MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020967	GGTGT	2	10	13907	13916	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020967	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020967	TGCAA	2	10	42928	42937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020967	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020967	GAAGA	2	10	48612	48621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020967	CTATT	2	10	50191	50200	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020967	ATTAA	2	10	51982	51991	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020967	AATTT	2	10	54657	54666	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020967	AAAAG	2	10	69576	69585	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020967	CTTGC	2	10	72519	72528	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_020967	AAAAG	2	10	77269	77278	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020967	ATCAA	2	10	78967	78976	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020967	TTTGT	2	10	85704	85713	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020967	AATAA	2	10	88703	88712	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020967	TTTAA	2	10	94239	94248	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020967	CTTTT	2	10	94774	94783	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020967	GTTTT	2	10	98193	98202	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020967	ACAAA	2	10	98320	98329	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020967	GCTCT	2	10	114593	114602	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_020967	TTGCA	2	10	137574	137583	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020967	AAAAG	2	10	142046	142055	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020967	TTCTA	2	10	157832	157841	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020967	CAAAA	2	10	162288	162297	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020967	CGATA	2	10	187977	187986	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020967	CTAAG	2	10	203104	203113	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020967	ATTTC	2	10	221595	221604	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020967	CAATA	2	10	224718	224727	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020967	TACAA	2	10	248425	248434	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020967	TTTCA	2	10	264541	264550	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020967	AAAGC	2	10	299370	299379	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020967	TGTTT	2	10	302249	302258	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020967	GCAAC	2	10	334293	334302	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020967	CTTGT	2	10	334353	334362	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020967	CCTTT	2	10	334811	334820	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020967	AAGGC	2	10	362569	362578	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020967	GCTTC	2	10	364679	364688	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_020967	AGTAG	2	10	364757	364766	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020967	TCTCT	2	10	368310	368319	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_020967	AACAA	2	10	368693	368702	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020967	AAAAC	2	10	369015	369024	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020967	AAGCG	2	10	404537	404546	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020967	TATCT	2	10	410064	410073	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020967	GTATA	2	10	416783	416792	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020967	AGCAA	2	10	416819	416828	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020967	AAAAT	2	10	418668	418677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020967	CTCTT	2	10	428732	428741	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020967	TAAAA	2	10	431275	431284	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020967	AGAAA	2	10	436950	436959	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020967	CTCTT	2	10	436989	436998	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_020967	GAAGA	2	10	436999	437008	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020967	AAATT	2	10	437278	437287	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020967	AATTT	2	10	437299	437308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020967	TAAAA	2	10	465507	465516	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020967	CAAAA	2	10	485954	485963	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020967	AATCT	2	10	503295	503304	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020967	CTTCT	2	10	503508	503517	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_020967	TTTCT	2	10	508895	508904	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_020967	CCTTT	2	10	509904	509913	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_020967	TAAAA	2	10	514924	514933	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020967	AGGAA	2	10	516908	516917	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020967	ATGAA	2	10	516932	516941	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020967	TTGGA	2	10	524383	524392	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020967	CAAAA	2	10	525158	525167	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020967	TTTTC	2	10	537041	537050	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020967	AAAAG	2	10	558295	558304	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020967	GAAAA	2	10	565479	565488	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020967	ATTTT	2	10	566916	566925	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020967	ATACT	2	10	572989	572998	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020967	TCCCC	2	10	575782	575791	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_020967	AAAGG	2	10	581945	581954	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020967	ATTAA	2	10	637492	637501	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020967	TCGTC	2	10	650389	650398	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020967	TAAAA	2	10	686013	686022	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020967	TTTAT	2	10	697968	697977	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020967	TCATG	2	10	698163	698172	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020967	AAAAC	2	10	702274	702283	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020967	GAAAA	2	10	707624	707633	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020967	TTATT	2	10	714688	714697	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020967	GAAGA	2	10	737585	737594	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020967	TTTCT	2	10	747099	747108	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020967	AGAAT	2	10	760395	760404	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020967	AGGGG	2	10	760626	760635	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020967	ATTTT	2	10	779369	779378	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020967	AGGTA	2	10	784568	784577	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020967	TCCTT	2	10	785751	785760	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_020967	TTTCT	2	10	805167	805176	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020967	AGAAA	2	10	813699	813708	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020967	AAGAG	2	10	825538	825547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020967	AGAAA	2	10	864188	864197	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020967	TAGAA	2	10	890352	890361	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020967	CTTTT	2	10	906387	906396	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020967	TTTTA	2	10	907132	907141	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020967	AGAGC	2	10	909419	909428	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020967	AAGAG	2	10	929093	929102	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020967	GCTAG	2	10	929119	929128	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020967	TCGTT	2	10	937514	937523	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020967	TTCTT	2	10	940470	940479	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020967	CTTCA	2	10	962355	962364	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_020967	CTAGT	2	10	969212	969221	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020967	TAAAA	2	10	985207	985216	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020967	ATAAA	2	10	985238	985247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020967	TATTT	2	10	1008806	1008815	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020967	TAGAA	2	10	1020234	1020243	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020967	TTTTA	2	10	1042558	1042567	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.