MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020968	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020968	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020968	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020968	TGCAA	2	10	42927	42936	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020968	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020968	GAAGA	2	10	48611	48620	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020968	CTATT	2	10	50190	50199	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020968	AATTT	2	10	54656	54665	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020968	AAAAG	2	10	69652	69661	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020968	CTTGC	2	10	72595	72604	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020968	AAAAG	2	10	77345	77354	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020968	ATCAA	2	10	79043	79052	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020968	TTTGT	2	10	85779	85788	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020968	AATAA	2	10	88778	88787	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020968	CTTTT	2	10	94730	94739	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020968	ACAAA	2	10	98275	98284	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020968	GCTCT	2	10	114548	114557	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_020968	TTGCA	2	10	137525	137534	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020968	AAAAG	2	10	141997	142006	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020968	TTCTA	2	10	157784	157793	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020968	CAAAA	2	10	162242	162251	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020968	AGAAA	2	10	182603	182612	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020968	CGATA	2	10	187980	187989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020968	CTAAG	2	10	203110	203119	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020968	ATTTC	2	10	221635	221644	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020968	CAATA	2	10	224758	224767	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020968	TACAA	2	10	248470	248479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020968	TTTCA	2	10	264580	264589	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020968	AAAGC	2	10	299410	299419	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020968	TGTTT	2	10	302289	302298	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020968	TCAAT	2	10	322352	322361	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020968	GCAAC	2	10	334298	334307	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020968	CTTGT	2	10	334358	334367	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020968	CCTTT	2	10	334814	334823	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020968	AAGGC	2	10	362569	362578	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020968	GCTTC	2	10	364679	364688	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020968	AGTAG	2	10	364756	364765	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020968	TCTCT	2	10	368223	368232	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020968	AACAA	2	10	368606	368615	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020968	AAAAC	2	10	368928	368937	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020968	AAGCG	2	10	404437	404446	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020968	TATCT	2	10	409965	409974	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020968	GTATA	2	10	416686	416695	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020968	AGCAA	2	10	416722	416731	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020968	AAAAT	2	10	418571	418580	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020968	CTCTT	2	10	428635	428644	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020968	TAAAA	2	10	431178	431187	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020968	AGAAA	2	10	436852	436861	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020968	CTCTT	2	10	436891	436900	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020968	GAAGA	2	10	436901	436910	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020968	AAATT	2	10	437180	437189	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020968	AATTT	2	10	437201	437210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020968	TAAAA	2	10	465413	465422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020968	CAAAA	2	10	485814	485823	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020968	AATCT	2	10	503155	503164	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020968	CTTCT	2	10	503368	503377	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020968	TTTCT	2	10	508755	508764	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020968	CCTTT	2	10	509764	509773	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020968	TAAAA	2	10	514779	514788	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020968	AGGAA	2	10	516763	516772	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020968	ATGAA	2	10	516787	516796	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020968	TTGGA	2	10	524228	524237	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020968	CAAAA	2	10	524994	525003	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020968	TTTTC	2	10	537022	537031	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020968	AAAAG	2	10	558275	558284	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020968	GAAAA	2	10	565459	565468	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020968	ATTTT	2	10	566897	566906	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020968	ATACT	2	10	572969	572978	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020968	TCCCC	2	10	575762	575771	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020968	AAAGG	2	10	581924	581933	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020968	TTTCC	2	10	629543	629552	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020968	ATTAA	2	10	637494	637503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020968	TCGTC	2	10	650392	650401	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020968	TAAAA	2	10	686016	686025	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020968	TTTAT	2	10	697969	697978	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020968	TCATG	2	10	698164	698173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020968	AAAAC	2	10	702282	702291	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020968	GAAAA	2	10	707631	707640	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020968	TTATT	2	10	714690	714699	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020968	GAAGA	2	10	737584	737593	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020968	AGAAT	2	10	760392	760401	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020968	AGGGG	2	10	760623	760632	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020968	ATTTT	2	10	779367	779376	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020968	AAAAG	2	10	781188	781197	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020968	AGGTA	2	10	784587	784596	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020968	TCCTT	2	10	785770	785779	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_020968	CTCCA	2	10	785925	785934	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_020968	AAAAC	2	10	796965	796974	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020968	TTTCT	2	10	805186	805195	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020968	AGAAA	2	10	813718	813727	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020968	CTTTT	2	10	859807	859816	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020968	AGAAA	2	10	864158	864167	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020968	CTTTT	2	10	881852	881861	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020968	TAGAA	2	10	890322	890331	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020968	CTTTT	2	10	906362	906371	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020968	TTTTA	2	10	907107	907116	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020968	AGAGC	2	10	909395	909404	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020968	AAGAG	2	10	929067	929076	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020968	GCTAG	2	10	929093	929102	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020968	TCGTT	2	10	937487	937496	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020968	TTCTT	2	10	940444	940453	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020968	CTTCA	2	10	962332	962341	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020968	CTAGT	2	10	969189	969198	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020968	TAAAA	2	10	985182	985191	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020968	TATTT	2	10	1008784	1008793	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020968	TAGAA	2	10	1020211	1020220	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020968	TTTTC	2	10	1038585	1038594	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_020968	TTATT	2	10	1042483	1042492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020968	TTTTA	2	10	1042533	1042542	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.