MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/363 complete genome

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020966	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020966	GGTGT	2	10	13899	13908	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020966	AAAGA	2	10	33685	33694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020966	CAAAA	2	10	43237	43246	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020966	GAAGA	2	10	48602	48611	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020966	CTATT	2	10	50181	50190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020966	AATTT	2	10	54537	54546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020966	AAAAG	2	10	69512	69521	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020966	CTTGC	2	10	72455	72464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020966	AAAAG	2	10	77205	77214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020966	ATCAA	2	10	78897	78906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020966	CTTTC	2	10	80086	80095	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_020966	TTTGT	2	10	85634	85643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020966	AATAA	2	10	88633	88642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020966	TTTAA	2	10	94169	94178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020966	CTTTT	2	10	94704	94713	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020966	ACAAA	2	10	98249	98258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020966	GCTCT	2	10	114521	114530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020966	TTGCA	2	10	137487	137496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020966	AAAAG	2	10	141957	141966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020966	TTCTA	2	10	157744	157753	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020966	CAAAA	2	10	162202	162211	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020966	AGAAA	2	10	183145	183154	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020966	CGATA	2	10	188515	188524	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020966	CTAAG	2	10	204607	204616	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020966	ATTTC	2	10	223131	223140	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020966	CAATA	2	10	226254	226263	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020966	TACAA	2	10	249968	249977	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020966	TTTCA	2	10	266073	266082	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020966	AAAGC	2	10	300903	300912	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020966	TGTTT	2	10	303782	303791	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020966	TCAAT	2	10	323845	323854	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020966	GCAAC	2	10	335789	335798	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020966	CTTGT	2	10	335849	335858	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020966	CCTTT	2	10	336305	336314	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020966	AAGGC	2	10	364060	364069	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020966	GCTTC	2	10	366170	366179	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_020966	AGTAG	2	10	366247	366256	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020966	TCTCT	2	10	369824	369833	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_020966	AACAA	2	10	370207	370216	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020966	AAAAC	2	10	370529	370538	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020966	AAGCG	2	10	406040	406049	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020966	TATCT	2	10	411568	411577	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020966	GTATA	2	10	418289	418298	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020966	AGCAA	2	10	418325	418334	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020966	AAAAT	2	10	420174	420183	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020966	CTCTT	2	10	430235	430244	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020966	TAAAA	2	10	432778	432787	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020966	AGAAA	2	10	438452	438461	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020966	CTCTT	2	10	438491	438500	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_020966	GAAGA	2	10	438501	438510	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020966	AAATT	2	10	438780	438789	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020966	AATTT	2	10	438801	438810	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020966	TAAAA	2	10	467012	467021	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020966	CAAAA	2	10	487455	487464	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020966	AATCT	2	10	504797	504806	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020966	CTTCT	2	10	505010	505019	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_020966	TTTCT	2	10	510397	510406	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_020966	CCTTT	2	10	511405	511414	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_020966	TAAAA	2	10	516426	516435	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020966	AGGAA	2	10	518410	518419	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020966	ATGAA	2	10	518434	518443	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020966	TTGGA	2	10	525874	525883	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020966	CAAAA	2	10	526640	526649	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020966	TTTTC	2	10	538670	538679	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020966	AAAAG	2	10	559924	559933	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020966	GAAAA	2	10	567108	567117	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020966	ATTTT	2	10	568546	568555	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020966	ATACT	2	10	574618	574627	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020966	TCCCC	2	10	577411	577420	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_020966	AAAGG	2	10	583574	583583	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020966	TTTCC	2	10	631190	631199	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020966	ATTAA	2	10	639142	639151	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020966	TCGTC	2	10	652040	652049	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_020966	GCAAA	2	10	673607	673616	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020966	TAAAA	2	10	687671	687680	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020966	TTTAT	2	10	699624	699633	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020966	TCATG	2	10	699819	699828	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020966	AAAAC	2	10	703936	703945	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020966	GAAAA	2	10	709285	709294	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020966	TTATT	2	10	716344	716353	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020966	GAAGA	2	10	739244	739253	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020966	AGAAT	2	10	762052	762061	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020966	AGGGG	2	10	762283	762292	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020966	ATTTT	2	10	781036	781045	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020966	AAAAG	2	10	782866	782875	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020966	AGGTA	2	10	786265	786274	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020966	TCCTT	2	10	787448	787457	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_020966	CTCCA	2	10	787603	787612	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_020966	TTTCT	2	10	806843	806852	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020966	AGAAA	2	10	815375	815384	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020966	CTTTT	2	10	861465	861474	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020966	AGAAA	2	10	865817	865826	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020966	CTTTT	2	10	883512	883521	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020966	TAGAA	2	10	891982	891991	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020966	CTTTT	2	10	908022	908031	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020966	TTTTA	2	10	908767	908776	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020966	AGAGC	2	10	911055	911064	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020966	AAGAG	2	10	930727	930736	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020966	GCTAG	2	10	930753	930762	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020966	TCGTT	2	10	939147	939156	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020966	TTCTT	2	10	942104	942113	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020966	CTTCA	2	10	963993	964002	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020966	ATGAA	2	10	969281	969290	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020966	CTAGT	2	10	970850	970859	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020966	TAAAA	2	10	986845	986854	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020966	ATAAA	2	10	986876	986885	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020966	CGGGG	2	10	1008281	1008290	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020966	TAGAA	2	10	1021742	1021751	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020966	TTTTC	2	10	1040119	1040128	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020966	TTTTA	2	10	1043999	1044008	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.