	12	281668	281679	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478459701
95	NC_020968	TTTCTT	2	12	281847	281858	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478459701
96	NC_020968	CTCCTA	2	12	286009	286020	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478459704
97	NC_020968	GCAATG	2	12	292128	292139	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478459710
98	NC_020968	CGACAT	2	12	292802	292813	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478459711
99	NC_020968	CCCTTA	2	12	294256	294267	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478459713
100	NC_020968	AAAATA	2	12	296354	296365	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478459715
101	NC_020968	ACCACT	2	12	298709	298720	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478459717
102	NC_020968	CATTGC	2	12	301955	301966	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478459720
103	NC_020968	CCAAAA	2	12	303134	303145	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478459721
104	NC_020968	TCTTTT	2	12	305019	305030	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478459723
105	NC_020968	CAAGAC	2	12	306110	306121	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478459724
106	NC_020968	AGCTTA	2	12	307391	307402	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478459726
107	NC_020968	CAAAGA	2	12	312763	312774	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478459731
108	NC_020968	ATGGCT	2	12	313379	313390	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478459732
109	NC_020968	TACAAA	2	12	317569	317580	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478459735
110	NC_020968	TTAATT	2	12	319248	319259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478459737
111	NC_020968	AAAACA	2	12	322735	322746	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478459739
112	NC_020968	CAGAAC	2	12	344702	344713	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478459758
113	NC_020968	ATTCAA	2	12	349679	349690	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478459763
114	NC_020968	TTCTTA	2	12	361656	361667	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478459771
115	NC_020968	CAGCCT	2	12	373627	373638	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478459785
116	NC_020968	AGCTGA	2	12	373677	373688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478459785
117	NC_020968	ATGCTA	2	12	377544	377555	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478459787
118	NC_020968	CAATAG	2	12	384150	384161	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459790
119	NC_020968	ACTGAA	2	12	384291	384302	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459790
120	NC_020968	CTGCAC	2	12	384484	384495	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478459790
121	NC_020968	TCCATA	2	12	394842	394853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459799
122	NC_020968	TTAGGT	2	12	396200	396211	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459801
123	NC_020968	AGGGAA	2	12	397526	397537	50 %	0 %	50 %	0 %	478459802
124	NC_020968	CTGAAG	2	12	398361	398372	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478459803
125	NC_020968	TAATCT	2	12	403769	403780	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478459806
126	NC_020968	GAACAA	2	12	404271	404282	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478459807
127	NC_020968	CTAAAG	2	12	404654	404665	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459808
128	NC_020968	CCTTTC	2	12	405818	405829	0 %	50 %	0 %	50 %	478459809
129	NC_020968	TTTTAA	2	12	409682	409693	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478459811
130	NC_020968	ACATGC	2	12	415361	415372	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478459819
131	NC_020968	GGCTCT	2	12	416096	416107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478459820
132	NC_020968	ATCTTG	2	12	417690	417701	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478459821
133	NC_020968	CCCCCA	2	12	419024	419035	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478459822
134	NC_020968	TTCCTC	2	12	423089	423100	0 %	50 %	0 %	50 %	478459826
135	NC_020968	CTCTAC	2	12	426338	426349	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478459828
136	NC_020968	ACATCA	2	12	426983	426994	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478459829
137	NC_020968	CGGAAT	2	12	427245	427256	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478459830
138	NC_020968	TGATAA	2	12	429150	429161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478459831
139	NC_020968	AGCTAA	2	12	431524	431535	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459834
140	NC_020968	TTCTCC	2	12	443560	443571	0 %	50 %	0 %	50 %	478459845
141	NC_020968	ATGAAG	2	12	452611	452622	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478459853
142	NC_020968	TAACTC	2	12	453128	453139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459853
143	NC_020968	ATCCGC	2	12	454053	454064	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478459853
144	NC_020968	CTAAAG	2	12	456471	456482	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459854
145	NC_020968	CCAATA	2	12	461456	461467	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478459858
146	NC_020968	ATCGGC	2	12	467303	467314	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478459866
147	NC_020968	TATTGG	2	12	467896	467907	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478459866
148	NC_020968	AAATAC	2	12	478236	478247	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478459870
149	NC_020968	TCTTCA	2	12	480675	480686	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478459871
150	NC_020968	CTACAA	2	12	484438	484449	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478459871
151	NC_020968	CCAATC	2	12	488906	488917	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478459875
152	NC_020968	TTCTTT	2	12	492727	492738	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478459882
153	NC_020968	CTGAAG	2	12	495786	495797	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478459884
154	NC_020968	TGAGTA	2	12	496240	496251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459884
155	NC_020968	AAACTG	2	12	499687	499698	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459888
156	NC_020968	GGTAAT	2	12	508025	508036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459896
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158	NC_020968	GGTTGT	2	12	511161	511172	0 %	50 %	50 %	0 %	478459900
159	NC_020968	GCTGTT	2	12	513519	513530	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478459902
160	NC_020968	CTCTAT	2	12	517013	517024	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478459906
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172	NC_020968	AGGGAA	2	12	540025	540036	50 %	0 %	50 %	0 %	478459923
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192	NC_020968	CTGCTC	2	12	601204	601215	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478459995
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219	NC_020968	AAATGC	2	12	704802	704813	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460085
220	NC_020968	GAAAGA	2	12	706920	706931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460086
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222	NC_020968	TATCCA	2	12	722209	722220	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460099
223	NC_020968	TATTGA	2	12	738097	738108	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478460108
224	NC_020968	TGTGAT	2	12	746393	746404	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478460115
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226	NC_020968	GGGAAG	2	12	759350	759361	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478460128
227	NC_020968	GGAAGA	2	12	763015	763026	50 %	0 %	50 %	0 %	478460130
228	NC_020968	ATGCAA	2	12	765327	765338	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478460134
229	NC_020968	GAGAAA	2	12	765556	765567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460134
230	NC_020968	TATATT	2	12	770996	771007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460139
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232	NC_020968	TAGCTG	2	12	779768	779779	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478460147
233	NC_020968	ATGAAG	2	12	784415	784426	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478460148
234	NC_020968	ATTAGG	2	12	790200	790211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460153
235	NC_020968	CCCTGA	2	12	793196	793207	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478460156
236	NC_020968	AGAATT	2	12	796117	796128	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478460159
237	NC_020968	AAGCTC	2	12	796356	796367	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478460159
238	NC_020968	TTTCTT	2	12	799222	799233	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478460161
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244	NC_020968	AAGAGG	2	12	828054	828065	50 %	0 %	50 %	0 %	478460181
245	NC_020968	GAAAGG	2	12	832929	832940	50 %	0 %	50 %	0 %	478460186
246	NC_020968	AGCTTC	2	12	834383	834394	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478460187
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.