MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 322

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478472061
2	NC_020967	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472065
3	NC_020967	CAAAAA	2	12	6850	6861	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020967	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472071
5	NC_020967	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472071
6	NC_020967	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472072
7	NC_020967	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472078
8	NC_020967	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472080
9	NC_020967	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478472081
10	NC_020967	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472093
11	NC_020967	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478472094
12	NC_020967	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472094
13	NC_020967	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478472101
14	NC_020967	TGAACG	2	12	52930	52941	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472108
15	NC_020967	GTGATT	2	12	52949	52960	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472108
16	NC_020967	AAAATT	2	12	54681	54692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020967	GATCTG	2	12	55588	55599	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472110
18	NC_020967	GGTTCA	2	12	55725	55736	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472110
19	NC_020967	AGTTGT	2	12	58266	58277	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472112
20	NC_020967	TTGTTC	2	12	59186	59197	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478472112
21	NC_020967	TCCTAA	2	12	59996	60007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472113
22	NC_020967	AAAAAT	2	12	61491	61502	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020967	GTTCTT	2	12	63916	63927	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478472115
24	NC_020967	CTATTT	2	12	72238	72249	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478472122
25	NC_020967	ACTCTT	2	12	73367	73378	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478472123
26	NC_020967	TTTCTG	2	12	73917	73928	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478472124
27	NC_020967	GATCAT	2	12	74047	74058	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472124
28	NC_020967	TAGTAC	2	12	77041	77052	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472125
29	NC_020967	ATCTAG	2	12	77220	77231	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020967	GTCTGT	2	12	83736	83747	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478472131
31	NC_020967	TTCTGA	2	12	89350	89361	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472135
32	NC_020967	AAAAGA	2	12	94413	94424	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478472140
33	NC_020967	AGCTGT	2	12	96507	96518	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472141
34	NC_020967	TCTTTT	2	12	97172	97183	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472143
35	NC_020967	GGGGCT	2	12	98120	98131	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478472143
36	NC_020967	TTTGAG	2	12	100324	100335	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472145
37	NC_020967	TCAGAA	2	12	106965	106976	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472150
38	NC_020967	CATAAC	2	12	110009	110020	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478472153
39	NC_020967	TGTTCT	2	12	112773	112784	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478472155
40	NC_020967	ACTTCG	2	12	116057	116068	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472157
41	NC_020967	TTTTAG	2	12	116492	116503	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020967	TTGCCA	2	12	119596	119607	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472162
43	NC_020967	TAAAAA	2	12	121088	121099	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020967	TTGGTA	2	12	121136	121147	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472164
45	NC_020967	AGGATC	2	12	121515	121526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472164
46	NC_020967	AAGGGT	2	12	123322	123333	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478472165
47	NC_020967	GGGTTT	2	12	124285	124296	0 %	50 %	50 %	0 %	478472166
48	NC_020967	TTGCAT	2	12	124567	124578	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472166
49	NC_020967	AAGAGA	2	12	124936	124947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472166
50	NC_020967	TTAAAA	2	12	133872	133883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472172
51	NC_020967	AGGTTG	2	12	135114	135125	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478472173
52	NC_020967	GAGTTA	2	12	140165	140176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472182
53	NC_020967	TGGAAT	2	12	143593	143604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472186
54	NC_020967	ATGGTT	2	12	143837	143848	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478472186
55	NC_020967	TGCTCT	2	12	146028	146039	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472189
56	NC_020967	GAAAGG	2	12	149766	149777	50 %	0 %	50 %	0 %	478472191
57	NC_020967	GCTTTG	2	12	150009	150020	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478472191
58	NC_020967	TGTGCG	2	12	154131	154142	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478472195
59	NC_020967	CCTCAT	2	12	155429	155440	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478472196
60	NC_020967	TGGAGA	2	12	156887	156898	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478472198
61	NC_020967	CTCCAT	2	12	158256	158267	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478472199
62	NC_020967	TCCTTG	2	12	158852	158863	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472200
63	NC_020967	AACAGC	2	12	161488	161499	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478472203
64	NC_020967	AAAAAG	2	12	174078	174089	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478472210
65	NC_020967	AGAAAA	2	12	182704	182715	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020967	ACTTCT	2	12	189763	189774	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478472224
67	NC_020967	ATTTGC	2	12	192456	192467	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472225
68	NC_020967	AAACAT	2	12	193546	193557	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478472228
69	NC_020967	AGCAAC	2	12	193881	193892	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478472228
70	NC_020967	TATGAA	2	12	195475	195486	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020967	TTGCCT	2	12	196593	196604	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472232
72	NC_020967	TCTGGA	2	12	199843	199854	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472236
73	NC_020967	CTGGAT	2	12	215434	215445	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472249
74	NC_020967	GAAATA	2	12	215757	215768	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478472249
75	NC_020967	TTTTAC	2	12	221450	221461	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_020967	ACTCCA	2	12	223503	223514	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478472257
77	NC_020967	CTGCTT	2	12	223735	223746	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472257
78	NC_020967	ATTGCT	2	12	227044	227055	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472260
79	NC_020967	TCCTAG	2	12	227334	227345	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472260
80	NC_020967	GCAACG	2	12	227822	227833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472261
81	NC_020967	CTTAGC	2	12	230451	230462	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472263
82	NC_020967	TTCCTT	2	12	237283	237294	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472268
83	NC_020967	TCTCCT	2	12	240164	240175	0 %	50 %	0 %	50 %	478472269
84	NC_020967	AAACCA	2	12	240739	240750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472270
85	NC_020967	AACCCT	2	12	255163	255174	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020967	ATTTTT	2	12	255967	255978	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020967	CCTGCA	2	12	256128	256139	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478472288
88	NC_020967	ACCTTT	2	12	261323	261334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478472293
89	NC_020967	TCATAA	2	12	269167	269178	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478472300
90	NC_020967	AAGTGT	2	12	269893	269904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472300
91	NC_020967	AGGAGA	2	12	271066	271077	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020967	ATCTAA	2	12	273171	273182	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478472303
93	NC_020967	TGGAAT	2	12	275369	275380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472305
94	NC_020967	GGAACA	2	12	279256	279267	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478472307
95	NC_020967	ATATTA	2	12	279964	279975	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020967	CACGCG	2	12	281629	281640	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478472309
97	NC_020967	TTTCTT	2	12	281808	281819	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472309
98	NC_020967	CTCCTA	2	12	285970	285981	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478472312
99	NC_020967	GCAATG	2	12	292089	292100	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472318
100	NC_020967	CGACAT	2	12	292762	292773	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478472319
101	NC_020967	CCCTTA	2	12	294216	294227	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478472321
102	NC_020967	AAAATA	2	12	296314	296325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478472323
103	NC_020967	ACCACT	2	12	298669	298680	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478472325
104	NC_020967	CATTGC	2	12	301915	301926	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478472328
105	NC_020967	CCAAAA	2	12	303094	303105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472329
106	NC_020967	TCTTTT	2	12	304979	304990	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478472331
107	NC_020967	CAAGAC	2	12	306070	306081	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478472332
108	NC_020967	AGCTTA	2	12	307351	307362	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472334
109	NC_020967	CAAAGA	2	12	312736	312747	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478472339
110	NC_020967	ATGGCT	2	12	313352	313363	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478472340
111	NC_020967	TACAAA	2	12	317542	317553	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478472343
112	NC_020967	TTAATT	2	12	319221	319232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472345
113	NC_020967	AAAAAT	2	12	322314	322325	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478472347
114	NC_020967	AAAACA	2	12	322706	322717	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478472348
115	NC_020967	AAAAAG	2	12	324132	324143	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020967	CAGAAC	2	12	344702	344713	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478472367
117	NC_020967	ATTCAA	2	12	349679	349690	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478472372
118	NC_020967	AGAATA	2	12	361636	361647	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020967	TTCTTA	2	12	361656	361667	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478472380
120	NC_020967	CAGCCT	2	12	373717	373728	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478472395
121	NC_020967	AGCTGA	2	12	373767	373778	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472395
122	NC_020967	ATGCTA	2	12	377634	377645	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472397
123	NC_020967	ATACAG	2	12	383886	383897	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472400
124	NC_020967	CAATAG	2	12	384240	384251	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472400
125	NC_020967	ACTGAA	2	12	384381	384392	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478472400
126	NC_020967	CTGCAC	2	12	384574	384585	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478472400
127	NC_020967	TCCATA	2	12	394933	394944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472409
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130	NC_020967	CTGAAG	2	12	398452	398463	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478472413
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139	NC_020967	CCCCCA	2	12	419121	419132	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478472432
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142	NC_020967	ACATCA	2	12	427080	427091	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478472439
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146	NC_020967	TTCTCC	2	12	443658	443669	0 %	50 %	0 %	50 %	478472455
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149	NC_020967	ATCCGC	2	12	454147	454158	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478472463
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164	NC_020967	AAGAAA	2	12	503363	503374	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020967	GGTAAT	2	12	508165	508176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472506
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169	NC_020967	AACTAA	2	12	515075	515086	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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187	NC_020967	ATTACA	2	12	551144	551155	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478472544
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222	NC_020967	TTATTT	2	12	649285	649296	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
223	NC_020967	GCTTCT	2	12	650638	650649	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478472650
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231	NC_020967	CCGCAA	2	12	698838	698849	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478472692
232	NC_020967	TGCTTG	2	12	701112	701123	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478472693
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235	NC_020967	TCTTGA	2	12	712024	712035	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478472698
236	NC_020967	TATCCA	2	12	722204	722215	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472708
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239	NC_020967	TATTGA	2	12	738100	738111	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478472717
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322	NC_020967	TAAAAT	2	12	1042542	1042553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.