MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2872

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020968	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478459454
2	NC_020968	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478459454
3	NC_020968	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478459454
4	NC_020968	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478459454
5	NC_020968	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478459454
6	NC_020968	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020968	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478459455
8	NC_020968	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478459456
9	NC_020968	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478459456
10	NC_020968	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478459457
11	NC_020968	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478459457
12	NC_020968	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478459457
13	NC_020968	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478459458
14	NC_020968	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478459458
15	NC_020968	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478459458
16	NC_020968	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478459458
17	NC_020968	TGGA	2	8	5923	5930	25 %	25 %	50 %	0 %	478459459
18	NC_020968	CTTT	2	8	6300	6307	0 %	75 %	0 %	25 %	478459459
19	NC_020968	GGGA	2	8	6815	6822	25 %	0 %	75 %	0 %	478459459
20	NC_020968	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020968	GGTG	2	8	7118	7125	0 %	25 %	75 %	0 %	478459460
22	NC_020968	AAAT	2	8	7184	7191	75 %	25 %	0 %	0 %	478459460
23	NC_020968	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020968	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020968	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020968	AAGC	2	8	8421	8428	50 %	0 %	25 %	25 %	478459461
27	NC_020968	ATTG	2	8	8819	8826	25 %	50 %	25 %	0 %	478459462
28	NC_020968	AGCG	2	8	9286	9293	25 %	0 %	50 %	25 %	478459462
29	NC_020968	AAAG	2	8	9307	9314	75 %	0 %	25 %	0 %	478459462
30	NC_020968	CTTT	2	8	9647	9654	0 %	75 %	0 %	25 %	478459462
31	NC_020968	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020968	TTCG	2	8	10019	10026	0 %	50 %	25 %	25 %	478459463
33	NC_020968	AATT	2	8	10124	10131	50 %	50 %	0 %	0 %	478459463
34	NC_020968	ATGG	2	8	10183	10190	25 %	25 %	50 %	0 %	478459463
35	NC_020968	CTTT	2	8	10808	10815	0 %	75 %	0 %	25 %	478459464
36	NC_020968	GCAA	2	8	11025	11032	50 %	0 %	25 %	25 %	478459464
37	NC_020968	AGCC	2	8	11255	11262	25 %	0 %	25 %	50 %	478459464
38	NC_020968	GAAA	2	8	11398	11405	75 %	0 %	25 %	0 %	478459464
39	NC_020968	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020968	AATG	2	8	12141	12148	50 %	25 %	25 %	0 %	478459465
41	NC_020968	ATTT	2	8	12918	12925	25 %	75 %	0 %	0 %	478459465
42	NC_020968	GTTT	2	8	13173	13180	0 %	75 %	25 %	0 %	478459466
43	NC_020968	ATGC	2	8	13603	13610	25 %	25 %	25 %	25 %	478459466
44	NC_020968	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020968	TTGT	2	8	14639	14646	0 %	75 %	25 %	0 %	478459467
46	NC_020968	TTCT	2	8	14810	14817	0 %	75 %	0 %	25 %	478459467
47	NC_020968	ATTT	2	8	15016	15023	25 %	75 %	0 %	0 %	478459467
48	NC_020968	TTTC	2	8	15678	15685	0 %	75 %	0 %	25 %	478459468
49	NC_020968	AAAT	2	8	16160	16167	75 %	25 %	0 %	0 %	478459468
50	NC_020968	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_020968	GTAA	2	8	17002	17009	50 %	25 %	25 %	0 %	478459469
52	NC_020968	CTAA	2	8	17195	17202	50 %	25 %	0 %	25 %	478459469
53	NC_020968	AGAA	2	8	17458	17465	75 %	0 %	25 %	0 %	478459469
54	NC_020968	ATTT	2	8	17604	17611	25 %	75 %	0 %	0 %	478459469
55	NC_020968	TGCG	2	8	19126	19133	0 %	25 %	50 %	25 %	478459471
56	NC_020968	CTTT	2	8	19165	19172	0 %	75 %	0 %	25 %	478459471
57	NC_020968	GAAG	2	8	20110	20117	50 %	0 %	50 %	0 %	478459471
58	NC_020968	TTTG	2	8	20136	20143	0 %	75 %	25 %	0 %	478459471
59	NC_020968	TGTA	2	8	20828	20835	25 %	50 %	25 %	0 %	478459472
60	NC_020968	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_020968	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020968	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020968	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020968	GATG	2	8	22244	22251	25 %	25 %	50 %	0 %	478459473
65	NC_020968	CATT	2	8	23303	23310	25 %	50 %	0 %	25 %	478459473
66	NC_020968	GCTT	2	8	23646	23653	0 %	50 %	25 %	25 %	478459473
67	NC_020968	GGTT	2	8	23694	23701	0 %	50 %	50 %	0 %	478459473
68	NC_020968	TTCT	2	8	24064	24071	0 %	75 %	0 %	25 %	478459473
69	NC_020968	TAAC	2	8	24166	24173	50 %	25 %	0 %	25 %	478459473
70	NC_020968	CATT	2	8	24289	24296	25 %	50 %	0 %	25 %	478459473
71	NC_020968	GGTA	2	8	24659	24666	25 %	25 %	50 %	0 %	478459473
72	NC_020968	TTCG	2	8	25799	25806	0 %	50 %	25 %	25 %	478459474
73	NC_020968	TAGG	2	8	25878	25885	25 %	25 %	50 %	0 %	478459474
74	NC_020968	TTCC	2	8	26002	26009	0 %	50 %	0 %	50 %	478459474
75	NC_020968	TAGG	2	8	26116	26123	25 %	25 %	50 %	0 %	478459474
76	NC_020968	GCTT	2	8	26888	26895	0 %	50 %	25 %	25 %	478459474
77	NC_020968	GGAA	2	8	27471	27478	50 %	0 %	50 %	0 %	478459475
78	NC_020968	TTAA	2	8	27544	27551	50 %	50 %	0 %	0 %	478459475
79	NC_020968	AAAG	2	8	27594	27601	75 %	0 %	25 %	0 %	478459475
80	NC_020968	GGGC	2	8	27874	27881	0 %	0 %	75 %	25 %	478459475
81	NC_020968	GTTT	2	8	28157	28164	0 %	75 %	25 %	0 %	478459476
82	NC_020968	CAGA	2	8	28179	28186	50 %	0 %	25 %	25 %	478459476
83	NC_020968	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020968	CTTT	2	8	30151	30158	0 %	75 %	0 %	25 %	478459478
85	NC_020968	TTTG	2	8	30166	30173	0 %	75 %	25 %	0 %	478459478
86	NC_020968	TTGT	2	8	30201	30208	0 %	75 %	25 %	0 %	478459478
87	NC_020968	TGGC	2	8	30364	30371	0 %	25 %	50 %	25 %	478459478
88	NC_020968	AAAG	2	8	30924	30931	75 %	0 %	25 %	0 %	478459479
89	NC_020968	AAAC	2	8	30994	31001	75 %	0 %	0 %	25 %	478459479
90	NC_020968	GATG	2	8	31137	31144	25 %	25 %	50 %	0 %	478459479
91	NC_020968	GATA	2	8	32246	32253	50 %	25 %	25 %	0 %	478459481
92	NC_020968	TGAT	2	8	34741	34748	25 %	50 %	25 %	0 %	478459484
93	NC_020968	AAGA	3	12	34869	34880	75 %	0 %	25 %	0 %	478459484
94	NC_020968	AAGC	2	8	35089	35096	50 %	0 %	25 %	25 %	478459485
95	NC_020968	GTTC	2	8	35122	35129	0 %	50 %	25 %	25 %	478459485
96	NC_020968	GGCA	2	8	35501	35508	25 %	0 %	50 %	25 %	478459486
97	NC_020968	TCGA	2	8	35758	35765	25 %	25 %	25 %	25 %	478459486
98	NC_020968	TGCT	2	8	35911	35918	0 %	50 %	25 %	25 %	478459486
99	NC_020968	TATG	2	8	36054	36061	25 %	50 %	25 %	0 %	478459486
100	NC_020968	TTGG	2	8	36143	36150	0 %	50 %	50 %	0 %	478459486
101	NC_020968	AGAT	2	8	36863	36870	50 %	25 %	25 %	0 %	478459486
102	NC_020968	CTTT	2	8	37236	37243	0 %	75 %	0 %	25 %	478459487
103	NC_020968	ATGA	2	8	37726	37733	50 %	25 %	25 %	0 %	478459487
104	NC_020968	TAGG	2	8	37885	37892	25 %	25 %	50 %	0 %	478459487
105	NC_020968	CAAT	2	8	38069	38076	50 %	25 %	0 %	25 %	478459487
106	NC_020968	AATG	2	8	38856	38863	50 %	25 %	25 %	0 %	478459487
107	NC_020968	AGAA	2	8	39693	39700	75 %	0 %	25 %	0 %	478459488
108	NC_020968	AAGA	2	8	39745	39752	75 %	0 %	25 %	0 %	478459488
109	NC_020968	ATCC	2	8	39753	39760	25 %	25 %	0 %	50 %	478459488
110	NC_020968	TAAT	2	8	39964	39971	50 %	50 %	0 %	0 %	478459488
111	NC_020968	GTGC	2	8	42053	42060	0 %	25 %	50 %	25 %	478459490
112	NC_020968	AGAA	2	8	42472	42479	75 %	0 %	25 %	0 %	478459490
113	NC_020968	GGAT	2	8	42624	42631	25 %	25 %	50 %	0 %	478459490
114	NC_020968	AAAC	2	8	43833	43840	75 %	0 %	0 %	25 %	478459492
115	NC_020968	CAAT	2	8	44037	44044	50 %	25 %	0 %	25 %	478459492
116	NC_020968	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020968	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020968	ATTT	2	8	44794	44801	25 %	75 %	0 %	0 %	478459493
119	NC_020968	GCTC	2	8	45102	45109	0 %	25 %	25 %	50 %	478459493
120	NC_020968	TTCT	2	8	45244	45251	0 %	75 %	0 %	25 %	478459493
121	NC_020968	TTGA	2	8	45844	45851	25 %	50 %	25 %	0 %	478459494
122	NC_020968	TGTT	2	8	46016	46023	0 %	75 %	25 %	0 %	478459494
123	NC_020968	CTAT	2	8	46046	46053	25 %	50 %	0 %	25 %	478459494
124	NC_020968	TGTT	2	8	46075	46082	0 %	75 %	25 %	0 %	478459494
125	NC_020968	CTAT	2	8	46371	46378	25 %	50 %	0 %	25 %	478459494
126	NC_020968	AAGA	2	8	46866	46873	75 %	0 %	25 %	0 %	478459495
127	NC_020968	AAGA	2	8	46923	46930	75 %	0 %	25 %	0 %	478459495
128	NC_020968	AAAG	2	8	46963	46970	75 %	0 %	25 %	0 %	478459495
129	NC_020968	AAGA	2	8	47078	47085	75 %	0 %	25 %	0 %	478459495
130	NC_020968	ACTT	2	8	47339	47346	25 %	50 %	0 %	25 %	478459495
131	NC_020968	ATGG	2	8	47965	47972	25 %	25 %	50 %	0 %	478459495
132	NC_020968	AGGA	2	8	47996	48003	50 %	0 %	50 %	0 %	478459495
133	NC_020968	GAAC	2	8	48543	48550	50 %	0 %	25 %	25 %	478459495
134	NC_020968	AAGT	2	8	48578	48585	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020968	AACA	2	8	48787	48794	75 %	0 %	0 %	25 %	478459496
136	NC_020968	CTTT	2	8	49868	49875	0 %	75 %	0 %	25 %	478459497
137	NC_020968	GTAG	2	8	49886	49893	25 %	25 %	50 %	0 %	478459497
138	NC_020968	GAAG	2	8	51314	51321	50 %	0 %	50 %	0 %	478459498
139	NC_020968	TTCA	2	8	51736	51743	25 %	50 %	0 %	25 %	478459498
140	NC_020968	TATT	2	8	52780	52787	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020968	GGAA	2	8	53011	53018	50 %	0 %	50 %	0 %	478459500
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