MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis A/363 complete genome

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020966	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	478458544
2	NC_020966	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458548
3	NC_020966	CAAAAA	2	12	6846	6857	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020966	TAGCAA	2	12	11422	11433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458554
5	NC_020966	AAAGCT	2	12	11553	11564	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458554
6	NC_020966	TAGTGA	2	12	12698	12709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458555
7	NC_020966	GTTCCT	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458561
8	NC_020966	CTTTTT	2	12	22137	22148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458563
9	NC_020966	GTGAGG	2	12	26067	26078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478458564
10	NC_020966	GGATTT	2	12	36543	36554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458576
11	NC_020966	AATTAG	2	12	37964	37975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478458577
12	NC_020966	TTCCTG	2	12	38263	38274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458577
13	NC_020966	TTTTGA	2	12	45571	45582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478458583
14	NC_020966	TGAACG	2	12	52810	52821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458590
15	NC_020966	GTGATT	2	12	52829	52840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458590
16	NC_020966	GATCTG	2	12	55462	55473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458592
17	NC_020966	GGTTCA	2	12	55599	55610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458592
18	NC_020966	CTGGAG	2	12	56652	56663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478458593
19	NC_020966	GAAAAG	2	12	56846	56857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458593
20	NC_020966	GGTTCA	2	12	57098	57109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458593
21	NC_020966	CCAAGA	2	12	58100	58111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458594
22	NC_020966	AGTTGT	2	12	58206	58217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458594
23	NC_020966	TCTTGT	2	12	59127	59138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478458594
24	NC_020966	TGAAAA	2	12	59599	59610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478458595
25	NC_020966	TCCTAA	2	12	59938	59949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458595
26	NC_020966	AAAAAT	2	12	61433	61444	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020966	GTTCTT	2	12	63852	63863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478458597
28	NC_020966	CTATTT	2	12	72174	72185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478458605
29	NC_020966	ACTCTT	2	12	73303	73314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478458606
30	NC_020966	TTTCTG	2	12	73853	73864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478458607
31	NC_020966	GATCAT	2	12	73983	73994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478458607
32	NC_020966	TAGTAC	2	12	76977	76988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478458608
33	NC_020966	ATCTAG	2	12	77156	77167	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020966	GGTTTA	2	12	80622	80633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458611
35	NC_020966	GTCTGT	2	12	83666	83677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478458614
36	NC_020966	TTCTGA	2	12	89280	89291	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458618
37	NC_020966	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478458624
38	NC_020966	AGCTGT	2	12	96436	96447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458625
39	NC_020966	TCTTTT	2	12	97101	97112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458627
40	NC_020966	GGGGCT	2	12	98049	98060	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478458627
41	NC_020966	GAACAT	2	12	99980	99991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458628
42	NC_020966	TTTGAG	2	12	100252	100263	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458629
43	NC_020966	TCAGAA	2	12	106893	106904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458634
44	NC_020966	CATAAC	2	12	109937	109948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478458637
45	NC_020966	TGTTCT	2	12	112701	112712	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478458639
46	NC_020966	ACTTCG	2	12	115985	115996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458641
47	NC_020966	TTTTAG	2	12	116420	116431	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020966	TTGCCA	2	12	119525	119536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458646
49	NC_020966	TAAAAA	2	12	121017	121028	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020966	TTGGTA	2	12	121065	121076	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458648
51	NC_020966	AGGATC	2	12	121444	121455	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_020966	AAGGGT	2	12	123251	123262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478458650
53	NC_020966	GGGTTT	2	12	124214	124225	0 %	50 %	50 %	0 %	478458651
54	NC_020966	TTGCAT	2	12	124496	124507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458651
55	NC_020966	AAGAGA	2	12	124865	124876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458651
56	NC_020966	TTAAAA	2	12	133799	133810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458657
57	NC_020966	AGGTTG	2	12	135041	135052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478458658
58	NC_020966	GAGTTA	2	12	140076	140087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458667
59	NC_020966	TGGAAA	2	12	142629	142640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478458670
60	NC_020966	TGGAAT	2	12	143504	143515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458671
61	NC_020966	ATGGTT	2	12	143748	143759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458671
62	NC_020966	TGCTCT	2	12	145939	145950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458674
63	NC_020966	GAAAGG	2	12	149677	149688	50 %	0 %	50 %	0 %	478458676
64	NC_020966	GCTTTG	2	12	149920	149931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478458676
65	NC_020966	TGTGCG	2	12	154043	154054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478458680
66	NC_020966	CCTCAT	2	12	155341	155352	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458681
67	NC_020966	TGGAGA	2	12	156799	156810	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478458683
68	NC_020966	CTCCAT	2	12	158169	158180	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458684
69	NC_020966	TCCTTG	2	12	158765	158776	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458685
70	NC_020966	AAGTTT	2	12	158850	158861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478458685
71	NC_020966	TAAGGC	2	12	159017	159028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458685
72	NC_020966	AACAGC	2	12	161402	161413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458688
73	NC_020966	AAAAAG	2	12	173989	174000	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478458695
74	NC_020966	AGAAAA	2	12	183208	183219	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020966	ACTTCT	2	12	190323	190334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478458710
76	NC_020966	GGATAT	2	12	190946	190957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458710
77	NC_020966	GAATGC	2	12	192473	192484	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458711
78	NC_020966	ATTTGC	2	12	193960	193971	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458714
79	NC_020966	AAACAT	2	12	195050	195061	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478458717
80	NC_020966	AGCAAC	2	12	195385	195396	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458717
81	NC_020966	TATGAA	2	12	196978	196989	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020966	TTGCCT	2	12	198097	198108	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458722
83	NC_020966	TCTGGA	2	12	201347	201358	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458726
84	NC_020966	CTGGAT	2	12	216937	216948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458739
85	NC_020966	GAAATA	2	12	217260	217271	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478458739
86	NC_020966	TTTTAC	2	12	222987	222998	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_020966	GATGCA	2	12	224149	224160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458746
88	NC_020966	ACTCCA	2	12	225039	225050	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478458747
89	NC_020966	CTGCTT	2	12	225271	225282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458747
90	NC_020966	ATTGCT	2	12	228580	228591	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458750
91	NC_020966	TCCTAG	2	12	228870	228881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458750
92	NC_020966	GCAACG	2	12	229358	229369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458751
93	NC_020966	CTTAGC	2	12	231991	232002	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458753
94	NC_020966	TTCCTT	2	12	238823	238834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458758
95	NC_020966	TCTCCT	2	12	241704	241715	0 %	50 %	0 %	50 %	478458759
96	NC_020966	AAACCA	2	12	242279	242290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458760
97	NC_020966	AACCCT	2	12	256701	256712	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_020966	TTTTTA	2	12	257497	257508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020966	CCTGCA	2	12	257657	257668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478458778
100	NC_020966	ACCTTT	2	12	262852	262863	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478458783
101	NC_020966	TCATAA	2	12	270699	270710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478458790
102	NC_020966	AAGTGT	2	12	271425	271436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458790
103	NC_020966	AGGAGA	2	12	272598	272609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020966	ATCTAA	2	12	274703	274714	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478458793
105	NC_020966	TGGAAT	2	12	276901	276912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458795
106	NC_020966	GGAACA	2	12	280788	280799	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478458797
107	NC_020966	ATATTA	2	12	281496	281507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020966	CACGCG	2	12	283161	283172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478458799
109	NC_020966	TTTCTT	2	12	283340	283351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458799
110	NC_020966	CTCCTA	2	12	287502	287513	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458802
111	NC_020966	GCAATG	2	12	293621	293632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458808
112	NC_020966	CGACAT	2	12	294295	294306	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478458809
113	NC_020966	CCCTTA	2	12	295749	295760	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458811
114	NC_020966	AAAATA	2	12	297847	297858	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478458813
115	NC_020966	ACCACT	2	12	300202	300213	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478458815
116	NC_020966	CATTGC	2	12	303448	303459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458818
117	NC_020966	CCAAAA	2	12	304627	304638	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458819
118	NC_020966	TCTTTT	2	12	306512	306523	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458821
119	NC_020966	CAAGAC	2	12	307603	307614	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458822
120	NC_020966	AGCTTA	2	12	308884	308895	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478458824
121	NC_020966	CAAAGA	2	12	314256	314267	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478458829
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221	NC_020966	ACTGTA	2	12	621417	621428	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478459111
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231	NC_020966	TTAAAT	2	12	647897	647908	50 %	50 %	0 %	0 %	478459136
232	NC_020966	TTATTT	2	12	650936	650947	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
233	NC_020966	GCTTCT	2	12	652286	652297	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478459140
234	NC_020966	TAGGAG	2	12	653253	653264	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478459140
235	NC_020966	CACAGG	2	12	655246	655257	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478459142
236	NC_020966	TTCTAT	2	12	669075	669086	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478459151
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329	NC_020966	TAAAAT	2	12	1043983	1043994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.