MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 330

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020967	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020967	GA	3	6	7596	7601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020967	AG	3	6	9951	9956	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020967	TA	3	6	11849	11854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020967	TA	3	6	13940	13945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020967	TA	4	8	14164	14171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020967	AG	3	6	18116	18121	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020967	GA	3	6	18129	18134	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020967	CT	3	6	19051	19056	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_020967	AG	3	6	21117	21122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020967	GA	3	6	21275	21280	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020967	AG	3	6	21792	21797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020967	CT	3	6	21861	21866	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_020967	GA	3	6	27113	27118	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020967	CT	3	6	27120	27125	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_020967	TC	3	6	28488	28493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_020967	AG	3	6	28571	28576	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020967	GA	3	6	36985	36990	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020967	AT	3	6	37087	37092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020967	CT	3	6	39354	39359	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_020967	CT	3	6	40725	40730	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_020967	CT	3	6	42917	42922	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_020967	GA	5	10	43192	43201	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020967	AG	3	6	43316	43321	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020967	TC	3	6	44408	44413	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_020967	TA	3	6	44561	44566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020967	AG	3	6	48644	48649	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020967	TG	4	8	51992	51999	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020967	GA	3	6	56208	56213	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020967	GA	3	6	61356	61361	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020967	AG	4	8	65381	65388	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020967	TA	3	6	85810	85815	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020967	TC	3	6	91031	91036	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020967	GA	3	6	91163	91168	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020967	CT	3	6	93513	93518	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_020967	TA	3	6	93679	93684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020967	AG	3	6	93722	93727	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020967	AG	3	6	93819	93824	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020967	GA	3	6	94041	94046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020967	TA	3	6	94657	94662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020967	TC	3	6	100539	100544	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_020967	AT	3	6	100590	100595	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020967	TA	3	6	107266	107271	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020967	TG	3	6	116508	116513	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020967	AG	4	8	119094	119101	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020967	GA	3	6	120916	120921	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020967	TA	3	6	123151	123156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020967	GT	3	6	124140	124145	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020967	CT	3	6	128676	128681	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_020967	TC	3	6	130998	131003	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_020967	AG	3	6	131075	131080	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020967	AG	3	6	131100	131105	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020967	AG	3	6	138762	138767	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020967	GA	3	6	138825	138830	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020967	AT	3	6	143057	143062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020967	AG	3	6	157862	157867	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020967	TC	3	6	172325	172330	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020967	AG	3	6	172457	172462	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020967	CT	3	6	172475	172480	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020967	TG	3	6	178966	178971	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020967	GA	3	6	184402	184407	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020967	AT	3	6	192858	192863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020967	AG	3	6	197328	197333	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020967	TC	3	6	200319	200324	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_020967	CT	3	6	204077	204082	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020967	GA	4	8	207136	207143	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020967	CT	4	8	207184	207191	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020967	AG	4	8	218420	218427	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020967	CA	3	6	218479	218484	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020967	TA	3	6	219974	219979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020967	CT	3	6	221616	221621	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020967	TC	3	6	224617	224622	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_020967	AG	3	6	224648	224653	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020967	TC	3	6	238844	238849	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_020967	AG	3	6	238870	238875	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020967	CA	3	6	243794	243799	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020967	GT	3	6	244011	244016	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020967	GA	3	6	250878	250883	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020967	TG	3	6	250988	250993	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020967	AG	3	6	251790	251795	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020967	AG	3	6	251815	251820	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020967	AG	3	6	252798	252803	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020967	TA	3	6	254604	254609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020967	TC	3	6	256920	256925	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_020967	AG	3	6	258398	258403	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020967	TA	3	6	264758	264763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020967	CA	3	6	266565	266570	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020967	TC	3	6	268465	268470	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020967	CT	3	6	273879	273884	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020967	TA	3	6	274018	274023	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020967	AT	4	8	284578	284585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020967	CT	3	6	285430	285435	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_020967	TC	4	8	285521	285528	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_020967	TC	3	6	287212	287217	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_020967	TC	3	6	287269	287274	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020967	CT	3	6	287742	287747	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020967	CA	3	6	302085	302090	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_020967	AC	3	6	302126	302131	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_020967	GA	3	6	306816	306821	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020967	AG	3	6	316036	316041	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020967	CT	3	6	348014	348019	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020967	CT	3	6	351085	351090	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_020967	TC	3	6	355311	355316	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_020967	CT	3	6	359227	359232	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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106	NC_020967	GA	3	6	364470	364475	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020967	TC	3	6	364548	364553	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_020967	TA	3	6	364750	364755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020967	CT	4	8	381867	381874	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020967	CG	3	6	391706	391711	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020967	CA	3	6	392756	392761	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_020967	TC	3	6	395303	395308	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_020967	CT	3	6	395793	395798	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_020967	GA	3	6	395923	395928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020967	GA	3	6	396054	396059	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020967	CT	3	6	410158	410163	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_020967	CT	3	6	411145	411150	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020967	CT	3	6	429873	429878	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_020967	CT	3	6	430896	430901	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_020967	AG	3	6	431243	431248	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020967	GA	3	6	432938	432943	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020967	AC	3	6	436937	436942	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_020967	CT	3	6	441208	441213	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_020967	AC	3	6	441246	441251	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_020967	CA	3	6	443715	443720	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_020967	CT	3	6	445115	445120	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_020967	CT	3	6	454397	454402	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_020967	CT	3	6	456850	456855	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_020967	AG	3	6	460538	460543	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020967	TC	3	6	467076	467081	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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133	NC_020967	TA	3	6	468562	468567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020967	GA	3	6	468660	468665	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020967	AC	3	6	485969	485974	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020967	GA	4	8	486014	486021	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020967	CA	3	6	486051	486056	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020967	TC	3	6	486092	486097	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_020967	AC	3	6	490527	490532	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_020967	AG	3	6	490688	490693	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020967	CT	3	6	490707	490712	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020967	AG	3	6	491000	491005	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020967	CT	3	6	493986	493991	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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145	NC_020967	TG	3	6	494537	494542	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020967	TA	3	6	494650	494655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_020967	CA	3	6	508377	508382	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_020967	CT	3	6	509315	509320	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_020967	TA	3	6	515122	515127	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_020967	AG	3	6	518067	518072	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.