MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 12879

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472061
2	NC_020967	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472061
3	NC_020967	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
4	NC_020967	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
5	NC_020967	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472061
6	NC_020967	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
7	NC_020967	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472061
8	NC_020967	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472061
9	NC_020967	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478472061
10	NC_020967	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472061
11	NC_020967	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472061
12	NC_020967	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472061
13	NC_020967	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472061
14	NC_020967	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472061
15	NC_020967	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472061
16	NC_020967	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472061
17	NC_020967	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472061
18	NC_020967	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472061
19	NC_020967	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472061
20	NC_020967	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
21	NC_020967	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
22	NC_020967	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
23	NC_020967	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472061
24	NC_020967	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472061
25	NC_020967	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472061
26	NC_020967	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472061
27	NC_020967	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472062
28	NC_020967	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472062
29	NC_020967	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472062
30	NC_020967	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472062
31	NC_020967	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472062
32	NC_020967	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472062
33	NC_020967	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472062
34	NC_020967	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472062
35	NC_020967	AAC	2	6	2149	2154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472062
36	NC_020967	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472062
37	NC_020967	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472063
38	NC_020967	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472063
39	NC_020967	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472063
40	NC_020967	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472063
41	NC_020967	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472063
42	NC_020967	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472063
43	NC_020967	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472063
44	NC_020967	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472064
45	NC_020967	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472064
46	NC_020967	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472064
47	NC_020967	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472064
48	NC_020967	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472064
49	NC_020967	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472064
50	NC_020967	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472064
51	NC_020967	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472064
52	NC_020967	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472064
53	NC_020967	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472064
54	NC_020967	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472064
55	NC_020967	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472064
56	NC_020967	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472064
57	NC_020967	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472064
58	NC_020967	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472064
59	NC_020967	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472064
60	NC_020967	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472064
61	NC_020967	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472064
62	NC_020967	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472064
63	NC_020967	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472064
64	NC_020967	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472064
65	NC_020967	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472064
66	NC_020967	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472065
67	NC_020967	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472065
68	NC_020967	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472065
69	NC_020967	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472065
70	NC_020967	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472065
71	NC_020967	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472065
72	NC_020967	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472065
73	NC_020967	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472065
74	NC_020967	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472065
75	NC_020967	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472065
76	NC_020967	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472065
77	NC_020967	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472065
78	NC_020967	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472065
79	NC_020967	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472065
80	NC_020967	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472065
81	NC_020967	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472065
82	NC_020967	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472066
83	NC_020967	TCT	2	6	5765	5770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472066
84	NC_020967	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472066
85	NC_020967	GAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472066
86	NC_020967	ACG	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472066
87	NC_020967	GAA	2	6	5908	5913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472066
88	NC_020967	AGA	3	9	5985	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472066
89	NC_020967	GCT	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472066
90	NC_020967	AGA	2	6	6003	6008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472066
91	NC_020967	TGG	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472066
92	NC_020967	AGA	3	9	6057	6065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472066
93	NC_020967	GGA	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472066
94	NC_020967	TCA	2	6	6251	6256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472066
95	NC_020967	GGA	2	6	6288	6293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472066
96	NC_020967	CTT	2	6	6348	6353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472066
97	NC_020967	CTG	2	6	6354	6359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472066
98	NC_020967	CAG	2	6	6509	6514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472066
99	NC_020967	GCA	2	6	6547	6552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472066
100	NC_020967	AGG	2	6	7038	7043	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472067
101	NC_020967	GAA	2	6	7082	7087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472067
102	NC_020967	GCA	2	6	7346	7351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472067
103	NC_020967	AAG	2	6	7387	7392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472067
104	NC_020967	TGC	2	6	7420	7425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472067
105	NC_020967	TCG	2	6	7914	7919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472068
106	NC_020967	TCC	2	6	7957	7962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472068
107	NC_020967	GTT	2	6	8065	8070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472068
108	NC_020967	TTA	2	6	8435	8440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472068
109	NC_020967	TTC	2	6	8758	8763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472068
110	NC_020967	GAA	2	6	8902	8907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472069
111	NC_020967	ACC	2	6	9030	9035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478472069
112	NC_020967	CTT	2	6	9083	9088	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472069
113	NC_020967	GAG	2	6	9163	9168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472069
114	NC_020967	ATA	2	6	9180	9185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472069
115	NC_020967	AGG	2	6	9204	9209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472069
116	NC_020967	GAA	2	6	9384	9389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472069
117	NC_020967	CAG	2	6	9400	9405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472069
118	NC_020967	TGT	2	6	9471	9476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472069
119	NC_020967	GAG	2	6	9486	9491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472069
120	NC_020967	TAC	2	6	9554	9559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472069
121	NC_020967	GTT	2	6	9658	9663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472069
122	NC_020967	AAG	2	6	9682	9687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472069
123	NC_020967	GAG	2	6	9708	9713	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472069
124	NC_020967	TTA	2	6	9998	10003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472070
125	NC_020967	AGA	2	6	10033	10038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472070
126	NC_020967	TGC	2	6	10263	10268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472070
127	NC_020967	GAA	2	6	10290	10295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472070
128	NC_020967	TCG	2	6	10350	10355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472070
129	NC_020967	TGG	2	6	10373	10378	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472070
130	NC_020967	GTA	2	6	10424	10429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472071
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