MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 349

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020967	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020967	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020967	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020967	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020967	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020967	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020967	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020967	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020967	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020967	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020967	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020967	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020967	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020967	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020967	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020967	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020967	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020967	TATT	2	8	52781	52788	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020967	GTTT	2	8	54641	54648	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020967	TGTT	2	8	54649	54656	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020967	TAAT	2	8	54693	54700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020967	CAGA	2	8	61314	61321	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020967	ACAA	2	8	67964	67971	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020967	AAGG	2	8	68062	68069	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020967	GATA	2	8	72543	72550	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020967	TCTA	2	8	77202	77209	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020967	GTTT	2	8	79976	79983	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020967	ATTC	2	8	80179	80186	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_020967	GGTT	2	8	80329	80336	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020967	GTTT	2	8	88636	88643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020967	TTTA	2	8	88659	88666	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020967	GTTT	2	8	88671	88678	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020967	GTTT	2	8	88722	88729	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020967	GAAT	2	8	90989	90996	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020967	AAGT	2	8	91021	91028	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020967	AAAT	2	8	94266	94273	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020967	TATT	2	8	98297	98304	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020967	AAGA	2	8	107284	107291	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020967	CTGG	2	8	120984	120991	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_020967	GTTT	2	8	135485	135492	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020967	ATCT	2	8	152204	152211	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020967	GCTG	2	8	152243	152250	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020967	TGTT	2	8	157819	157826	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020967	AAAG	2	8	158661	158668	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020967	TTTA	2	8	158670	158677	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020967	TAAT	2	8	158787	158794	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020967	TAAT	2	8	159622	159629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020967	GCTT	2	8	162258	162265	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020967	CTTC	2	8	166329	166336	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_020967	TTAG	2	8	170738	170745	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020967	AAAC	2	8	172485	172492	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020967	GTAT	2	8	173667	173674	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020967	GGAA	2	8	178855	178862	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020967	TTCC	2	8	181266	181273	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_020967	AAAC	2	8	181369	181376	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_020967	AAAG	2	8	182644	182651	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020967	AAGA	2	8	182662	182669	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020967	AAAG	2	8	182842	182849	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020967	AAAC	2	8	188059	188066	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020967	GGAC	2	8	188418	188425	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020967	ATGC	2	8	193232	193239	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020967	CTTT	2	8	193373	193380	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020967	ATTT	2	8	196820	196827	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020967	ACGA	2	8	202938	202945	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020967	GAAA	2	8	203224	203231	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020967	CCTT	2	8	216358	216365	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020967	CTAT	2	8	220048	220055	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020967	GCAA	2	8	220292	220299	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020967	AATT	2	8	221628	221635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020967	CTTG	2	8	221977	221984	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020967	AAAC	2	8	225707	225714	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020967	AAAT	2	8	243943	243950	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020967	AAGA	2	8	243962	243969	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020967	TTTC	2	8	246563	246570	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020967	TAAA	2	8	247397	247404	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020967	AATA	2	8	251055	251062	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020967	GAAA	2	8	252674	252681	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020967	GCAG	2	8	252723	252730	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_020967	AGAA	2	8	252756	252763	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020967	CCAA	2	8	254639	254646	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_020967	AAAC	2	8	255246	255253	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020967	TAAA	2	8	264651	264658	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020967	CAAA	2	8	267586	267593	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020967	ATAA	2	8	273819	273826	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020967	TCTA	2	8	273953	273960	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020967	ATTT	2	8	274099	274106	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020967	GTTT	2	8	279941	279948	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020967	AAAG	2	8	279976	279983	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020967	TGCC	2	8	280464	280471	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020967	AGGG	2	8	284311	284318	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020967	CAAA	2	8	284357	284364	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_020967	TAAA	2	8	285454	285461	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020967	GATA	2	8	287115	287122	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020967	AATC	2	8	292240	292247	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020967	ACAA	2	8	298007	298014	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020967	GCTT	2	8	299337	299344	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020967	CCCT	2	8	299904	299911	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_020967	TAAA	2	8	302376	302383	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020967	TCCA	2	8	305535	305542	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020967	TCCC	2	8	305737	305744	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020967	ATTG	2	8	306922	306929	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020967	AATA	2	8	318311	318318	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020967	TAAA	2	8	318332	318339	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020967	CAGA	2	8	318340	318347	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020967	AATA	2	8	318407	318414	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020967	CAAT	2	8	328036	328043	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020967	GCTA	2	8	328726	328733	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020967	TTAA	2	8	334069	334076	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020967	CAGT	2	8	334415	334422	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020967	CAAG	2	8	340603	340610	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020967	GCAA	2	8	359412	359419	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020967	TTTA	2	8	364113	364120	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020967	CAAA	2	8	364407	364414	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020967	TAGT	2	8	364718	364725	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020967	GCTT	2	8	368752	368759	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020967	TAAA	2	8	369030	369037	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020967	AAAT	2	8	369948	369955	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020967	CCTT	2	8	369970	369977	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_020967	ATCT	2	8	370003	370010	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_020967	ACAA	2	8	370012	370019	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_020967	TAAA	2	8	381786	381793	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020967	TTTA	2	8	391754	391761	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020967	GATT	2	8	392513	392520	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020967	AATT	2	8	392562	392569	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020967	TTAT	2	8	395955	395962	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020967	GCAA	2	8	396008	396015	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020967	TCAT	2	8	405302	405309	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020967	CTTT	2	8	407394	407401	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020967	CAAA	2	8	407438	407445	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_020967	ATTT	2	8	416854	416861	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020967	AGAA	2	8	416864	416871	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020967	ATTA	2	8	418653	418660	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020967	TTCT	2	8	428711	428718	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020967	AACT	2	8	430943	430950	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020967	CAAA	2	8	431291	431298	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020967	ACTC	2	8	435983	435990	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020967	AAAC	2	8	441015	441022	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020967	AAAT	2	8	441157	441164	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020967	TAAC	2	8	443723	443730	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020967	AATT	2	8	448583	448590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020967	AAAC	2	8	448596	448603	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020967	CTTC	2	8	448738	448745	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020967	TCTT	2	8	454403	454410	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020967	TAAT	2	8	454416	454423	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020967	GCAA	2	8	458070	458077	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020967	CTTT	2	8	465619	465626	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020967	TTCT	2	8	467060	467067	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020967	CAAA	2	8	467085	467092	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020967	AGAA	2	8	486155	486162	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020967	AACA	2	8	489752	489759	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020967	TAAA	2	8	489815	489822	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.