MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 1191

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020967	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020967	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020967	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020967	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_020967	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020967	CTT	2	6	6960	6965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020967	TTA	2	6	7752	7757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020967	GAA	2	6	7801	7806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020967	ATG	2	6	7837	7842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020967	TTC	3	9	9775	9783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020967	ATC	2	6	9791	9796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020967	GAA	2	6	9829	9834	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020967	CCT	2	6	9930	9935	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_020967	TAG	2	6	11793	11798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020967	CTT	2	6	11843	11848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020967	TCA	2	6	11880	11885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020967	AAT	2	6	13866	13871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020967	ACC	2	6	13877	13882	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_020967	ATT	2	6	13974	13979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020967	AAG	2	6	13991	13996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020967	TTA	2	6	14017	14022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020967	AAG	2	6	14051	14056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020967	AAC	2	6	14135	14140	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_020967	CTT	2	6	15558	15563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_020967	GTT	2	6	18231	18236	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020967	AGA	2	6	18977	18982	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020967	AAT	3	9	19039	19047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020967	TCT	2	6	19067	19072	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020967	CTT	3	9	20493	20501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020967	GAA	2	6	21018	21023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020967	GGA	2	6	21212	21217	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020967	AGA	3	9	21252	21260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020967	TGG	2	6	21471	21476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020967	AAC	2	6	21510	21515	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_020967	AGC	2	6	21527	21532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020967	TGA	2	6	21728	21733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020967	TCC	2	6	21845	21850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_020967	AAT	2	6	22021	22026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020967	TTA	2	6	25174	25179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020967	ACT	2	6	27128	27133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_020967	TAA	2	6	28481	28486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020967	AGA	2	6	28593	28598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020967	CTG	2	6	33722	33727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_020967	CTT	2	6	37079	37084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_020967	TAA	2	6	39417	39422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020967	AAG	2	6	39458	39463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020967	CTC	2	6	40736	40741	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_020967	AAG	2	6	40821	40826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020967	GAT	2	6	43276	43281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020967	AAG	2	6	43282	43287	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020967	GGA	2	6	43334	43339	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020967	TAA	2	6	43432	43437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020967	AAG	2	6	44573	44578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020967	GGA	2	6	44617	44622	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020967	ACT	2	6	44664	44669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_020967	AAG	2	6	46515	46520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020967	GCA	2	6	46525	46530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_020967	TAA	2	6	48588	48593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020967	TGT	2	6	48663	48668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020967	GTC	2	6	49341	49346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020967	AAG	2	6	49363	49368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020967	TAT	2	6	49392	49397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020967	AGA	2	6	50162	50167	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020967	AAG	2	6	50224	50229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020967	TCT	2	6	50238	50243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020967	AAT	2	6	50314	50319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020967	TGT	2	6	50336	50341	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020967	GCC	2	6	50383	50388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_020967	ATT	2	6	50432	50437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020967	CAA	2	6	50451	50456	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020967	TAA	2	6	52009	52014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020967	AGT	3	9	52077	52085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020967	GAT	2	6	52730	52735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020967	AAG	2	6	52808	52813	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020967	AAT	2	6	52835	52840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020967	ATT	2	6	52847	52852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020967	CTT	2	6	57954	57959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_020967	TCC	2	6	58014	58019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_020967	TAA	2	6	61369	61374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020967	AAG	2	6	61431	61436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020967	AGG	2	6	61439	61444	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020967	ACA	2	6	69245	69250	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_020967	AAG	2	6	69693	69698	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020967	TTC	2	6	69752	69757	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_020967	CTT	3	9	69761	69769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020967	AGA	2	6	72440	72445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020967	CGT	2	6	72488	72493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020967	AAG	2	6	75281	75286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020967	ACT	2	6	75296	75301	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_020967	AGT	2	6	75332	75337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020967	CTT	2	6	77301	77306	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_020967	GAG	3	9	79061	79069	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020967	AGG	2	6	79092	79097	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020967	ACC	2	6	79143	79148	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_020967	TTA	2	6	79794	79799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020967	CAT	2	6	79995	80000	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_020967	TAG	2	6	80011	80016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020967	TTC	2	6	80045	80050	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_020967	GTT	2	6	80063	80068	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020967	GTT	2	6	80105	80110	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020967	ATT	2	6	80114	80119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020967	AGG	2	6	80244	80249	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020967	TAG	2	6	80316	80321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020967	GTG	2	6	85662	85667	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020967	GTA	2	6	85686	85691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020967	AGC	2	6	85758	85763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020967	ATT	2	6	88622	88627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020967	AAC	2	6	88713	88718	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_020967	ATT	2	6	91128	91133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020967	GAA	2	6	91147	91152	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020967	AAG	3	9	91187	91195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020967	AGT	2	6	92541	92546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020967	GGA	2	6	92570	92575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020967	GTT	2	6	93487	93492	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020967	TGA	2	6	93537	93542	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020967	AGA	2	6	93555	93560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020967	GAG	2	6	93580	93585	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020967	AGA	2	6	93606	93611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020967	CCA	2	6	93637	93642	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_020967	AAG	2	6	93665	93670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020967	GAA	2	6	93701	93706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020967	TGA	2	6	93757	93762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020967	TAA	2	6	93787	93792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020967	AGC	2	6	93906	93911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_020967	AGT	2	6	93938	93943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020967	GAA	2	6	94052	94057	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020967	TGA	2	6	94063	94068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020967	TAA	2	6	94189	94194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020967	TAA	2	6	94611	94616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020967	TAA	2	6	94684	94689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020967	ATT	3	9	94902	94910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020967	TTA	2	6	98271	98276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020967	AAT	2	6	100146	100151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020967	GAA	2	6	100599	100604	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020967	TTA	2	6	102707	102712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020967	TCT	2	6	103993	103998	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_020967	TAA	3	9	107419	107427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020967	CTT	2	6	107463	107468	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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141	NC_020967	ATT	2	6	114627	114632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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