MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2871

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478472061
2	NC_020967	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478472061
3	NC_020967	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478472061
4	NC_020967	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478472061
5	NC_020967	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478472061
6	NC_020967	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020967	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478472062
8	NC_020967	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478472063
9	NC_020967	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478472063
10	NC_020967	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478472064
11	NC_020967	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478472064
12	NC_020967	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478472064
13	NC_020967	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478472065
14	NC_020967	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478472065
15	NC_020967	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478472065
16	NC_020967	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478472065
17	NC_020967	TGGA	2	8	5921	5928	25 %	25 %	50 %	0 %	478472066
18	NC_020967	CTTT	2	8	6298	6305	0 %	75 %	0 %	25 %	478472066
19	NC_020967	GGGA	2	8	6813	6820	25 %	0 %	75 %	0 %	478472066
20	NC_020967	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020967	GGTG	2	8	7116	7123	0 %	25 %	75 %	0 %	478472067
22	NC_020967	AAAT	2	8	7182	7189	75 %	25 %	0 %	0 %	478472067
23	NC_020967	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020967	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020967	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020967	AAGC	2	8	8420	8427	50 %	0 %	25 %	25 %	478472068
27	NC_020967	ATTG	2	8	8818	8825	25 %	50 %	25 %	0 %	478472069
28	NC_020967	AGCG	2	8	9285	9292	25 %	0 %	50 %	25 %	478472069
29	NC_020967	AAAG	2	8	9306	9313	75 %	0 %	25 %	0 %	478472069
30	NC_020967	CTTT	2	8	9646	9653	0 %	75 %	0 %	25 %	478472069
31	NC_020967	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020967	TTCG	2	8	10020	10027	0 %	50 %	25 %	25 %	478472070
33	NC_020967	AATT	2	8	10125	10132	50 %	50 %	0 %	0 %	478472070
34	NC_020967	ATGG	2	8	10184	10191	25 %	25 %	50 %	0 %	478472070
35	NC_020967	CTTT	2	8	10809	10816	0 %	75 %	0 %	25 %	478472071
36	NC_020967	GCAA	2	8	11026	11033	50 %	0 %	25 %	25 %	478472071
37	NC_020967	AGCC	2	8	11256	11263	25 %	0 %	25 %	50 %	478472071
38	NC_020967	GAAA	2	8	11399	11406	75 %	0 %	25 %	0 %	478472071
39	NC_020967	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020967	AATG	2	8	12142	12149	50 %	25 %	25 %	0 %	478472072
41	NC_020967	GTTT	2	8	13174	13181	0 %	75 %	25 %	0 %	478472073
42	NC_020967	ATGC	2	8	13604	13611	25 %	25 %	25 %	25 %	478472073
43	NC_020967	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020967	TTGT	2	8	14640	14647	0 %	75 %	25 %	0 %	478472074
45	NC_020967	TTCT	2	8	14811	14818	0 %	75 %	0 %	25 %	478472074
46	NC_020967	ATTT	2	8	15017	15024	25 %	75 %	0 %	0 %	478472074
47	NC_020967	TTTC	2	8	15679	15686	0 %	75 %	0 %	25 %	478472075
48	NC_020967	AAAT	2	8	16161	16168	75 %	25 %	0 %	0 %	478472075
49	NC_020967	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020967	GTAA	2	8	17003	17010	50 %	25 %	25 %	0 %	478472076
51	NC_020967	CTAA	2	8	17196	17203	50 %	25 %	0 %	25 %	478472076
52	NC_020967	AGAA	2	8	17459	17466	75 %	0 %	25 %	0 %	478472076
53	NC_020967	ATTT	2	8	17605	17612	25 %	75 %	0 %	0 %	478472076
54	NC_020967	TGCG	2	8	19127	19134	0 %	25 %	50 %	25 %	478472078
55	NC_020967	GAAG	2	8	20111	20118	50 %	0 %	50 %	0 %	478472078
56	NC_020967	TTTG	2	8	20137	20144	0 %	75 %	25 %	0 %	478472078
57	NC_020967	TGTA	2	8	20829	20836	25 %	50 %	25 %	0 %	478472079
58	NC_020967	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020967	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020967	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020967	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020967	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020967	TGGG	2	8	22247	22254	0 %	25 %	75 %	0 %	478472080
64	NC_020967	CATT	2	8	23304	23311	25 %	50 %	0 %	25 %	478472080
65	NC_020967	GCTT	2	8	23647	23654	0 %	50 %	25 %	25 %	478472080
66	NC_020967	GGTT	2	8	23695	23702	0 %	50 %	50 %	0 %	478472080
67	NC_020967	TTCT	2	8	24065	24072	0 %	75 %	0 %	25 %	478472080
68	NC_020967	TAAC	2	8	24167	24174	50 %	25 %	0 %	25 %	478472080
69	NC_020967	CATT	2	8	24290	24297	25 %	50 %	0 %	25 %	478472080
70	NC_020967	GGTA	2	8	24660	24667	25 %	25 %	50 %	0 %	478472080
71	NC_020967	TTGA	2	8	25655	25662	25 %	50 %	25 %	0 %	478472081
72	NC_020967	TTCG	2	8	25800	25807	0 %	50 %	25 %	25 %	478472081
73	NC_020967	TAGG	2	8	25879	25886	25 %	25 %	50 %	0 %	478472081
74	NC_020967	TTCC	2	8	26003	26010	0 %	50 %	0 %	50 %	478472081
75	NC_020967	TAGG	2	8	26117	26124	25 %	25 %	50 %	0 %	478472081
76	NC_020967	TTTC	2	8	26552	26559	0 %	75 %	0 %	25 %	478472081
77	NC_020967	GCTT	2	8	26889	26896	0 %	50 %	25 %	25 %	478472081
78	NC_020967	GGAA	2	8	27472	27479	50 %	0 %	50 %	0 %	478472082
79	NC_020967	TTAA	2	8	27545	27552	50 %	50 %	0 %	0 %	478472082
80	NC_020967	AAAG	2	8	27595	27602	75 %	0 %	25 %	0 %	478472082
81	NC_020967	GGGC	2	8	27875	27882	0 %	0 %	75 %	25 %	478472082
82	NC_020967	GTTT	2	8	28158	28165	0 %	75 %	25 %	0 %	478472083
83	NC_020967	CAGA	2	8	28180	28187	50 %	0 %	25 %	25 %	478472083
84	NC_020967	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020967	CTTT	2	8	30152	30159	0 %	75 %	0 %	25 %	478472085
86	NC_020967	TTTG	2	8	30167	30174	0 %	75 %	25 %	0 %	478472085
87	NC_020967	TTGT	2	8	30202	30209	0 %	75 %	25 %	0 %	478472085
88	NC_020967	TGGC	2	8	30365	30372	0 %	25 %	50 %	25 %	478472085
89	NC_020967	AAAG	2	8	30925	30932	75 %	0 %	25 %	0 %	478472086
90	NC_020967	AAAC	2	8	30995	31002	75 %	0 %	0 %	25 %	478472086
91	NC_020967	GATG	2	8	31138	31145	25 %	25 %	50 %	0 %	478472086
92	NC_020967	GATA	2	8	32247	32254	50 %	25 %	25 %	0 %	478472088
93	NC_020967	TGAT	2	8	34742	34749	25 %	50 %	25 %	0 %	478472091
94	NC_020967	AAGA	3	12	34870	34881	75 %	0 %	25 %	0 %	478472091
95	NC_020967	AAGC	2	8	35090	35097	50 %	0 %	25 %	25 %	478472092
96	NC_020967	GTTC	2	8	35123	35130	0 %	50 %	25 %	25 %	478472092
97	NC_020967	GGCA	2	8	35502	35509	25 %	0 %	50 %	25 %	478472093
98	NC_020967	TCGA	2	8	35759	35766	25 %	25 %	25 %	25 %	478472093
99	NC_020967	TGCT	2	8	35912	35919	0 %	50 %	25 %	25 %	478472093
100	NC_020967	TTGG	2	8	36144	36151	0 %	50 %	50 %	0 %	478472093
101	NC_020967	AGAT	2	8	36864	36871	50 %	25 %	25 %	0 %	478472093
102	NC_020967	CTTT	2	8	37237	37244	0 %	75 %	0 %	25 %	478472094
103	NC_020967	ATGA	2	8	37727	37734	50 %	25 %	25 %	0 %	478472094
104	NC_020967	TAGG	2	8	37886	37893	25 %	25 %	50 %	0 %	478472094
105	NC_020967	CAAT	2	8	38070	38077	50 %	25 %	0 %	25 %	478472094
106	NC_020967	AATG	2	8	38857	38864	50 %	25 %	25 %	0 %	478472094
107	NC_020967	AGAA	2	8	39694	39701	75 %	0 %	25 %	0 %	478472095
108	NC_020967	AAGA	2	8	39746	39753	75 %	0 %	25 %	0 %	478472095
109	NC_020967	ATCC	2	8	39754	39761	25 %	25 %	0 %	50 %	478472095
110	NC_020967	TAAT	2	8	39965	39972	50 %	50 %	0 %	0 %	478472095
111	NC_020967	GTGC	2	8	42054	42061	0 %	25 %	50 %	25 %	478472097
112	NC_020967	AGAA	2	8	42473	42480	75 %	0 %	25 %	0 %	478472097
113	NC_020967	GGAT	2	8	42625	42632	25 %	25 %	50 %	0 %	478472097
114	NC_020967	AAAC	2	8	43833	43840	75 %	0 %	0 %	25 %	478472100
115	NC_020967	CAAT	2	8	44037	44044	50 %	25 %	0 %	25 %	478472100
116	NC_020967	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020967	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020967	ATTT	2	8	44794	44801	25 %	75 %	0 %	0 %	478472101
119	NC_020967	GCTC	2	8	45102	45109	0 %	25 %	25 %	50 %	478472101
120	NC_020967	TTCT	2	8	45244	45251	0 %	75 %	0 %	25 %	478472101
121	NC_020967	TTGA	2	8	45844	45851	25 %	50 %	25 %	0 %	478472102
122	NC_020967	TGTT	2	8	46016	46023	0 %	75 %	25 %	0 %	478472102
123	NC_020967	CTAT	2	8	46046	46053	25 %	50 %	0 %	25 %	478472102
124	NC_020967	TGTT	2	8	46075	46082	0 %	75 %	25 %	0 %	478472102
125	NC_020967	CTAT	2	8	46371	46378	25 %	50 %	0 %	25 %	478472102
126	NC_020967	AAGA	2	8	46867	46874	75 %	0 %	25 %	0 %	478472103
127	NC_020967	AAGA	2	8	46924	46931	75 %	0 %	25 %	0 %	478472103
128	NC_020967	AAAG	2	8	46964	46971	75 %	0 %	25 %	0 %	478472103
129	NC_020967	AAGA	2	8	47079	47086	75 %	0 %	25 %	0 %	478472103
130	NC_020967	ACTT	2	8	47340	47347	25 %	50 %	0 %	25 %	478472103
131	NC_020967	ATGG	2	8	47966	47973	25 %	25 %	50 %	0 %	478472103
132	NC_020967	AGGA	2	8	47997	48004	50 %	0 %	50 %	0 %	478472103
133	NC_020967	GAAC	2	8	48544	48551	50 %	0 %	25 %	25 %	478472103
134	NC_020967	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020967	AACA	2	8	48788	48795	75 %	0 %	0 %	25 %	478472104
136	NC_020967	CTTT	2	8	48984	48991	0 %	75 %	0 %	25 %	478472104
137	NC_020967	CTTT	2	8	49869	49876	0 %	75 %	0 %	25 %	478472105
138	NC_020967	GTAG	2	8	49887	49894	25 %	25 %	50 %	0 %	478472105
139	NC_020967	GAAG	2	8	51315	51322	50 %	0 %	50 %	0 %	478472106
140	NC_020967	TTCA	2	8	51737	51744	25 %	50 %	0 %	25 %	478472106
141	NC_020967	TCTA	2	8	51954	51961	25 %	50 %	0 %	25 %	478472106
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