MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/363 complete genome

Total Repeats: 290

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020966	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	478458544
2	NC_020966	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458548
3	NC_020966	TAGCAA	2	12	11422	11433	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458554
4	NC_020966	AAAGCT	2	12	11553	11564	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458554
5	NC_020966	TAGTGA	2	12	12698	12709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458555
6	NC_020966	GTTCCT	2	12	19983	19994	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458561
7	NC_020966	CTTTTT	2	12	22137	22148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458563
8	NC_020966	GTGAGG	2	12	26067	26078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478458564
9	NC_020966	GGATTT	2	12	36543	36554	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458576
10	NC_020966	AATTAG	2	12	37964	37975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478458577
11	NC_020966	TTCCTG	2	12	38263	38274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458577
12	NC_020966	TTTTGA	2	12	45571	45582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478458583
13	NC_020966	TGAACG	2	12	52810	52821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458590
14	NC_020966	GTGATT	2	12	52829	52840	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458590
15	NC_020966	GATCTG	2	12	55462	55473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458592
16	NC_020966	GGTTCA	2	12	55599	55610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458592
17	NC_020966	CTGGAG	2	12	56652	56663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478458593
18	NC_020966	GAAAAG	2	12	56846	56857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458593
19	NC_020966	GGTTCA	2	12	57098	57109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458593
20	NC_020966	CCAAGA	2	12	58100	58111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458594
21	NC_020966	AGTTGT	2	12	58206	58217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458594
22	NC_020966	TCTTGT	2	12	59127	59138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478458594
23	NC_020966	TGAAAA	2	12	59599	59610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478458595
24	NC_020966	TCCTAA	2	12	59938	59949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458595
25	NC_020966	GTTCTT	2	12	63852	63863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478458597
26	NC_020966	CTATTT	2	12	72174	72185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478458605
27	NC_020966	ACTCTT	2	12	73303	73314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478458606
28	NC_020966	TTTCTG	2	12	73853	73864	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478458607
29	NC_020966	GATCAT	2	12	73983	73994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478458607
30	NC_020966	TAGTAC	2	12	76977	76988	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478458608
31	NC_020966	GGTTTA	2	12	80622	80633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458611
32	NC_020966	GTCTGT	2	12	83666	83677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478458614
33	NC_020966	TTCTGA	2	12	89280	89291	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458618
34	NC_020966	AAAAGA	2	12	94343	94354	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478458624
35	NC_020966	AGCTGT	2	12	96436	96447	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458625
36	NC_020966	TCTTTT	2	12	97101	97112	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458627
37	NC_020966	GGGGCT	2	12	98049	98060	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478458627
38	NC_020966	GAACAT	2	12	99980	99991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458628
39	NC_020966	TTTGAG	2	12	100252	100263	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458629
40	NC_020966	TCAGAA	2	12	106893	106904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458634
41	NC_020966	CATAAC	2	12	109937	109948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478458637
42	NC_020966	TGTTCT	2	12	112701	112712	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478458639
43	NC_020966	ACTTCG	2	12	115985	115996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458641
44	NC_020966	TTGCCA	2	12	119525	119536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458646
45	NC_020966	TTGGTA	2	12	121065	121076	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458648
46	NC_020966	AAGGGT	2	12	123251	123262	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478458650
47	NC_020966	GGGTTT	2	12	124214	124225	0 %	50 %	50 %	0 %	478458651
48	NC_020966	TTGCAT	2	12	124496	124507	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458651
49	NC_020966	AAGAGA	2	12	124865	124876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458651
50	NC_020966	TTAAAA	2	12	133799	133810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478458657
51	NC_020966	AGGTTG	2	12	135041	135052	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478458658
52	NC_020966	GAGTTA	2	12	140076	140087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458667
53	NC_020966	TGGAAA	2	12	142629	142640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478458670
54	NC_020966	TGGAAT	2	12	143504	143515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458671
55	NC_020966	ATGGTT	2	12	143748	143759	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458671
56	NC_020966	TGCTCT	2	12	145939	145950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458674
57	NC_020966	GAAAGG	2	12	149677	149688	50 %	0 %	50 %	0 %	478458676
58	NC_020966	GCTTTG	2	12	149920	149931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478458676
59	NC_020966	TGTGCG	2	12	154043	154054	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478458680
60	NC_020966	CCTCAT	2	12	155341	155352	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458681
61	NC_020966	TGGAGA	2	12	156799	156810	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478458683
62	NC_020966	CTCCAT	2	12	158169	158180	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458684
63	NC_020966	TCCTTG	2	12	158765	158776	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458685
64	NC_020966	AAGTTT	2	12	158850	158861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478458685
65	NC_020966	TAAGGC	2	12	159017	159028	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458685
66	NC_020966	AACAGC	2	12	161402	161413	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458688
67	NC_020966	AAAAAG	2	12	173989	174000	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478458695
68	NC_020966	ACTTCT	2	12	190323	190334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478458710
69	NC_020966	GGATAT	2	12	190946	190957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458710
70	NC_020966	GAATGC	2	12	192473	192484	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458711
71	NC_020966	ATTTGC	2	12	193960	193971	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458714
72	NC_020966	AAACAT	2	12	195050	195061	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478458717
73	NC_020966	AGCAAC	2	12	195385	195396	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458717
74	NC_020966	TTGCCT	2	12	198097	198108	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458722
75	NC_020966	TCTGGA	2	12	201347	201358	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458726
76	NC_020966	CTGGAT	2	12	216937	216948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458739
77	NC_020966	GAAATA	2	12	217260	217271	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478458739
78	NC_020966	GATGCA	2	12	224149	224160	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458746
79	NC_020966	ACTCCA	2	12	225039	225050	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478458747
80	NC_020966	CTGCTT	2	12	225271	225282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478458747
81	NC_020966	ATTGCT	2	12	228580	228591	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458750
82	NC_020966	TCCTAG	2	12	228870	228881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458750
83	NC_020966	GCAACG	2	12	229358	229369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478458751
84	NC_020966	CTTAGC	2	12	231991	232002	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458753
85	NC_020966	TTCCTT	2	12	238823	238834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478458758
86	NC_020966	TCTCCT	2	12	241704	241715	0 %	50 %	0 %	50 %	478458759
87	NC_020966	AAACCA	2	12	242279	242290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458760
88	NC_020966	CCTGCA	2	12	257657	257668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478458778
89	NC_020966	ACCTTT	2	12	262852	262863	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478458783
90	NC_020966	TCATAA	2	12	270699	270710	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478458790
91	NC_020966	AAGTGT	2	12	271425	271436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458790
92	NC_020966	ATCTAA	2	12	274703	274714	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478458793
93	NC_020966	TGGAAT	2	12	276901	276912	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458795
94	NC_020966	GGAACA	2	12	280788	280799	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478458797
95	NC_020966	CACGCG	2	12	283161	283172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478458799
96	NC_020966	TTTCTT	2	12	283340	283351	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458799
97	NC_020966	CTCCTA	2	12	287502	287513	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458802
98	NC_020966	GCAATG	2	12	293621	293632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458808
99	NC_020966	CGACAT	2	12	294295	294306	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478458809
100	NC_020966	CCCTTA	2	12	295749	295760	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458811
101	NC_020966	AAAATA	2	12	297847	297858	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478458813
102	NC_020966	ACCACT	2	12	300202	300213	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478458815
103	NC_020966	CATTGC	2	12	303448	303459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478458818
104	NC_020966	CCAAAA	2	12	304627	304638	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478458819
105	NC_020966	TCTTTT	2	12	306512	306523	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458821
106	NC_020966	CAAGAC	2	12	307603	307614	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458822
107	NC_020966	AGCTTA	2	12	308884	308895	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478458824
108	NC_020966	CAAAGA	2	12	314256	314267	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478458829
109	NC_020966	ATGGCT	2	12	314872	314883	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478458830
110	NC_020966	TACAAA	2	12	319062	319073	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478458833
111	NC_020966	TTAATT	2	12	320741	320752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458835
112	NC_020966	AAAACA	2	12	324226	324237	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478458837
113	NC_020966	CAGAAC	2	12	346193	346204	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478458856
114	NC_020966	ATTCAA	2	12	351170	351181	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478458861
115	NC_020966	TTCTTA	2	12	363147	363158	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478458869
116	NC_020966	CAGCCT	2	12	375229	375240	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478458882
117	NC_020966	AGCTGA	2	12	375279	375290	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458882
118	NC_020966	ATGCTA	2	12	379146	379157	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478458884
119	NC_020966	CAATAG	2	12	385752	385763	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458887
120	NC_020966	ACTGAA	2	12	385893	385904	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458887
121	NC_020966	CTGCAC	2	12	386086	386097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478458887
122	NC_020966	TCCATA	2	12	396444	396455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458896
123	NC_020966	TTAGGT	2	12	397802	397813	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458898
124	NC_020966	AGGGAA	2	12	399128	399139	50 %	0 %	50 %	0 %	478458899
125	NC_020966	CTGAAG	2	12	399963	399974	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458900
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129	NC_020966	CCTTTC	2	12	407421	407432	0 %	50 %	0 %	50 %	478458906
130	NC_020966	TTTTAA	2	12	411285	411296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458908
131	NC_020966	ACATGC	2	12	416964	416975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478458916
132	NC_020966	GGCTCT	2	12	417699	417710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478458917
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134	NC_020966	CCCCCA	2	12	420627	420638	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478458919
135	NC_020966	TTCCTC	2	12	424692	424703	0 %	50 %	0 %	50 %	478458923
136	NC_020966	CTCTAC	2	12	427940	427951	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458925
137	NC_020966	ACATCA	2	12	428585	428596	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478458926
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139	NC_020966	TGATAA	2	12	430750	430761	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478458930
140	NC_020966	AGCTAA	2	12	433124	433135	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458933
141	NC_020966	TTCTCC	2	12	445160	445171	0 %	50 %	0 %	50 %	478458944
142	NC_020966	ATGAAG	2	12	454210	454221	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478458952
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145	NC_020966	CTAAAG	2	12	458070	458081	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458953
146	NC_020966	CCAATA	2	12	463055	463066	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478458957
147	NC_020966	ATCGGC	2	12	468902	468913	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478458965
148	NC_020966	TATTGG	2	12	469495	469506	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458965
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155	NC_020966	TGAGTA	2	12	497882	497893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458983
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192	NC_020966	CTGCTC	2	12	602849	602860	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478459095
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222	NC_020966	TATCCA	2	12	723863	723874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478459198
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227	NC_020966	GGAAGA	2	12	764675	764686	50 %	0 %	50 %	0 %	478459229
228	NC_020966	ATGCAA	2	12	766987	766998	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478459233
229	NC_020966	GAGAAA	2	12	767216	767227	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478459233
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231	NC_020966	TTTCCA	2	12	779481	779492	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478459244
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233	NC_020966	ATTAGG	2	12	791878	791889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478459252
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.