MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 759

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020968	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	478459457
2	NC_020968	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	478459458
3	NC_020968	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	478459458
4	NC_020968	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	478459458
5	NC_020968	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	478459458
6	NC_020968	GTCTT	2	10	5819	5828	0 %	60 %	20 %	20 %	478459459
7	NC_020968	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020968	TGGTA	2	10	8291	8300	20 %	40 %	40 %	0 %	478459461
9	NC_020968	CGAAA	2	10	9699	9708	60 %	0 %	20 %	20 %	478459462
10	NC_020968	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478459463
11	NC_020968	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478459464
12	NC_020968	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478459464
13	NC_020968	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478459465
14	NC_020968	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478459466
15	NC_020968	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020968	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478459468
17	NC_020968	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478459469
18	NC_020968	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478459469
19	NC_020968	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478459469
20	NC_020968	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478459472
21	NC_020968	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478459473
22	NC_020968	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478459473
23	NC_020968	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478459473
24	NC_020968	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478459474
25	NC_020968	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478459475
26	NC_020968	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478459475
27	NC_020968	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478459477
28	NC_020968	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478459477
29	NC_020968	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478459478
30	NC_020968	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478459479
31	NC_020968	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478459480
32	NC_020968	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020968	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478459486
34	NC_020968	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478459486
35	NC_020968	ACGAT	2	10	38696	38705	40 %	20 %	20 %	20 %	478459487
36	NC_020968	TTTGA	2	10	39061	39070	20 %	60 %	20 %	0 %	478459487
37	NC_020968	AGCAA	2	10	42712	42721	60 %	0 %	20 %	20 %	478459490
38	NC_020968	CGATG	2	10	42769	42778	20 %	20 %	40 %	20 %	478459490
39	NC_020968	TGCAA	2	10	42927	42936	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020968	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020968	TTTAT	2	10	44843	44852	20 %	80 %	0 %	0 %	478459493
42	NC_020968	CTTTC	2	10	46939	46948	0 %	60 %	0 %	40 %	478459495
43	NC_020968	AGTTT	2	10	47478	47487	20 %	60 %	20 %	0 %	478459495
44	NC_020968	GAAGA	2	10	48611	48620	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020968	CTATT	2	10	50190	50199	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020968	CTTTT	2	10	50641	50650	0 %	80 %	0 %	20 %	478459498
47	NC_020968	CCGTA	2	10	54416	54425	20 %	20 %	20 %	40 %	478459501
48	NC_020968	AATTT	2	10	54656	54665	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020968	TCAGA	2	10	55307	55316	40 %	20 %	20 %	20 %	478459502
50	NC_020968	TTATC	2	10	55834	55843	20 %	60 %	0 %	20 %	478459502
51	NC_020968	TGAGT	2	10	55855	55864	20 %	40 %	40 %	0 %	478459502
52	NC_020968	GTTGT	2	10	56902	56911	0 %	60 %	40 %	0 %	478459503
53	NC_020968	GAGCA	2	10	60418	60427	40 %	0 %	40 %	20 %	478459505
54	NC_020968	TGTGA	2	10	62867	62876	20 %	40 %	40 %	0 %	478459507
55	NC_020968	AGTGA	2	10	64394	64403	40 %	20 %	40 %	0 %	478459508
56	NC_020968	CCTTC	2	10	64668	64677	0 %	40 %	0 %	60 %	478459508
57	NC_020968	AGGAG	2	10	66896	66905	40 %	0 %	60 %	0 %	478459510
58	NC_020968	GTTAA	2	10	67026	67035	40 %	40 %	20 %	0 %	478459510
59	NC_020968	CAAGC	2	10	69404	69413	40 %	0 %	20 %	40 %	478459512
60	NC_020968	AAAAG	2	10	69652	69661	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020968	GCGAT	2	10	70464	70473	20 %	20 %	40 %	20 %	478459513
62	NC_020968	CTCTT	2	10	70818	70827	0 %	60 %	0 %	40 %	478459513
63	NC_020968	AGGGG	2	10	71464	71473	20 %	0 %	80 %	0 %	478459513
64	NC_020968	AAGAA	2	10	71506	71515	80 %	0 %	20 %	0 %	478459513
65	NC_020968	CTTGC	2	10	72595	72604	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_020968	ATTGG	2	10	72796	72805	20 %	40 %	40 %	0 %	478459515
67	NC_020968	GAAAA	2	10	73868	73877	80 %	0 %	20 %	0 %	478459515
68	NC_020968	TGGGA	2	10	74285	74294	20 %	20 %	60 %	0 %	478459516
69	NC_020968	TATTT	2	10	76812	76821	20 %	80 %	0 %	0 %	478459517
70	NC_020968	AAAAG	2	10	77345	77354	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020968	ATCAA	2	10	79043	79052	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020968	TGTCT	2	10	80604	80613	0 %	60 %	20 %	20 %	478459520
73	NC_020968	TTACT	2	10	81111	81120	20 %	60 %	0 %	20 %	478459520
74	NC_020968	AGAAA	2	10	82501	82510	80 %	0 %	20 %	0 %	478459522
75	NC_020968	GGAAG	2	10	83014	83023	40 %	0 %	60 %	0 %	478459522
76	NC_020968	TTTGT	2	10	85779	85788	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020968	GATCC	2	10	86565	86574	20 %	20 %	20 %	40 %	478459525
78	NC_020968	AGAGC	2	10	87900	87909	40 %	0 %	40 %	20 %	478459526
79	NC_020968	AATAA	2	10	88778	88787	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020968	TTTTC	2	10	91512	91521	0 %	80 %	0 %	20 %	478459529
81	NC_020968	GGATG	2	10	91772	91781	20 %	20 %	60 %	0 %	478459530
82	NC_020968	CAACA	2	10	93311	93320	60 %	0 %	0 %	40 %	478459531
83	NC_020968	ACAGC	2	10	94356	94365	40 %	0 %	20 %	40 %	478459533
84	NC_020968	CTTTT	2	10	94730	94739	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020968	GGAAC	2	10	95068	95077	40 %	0 %	40 %	20 %	478459534
86	NC_020968	GGATT	2	10	95968	95977	20 %	40 %	40 %	0 %	478459534
87	NC_020968	AGCAT	2	10	95989	95998	40 %	20 %	20 %	20 %	478459534
88	NC_020968	CAATC	2	10	97070	97079	40 %	20 %	0 %	40 %	478459536
89	NC_020968	TTTGC	2	10	97204	97213	0 %	60 %	20 %	20 %	478459536
90	NC_020968	ATTCA	2	10	97468	97477	40 %	40 %	0 %	20 %	478459536
91	NC_020968	GATCC	2	10	97727	97736	20 %	20 %	20 %	40 %	478459536
92	NC_020968	GTTTT	2	10	98148	98157	0 %	80 %	20 %	0 %	478459536
93	NC_020968	ACAAA	2	10	98275	98284	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020968	AAGCT	2	10	99351	99360	40 %	20 %	20 %	20 %	478459537
95	NC_020968	AGGGG	2	10	99710	99719	20 %	0 %	80 %	0 %	478459537
96	NC_020968	ATAGC	2	10	100409	100418	40 %	20 %	20 %	20 %	478459538
97	NC_020968	AGCGA	2	10	103337	103346	40 %	0 %	40 %	20 %	478459541
98	NC_020968	TTTCT	2	10	103695	103704	0 %	80 %	0 %	20 %	478459541
99	NC_020968	ATCAT	2	10	104901	104910	40 %	40 %	0 %	20 %	478459542
100	NC_020968	GGCAT	2	10	105609	105618	20 %	20 %	40 %	20 %	478459542
101	NC_020968	AAAGC	2	10	109335	109344	60 %	0 %	20 %	20 %	478459545
102	NC_020968	GCATT	2	10	110495	110504	20 %	40 %	20 %	20 %	478459547
103	NC_020968	GCTCT	2	10	114548	114557	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020968	TGTTT	2	10	115172	115181	0 %	80 %	20 %	0 %	478459550
105	NC_020968	CATGT	2	10	115550	115559	20 %	40 %	20 %	20 %	478459550
106	NC_020968	TATCG	2	10	116254	116263	20 %	40 %	20 %	20 %	478459550
107	NC_020968	TTTCT	2	10	116770	116779	0 %	80 %	0 %	20 %	478459551
108	NC_020968	AAAGA	2	10	119015	119024	80 %	0 %	20 %	0 %	478459554
109	NC_020968	GCTTC	2	10	123005	123014	0 %	40 %	20 %	40 %	478459557
110	NC_020968	TACAA	2	10	126793	126802	60 %	20 %	0 %	20 %	478459561
111	NC_020968	ATCCA	2	10	129198	129207	40 %	20 %	0 %	40 %	478459564
112	NC_020968	GAAGA	2	10	130748	130757	60 %	0 %	40 %	0 %	478459564
113	NC_020968	AAAAG	2	10	132661	132670	80 %	0 %	20 %	0 %	478459565
114	NC_020968	GATTC	2	10	132992	133001	20 %	40 %	20 %	20 %	478459565
115	NC_020968	GGATA	2	10	135612	135621	40 %	20 %	40 %	0 %	478459567
116	NC_020968	ATTGG	2	10	136277	136286	20 %	40 %	40 %	0 %	478459568
117	NC_020968	ATTGT	2	10	136310	136319	20 %	60 %	20 %	0 %	478459568
118	NC_020968	TGTTT	2	10	136736	136745	0 %	80 %	20 %	0 %	478459569
119	NC_020968	TTGCA	2	10	137525	137534	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020968	TCCAG	2	10	140481	140490	20 %	20 %	20 %	40 %	478459575
121	NC_020968	GTACA	2	10	141212	141221	40 %	20 %	20 %	20 %	478459576
122	NC_020968	TAGAT	2	10	141585	141594	40 %	40 %	20 %	0 %	478459576
123	NC_020968	AAAAG	2	10	141997	142006	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020968	AAAAC	2	10	142477	142486	80 %	0 %	0 %	20 %	478459577
125	NC_020968	TGCTA	2	10	143563	143572	20 %	40 %	20 %	20 %	478459579
126	NC_020968	GGAGC	2	10	143610	143619	20 %	0 %	60 %	20 %	478459579
127	NC_020968	CTGGG	2	10	145025	145034	0 %	20 %	60 %	20 %	478459581
128	NC_020968	GTTTT	2	10	145772	145781	0 %	80 %	20 %	0 %	478459582
129	NC_020968	GAACC	2	10	149506	149515	40 %	0 %	20 %	40 %	478459583
130	NC_020968	ATTCT	2	10	153002	153011	20 %	60 %	0 %	20 %	478459587
131	NC_020968	CTGTG	2	10	153206	153215	0 %	40 %	40 %	20 %	478459587
132	NC_020968	TTCTT	2	10	155679	155688	0 %	80 %	0 %	20 %	478459590
133	NC_020968	TTCTA	2	10	157784	157793	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_020968	AGGAA	2	10	160239	160248	60 %	0 %	40 %	0 %	478459594
135	NC_020968	CAAAA	2	10	162242	162251	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020968	AGAGA	2	10	163470	163479	60 %	0 %	40 %	0 %	478459597
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138	NC_020968	CAAAA	2	10	167408	167417	80 %	0 %	0 %	20 %	478459599
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