MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020968	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020968	GA	3	6	7598	7603	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020968	TA	3	6	11848	11853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020968	TA	3	6	13939	13944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020968	TA	4	8	14163	14170	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020968	AG	3	6	18115	18120	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020968	GA	3	6	18128	18133	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020968	CT	3	6	19050	19055	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_020968	AG	3	6	21116	21121	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020968	GA	3	6	21274	21279	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020968	AG	3	6	21791	21796	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020968	CT	3	6	21860	21865	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_020968	GA	3	6	27112	27117	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020968	CT	3	6	27119	27124	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_020968	TC	3	6	28487	28492	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_020968	AG	3	6	28570	28575	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020968	GA	3	6	36984	36989	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020968	AT	3	6	37086	37091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020968	CT	3	6	39353	39358	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_020968	CT	3	6	40724	40729	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_020968	CT	3	6	42916	42921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_020968	GA	5	10	43192	43201	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020968	TC	3	6	44408	44413	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_020968	TA	3	6	44561	44566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020968	AG	3	6	48643	48648	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020968	TG	4	8	51991	51998	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020968	GA	3	6	56216	56221	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020968	GA	3	6	61432	61437	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020968	AG	4	8	65457	65464	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020968	TA	3	6	69788	69793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020968	CT	3	6	72524	72529	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_020968	TA	3	6	85885	85890	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020968	TC	3	6	90986	90991	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020968	GA	3	6	91118	91123	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020968	CT	3	6	93468	93473	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_020968	GA	3	6	93996	94001	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020968	TA	3	6	94613	94618	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020968	TC	3	6	100494	100499	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_020968	AT	3	6	100545	100550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020968	TA	3	6	107221	107226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020968	TG	3	6	116463	116468	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020968	AG	4	8	119049	119056	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020968	GA	3	6	120871	120876	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020968	TA	3	6	123106	123111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020968	GT	3	6	124095	124100	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020968	CT	3	6	128628	128633	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_020968	TC	3	6	130950	130955	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_020968	AG	3	6	131027	131032	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020968	AG	3	6	131052	131057	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020968	GA	3	6	138776	138781	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020968	AT	3	6	143008	143013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020968	GA	3	6	152246	152251	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020968	AG	3	6	157814	157819	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020968	TC	3	6	172278	172283	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_020968	AG	3	6	172410	172415	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020968	CT	3	6	172428	172433	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_020968	TG	3	6	178919	178924	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020968	GA	3	6	184405	184410	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020968	TC	3	6	192520	192525	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020968	AT	3	6	192862	192867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020968	AG	3	6	197334	197339	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020968	TC	3	6	200325	200330	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020968	CT	3	6	204083	204088	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020968	GA	4	8	207142	207149	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020968	CT	4	8	207190	207197	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020968	AG	4	8	218462	218469	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020968	TA	3	6	220016	220021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020968	CT	3	6	221656	221661	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_020968	TC	3	6	224657	224662	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020968	AG	3	6	224688	224693	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020968	TC	3	6	238888	238893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020968	AG	3	6	238914	238919	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020968	CA	3	6	243838	243843	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020968	GT	3	6	244055	244060	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020968	GA	3	6	250923	250928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020968	TG	3	6	251033	251038	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020968	AG	3	6	251835	251840	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020968	AG	3	6	252844	252849	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020968	TA	3	6	254651	254656	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020968	AG	3	6	256930	256935	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020968	TC	3	6	256956	256961	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_020968	AG	3	6	258434	258439	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020968	TA	3	6	264797	264802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020968	CA	3	6	266604	266609	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_020968	CA	3	6	273855	273860	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020968	CT	3	6	273918	273923	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_020968	TA	3	6	274057	274062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020968	AT	4	8	284617	284624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020968	CT	3	6	285469	285474	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020968	TC	4	8	285560	285567	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020968	TC	3	6	287251	287256	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_020968	TC	3	6	287308	287313	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_020968	CT	3	6	287781	287786	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_020968	AT	3	6	299796	299801	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020968	CA	3	6	302125	302130	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020968	GA	3	6	306856	306861	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020968	AG	3	6	316062	316067	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020968	CT	3	6	348014	348019	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_020968	CT	3	6	351085	351090	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020968	TC	3	6	355311	355316	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020968	TC	3	6	359141	359146	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020968	CT	3	6	359227	359232	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_020968	AC	3	6	362560	362565	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_020968	GA	3	6	364470	364475	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020968	TC	3	6	364548	364553	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_020968	TA	3	6	364749	364754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020968	CT	4	8	381777	381784	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_020968	CG	3	6	391615	391620	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_020968	CA	3	6	392665	392670	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020968	TC	3	6	395212	395217	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020968	CT	3	6	395702	395707	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_020968	GA	3	6	395832	395837	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020968	GA	3	6	395963	395968	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020968	CT	3	6	410059	410064	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_020968	CT	3	6	411046	411051	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_020968	CT	3	6	429776	429781	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_020968	CT	3	6	430799	430804	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020968	AG	3	6	431146	431151	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020968	GA	3	6	432841	432846	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020968	AC	3	6	436839	436844	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_020968	CT	3	6	441110	441115	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_020968	AC	3	6	441148	441153	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_020968	CA	3	6	443617	443622	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_020968	CT	3	6	445021	445026	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_020968	CT	3	6	454303	454308	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_020968	AG	3	6	460444	460449	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020968	TC	3	6	466982	466987	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_020968	AT	3	6	467051	467056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020968	GA	4	8	468425	468432	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020968	TA	3	6	468468	468473	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020968	GA	3	6	468566	468571	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020968	TC	3	6	480298	480303	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_020968	AC	3	6	485829	485834	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_020968	GA	4	8	485874	485881	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020968	CA	3	6	485911	485916	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020968	TC	3	6	485952	485957	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_020968	AC	3	6	490387	490392	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020968	AG	3	6	490549	490554	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020968	CT	3	6	490568	490573	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_020968	AG	3	6	490861	490866	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020968	CT	3	6	493846	493851	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020968	CT	3	6	494364	494369	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_020968	TG	3	6	494397	494402	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020968	TA	3	6	494510	494515	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020968	CT	4	8	500167	500174	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_020968	CA	3	6	508237	508242	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_020968	CT	3	6	509175	509180	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_020968	TA	3	6	514977	514982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020968	AG	3	6	516875	516880	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020968	TC	3	6	517721	517726	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_020968	GA	3	6	517876	517881	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020968	AG	3	6	517912	517917	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020968	AT	3	6	524144	524149	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020968	AC	3	6	535389	535394	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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329	NC_020968	AG	4	8	1039594	1039601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.