MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/363 complete genome

Total Repeats: 652

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020966	TGTGA	2	10	3875	3884	20 %	40 %	40 %	0 %	478458547
2	NC_020966	TTGAA	2	10	4231	4240	40 %	40 %	20 %	0 %	478458548
3	NC_020966	GAGAA	2	10	4525	4534	60 %	0 %	40 %	0 %	478458548
4	NC_020966	GAAAA	2	10	4962	4971	80 %	0 %	20 %	0 %	478458548
5	NC_020966	TTACA	2	10	5117	5126	40 %	40 %	0 %	20 %	478458548
6	NC_020966	GTCTT	2	10	5813	5822	0 %	60 %	20 %	20 %	478458549
7	NC_020966	TGGTA	2	10	8286	8295	20 %	40 %	40 %	0 %	478458551
8	NC_020966	CGAAA	2	10	9694	9703	60 %	0 %	20 %	20 %	478458552
9	NC_020966	GGCTG	2	10	10327	10336	0 %	20 %	60 %	20 %	478458553
10	NC_020966	CCTCT	2	10	11119	11128	0 %	40 %	0 %	60 %	478458554
11	NC_020966	AAAGG	2	10	11278	11287	60 %	0 %	40 %	0 %	478458554
12	NC_020966	AAGAA	2	10	12397	12406	80 %	0 %	20 %	0 %	478458555
13	NC_020966	AAAGA	2	10	13795	13804	80 %	0 %	20 %	0 %	478458556
14	NC_020966	GATTT	2	10	15642	15651	20 %	60 %	20 %	0 %	478458558
15	NC_020966	CGTTC	2	10	16753	16762	0 %	40 %	20 %	40 %	478458559
16	NC_020966	GCTTC	2	10	17126	17135	0 %	40 %	20 %	40 %	478458559
17	NC_020966	GAAGG	2	10	17497	17506	40 %	0 %	60 %	0 %	478458559
18	NC_020966	GTTGT	2	10	20923	20932	0 %	60 %	40 %	0 %	478458562
19	NC_020966	AAGAT	2	10	22035	22044	60 %	20 %	20 %	0 %	478458563
20	NC_020966	TTTGC	2	10	22646	22655	0 %	60 %	20 %	20 %	478458563
21	NC_020966	GGAAA	2	10	24400	24409	60 %	0 %	40 %	0 %	478458563
22	NC_020966	AGAGG	2	10	26125	26134	40 %	0 %	60 %	0 %	478458564
23	NC_020966	GGAGA	2	10	27904	27913	40 %	0 %	60 %	0 %	478458565
24	NC_020966	GGATA	2	10	27930	27939	40 %	20 %	40 %	0 %	478458565
25	NC_020966	ATCCG	2	10	28655	28664	20 %	20 %	20 %	40 %	478458567
26	NC_020966	AGGGT	2	10	29173	29182	20 %	20 %	60 %	0 %	478458567
27	NC_020966	CCTAT	2	10	30213	30222	20 %	40 %	0 %	40 %	478458568
28	NC_020966	GAAGG	2	10	31012	31021	40 %	0 %	60 %	0 %	478458569
29	NC_020966	GAGCT	2	10	32052	32061	20 %	20 %	40 %	20 %	478458570
30	NC_020966	CTATT	2	10	36725	36734	20 %	60 %	0 %	20 %	478458576
31	NC_020966	TCCTA	2	10	36772	36781	20 %	40 %	0 %	40 %	478458576
32	NC_020966	ACGAT	2	10	38688	38697	40 %	20 %	20 %	20 %	478458577
33	NC_020966	TTTGA	2	10	39053	39062	20 %	60 %	20 %	0 %	478458577
34	NC_020966	AGCAA	2	10	42704	42713	60 %	0 %	20 %	20 %	478458580
35	NC_020966	CGATG	2	10	42761	42770	20 %	20 %	40 %	20 %	478458580
36	NC_020966	TTTAT	2	10	44834	44843	20 %	80 %	0 %	0 %	478458583
37	NC_020966	CTTTC	2	10	46930	46939	0 %	60 %	0 %	40 %	478458585
38	NC_020966	AGTTT	2	10	47469	47478	20 %	60 %	20 %	0 %	478458585
39	NC_020966	CTTTT	2	10	50632	50641	0 %	80 %	0 %	20 %	478458588
40	NC_020966	CCGTA	2	10	54297	54306	20 %	20 %	20 %	40 %	478458591
41	NC_020966	TTATC	2	10	55700	55709	20 %	60 %	0 %	20 %	478458592
42	NC_020966	TGAGT	2	10	55721	55730	20 %	40 %	40 %	0 %	478458592
43	NC_020966	GTTGT	2	10	56756	56765	0 %	60 %	40 %	0 %	478458593
44	NC_020966	GAGCA	2	10	60284	60293	40 %	0 %	40 %	20 %	478458595
45	NC_020966	TGTGA	2	10	62733	62742	20 %	40 %	40 %	0 %	478458597
46	NC_020966	AGTGA	2	10	64254	64263	40 %	20 %	40 %	0 %	478458598
47	NC_020966	CCTTC	2	10	64528	64537	0 %	40 %	0 %	60 %	478458598
48	NC_020966	AGGAG	2	10	66756	66765	40 %	0 %	60 %	0 %	478458600
49	NC_020966	GTTAA	2	10	66886	66895	40 %	40 %	20 %	0 %	478458600
50	NC_020966	CAAGC	2	10	69264	69273	40 %	0 %	20 %	40 %	478458603
51	NC_020966	GGAGC	2	10	70134	70143	20 %	0 %	60 %	20 %	478458604
52	NC_020966	GCGAT	2	10	70324	70333	20 %	20 %	40 %	20 %	478458604
53	NC_020966	CTCTT	2	10	70678	70687	0 %	60 %	0 %	40 %	478458604
54	NC_020966	AGGGG	2	10	71324	71333	20 %	0 %	80 %	0 %	478458604
55	NC_020966	AAGAA	2	10	71366	71375	80 %	0 %	20 %	0 %	478458604
56	NC_020966	ATTGG	2	10	72656	72665	20 %	40 %	40 %	0 %	478458606
57	NC_020966	GAAAA	2	10	73728	73737	80 %	0 %	20 %	0 %	478458606
58	NC_020966	TATTT	2	10	76672	76681	20 %	80 %	0 %	0 %	478458608
59	NC_020966	TGTCT	2	10	80459	80468	0 %	60 %	20 %	20 %	478458611
60	NC_020966	TTACT	2	10	80966	80975	20 %	60 %	0 %	20 %	478458611
61	NC_020966	AGAAA	2	10	82356	82365	80 %	0 %	20 %	0 %	478458613
62	NC_020966	GGAAG	2	10	82869	82878	40 %	0 %	60 %	0 %	478458613
63	NC_020966	GATCC	2	10	86420	86429	20 %	20 %	20 %	40 %	478458616
64	NC_020966	AGAGC	2	10	87755	87764	40 %	0 %	40 %	20 %	478458617
65	NC_020966	TTTTC	2	10	91487	91496	0 %	80 %	0 %	20 %	478458620
66	NC_020966	GGATG	2	10	91747	91756	20 %	20 %	60 %	0 %	478458621
67	NC_020966	CAACA	2	10	93286	93295	60 %	0 %	0 %	40 %	478458622
68	NC_020966	ACAGC	2	10	94330	94339	40 %	0 %	20 %	40 %	478458624
69	NC_020966	GGAAC	2	10	95042	95051	40 %	0 %	40 %	20 %	478458625
70	NC_020966	GGATT	2	10	95942	95951	20 %	40 %	40 %	0 %	478458625
71	NC_020966	CAATC	2	10	97044	97053	40 %	20 %	0 %	40 %	478458627
72	NC_020966	TTTGC	2	10	97178	97187	0 %	60 %	20 %	20 %	478458627
73	NC_020966	ATTCA	2	10	97442	97451	40 %	40 %	0 %	20 %	478458627
74	NC_020966	GATCC	2	10	97701	97710	20 %	20 %	20 %	40 %	478458627
75	NC_020966	GTTTT	2	10	98122	98131	0 %	80 %	20 %	0 %	478458627
76	NC_020966	AAGCT	2	10	99325	99334	40 %	20 %	20 %	20 %	478458628
77	NC_020966	AGGGG	2	10	99684	99693	20 %	0 %	80 %	0 %	478458628
78	NC_020966	ATAGC	2	10	100382	100391	40 %	20 %	20 %	20 %	478458629
79	NC_020966	TTCCC	2	10	100986	100995	0 %	40 %	0 %	60 %	478458630
80	NC_020966	AGCGA	2	10	103310	103319	40 %	0 %	40 %	20 %	478458632
81	NC_020966	TTTCT	2	10	103668	103677	0 %	80 %	0 %	20 %	478458632
82	NC_020966	CTTCT	2	10	103722	103731	0 %	60 %	0 %	40 %	478458632
83	NC_020966	ACAGG	2	10	104071	104080	40 %	0 %	40 %	20 %	478458633
84	NC_020966	ATCAT	2	10	104874	104883	40 %	40 %	0 %	20 %	478458633
85	NC_020966	GGCAT	2	10	105582	105591	20 %	20 %	40 %	20 %	478458633
86	NC_020966	AAAGC	2	10	109308	109317	60 %	0 %	20 %	20 %	478458636
87	NC_020966	GCATT	2	10	110468	110477	20 %	40 %	20 %	20 %	478458638
88	NC_020966	TGTTT	2	10	115145	115154	0 %	80 %	20 %	0 %	478458641
89	NC_020966	CATGT	2	10	115523	115532	20 %	40 %	20 %	20 %	478458641
90	NC_020966	TATCG	2	10	116227	116236	20 %	40 %	20 %	20 %	478458641
91	NC_020966	TTTCT	2	10	116743	116752	0 %	80 %	0 %	20 %	478458642
92	NC_020966	AAAGA	2	10	118989	118998	80 %	0 %	20 %	0 %	478458645
93	NC_020966	GCTTC	2	10	122979	122988	0 %	40 %	20 %	40 %	478458649
94	NC_020966	TACAA	2	10	126768	126777	60 %	20 %	0 %	20 %	478458653
95	NC_020966	ATCCA	2	10	129173	129182	40 %	20 %	0 %	40 %	478458656
96	NC_020966	GAAGA	2	10	130723	130732	60 %	0 %	40 %	0 %	478458656
97	NC_020966	AAAAG	2	10	132636	132645	80 %	0 %	20 %	0 %	478458657
98	NC_020966	GATTC	2	10	132967	132976	20 %	40 %	20 %	20 %	478458657
99	NC_020966	GGATA	2	10	135573	135582	40 %	20 %	40 %	0 %	478458659
100	NC_020966	ATTGG	2	10	136238	136247	20 %	40 %	40 %	0 %	478458660
101	NC_020966	ATTGT	2	10	136271	136280	20 %	60 %	20 %	0 %	478458660
102	NC_020966	TGTTT	2	10	136697	136706	0 %	80 %	20 %	0 %	478458661
103	NC_020966	TCCAG	2	10	140441	140450	20 %	20 %	20 %	40 %	478458667
104	NC_020966	GTACA	2	10	141172	141181	40 %	20 %	20 %	20 %	478458668
105	NC_020966	TAGAT	2	10	141545	141554	40 %	40 %	20 %	0 %	478458668
106	NC_020966	AAAAC	2	10	142437	142446	80 %	0 %	0 %	20 %	478458669
107	NC_020966	TGCTA	2	10	143523	143532	20 %	40 %	20 %	20 %	478458671
108	NC_020966	GGAGC	2	10	143570	143579	20 %	0 %	60 %	20 %	478458671
109	NC_020966	CTGGG	2	10	144984	144993	0 %	20 %	60 %	20 %	478458673
110	NC_020966	GTTTT	2	10	145731	145740	0 %	80 %	20 %	0 %	478458674
111	NC_020966	GAACC	2	10	149465	149474	40 %	0 %	20 %	40 %	478458675
112	NC_020966	ATTCT	2	10	152962	152971	20 %	60 %	0 %	20 %	478458679
113	NC_020966	CTGTG	2	10	153166	153175	0 %	40 %	40 %	20 %	478458679
114	NC_020966	TTCTT	2	10	155639	155648	0 %	80 %	0 %	20 %	478458682
115	NC_020966	AGGAA	2	10	160199	160208	60 %	0 %	40 %	0 %	478458686
116	NC_020966	AGAGA	2	10	163430	163439	60 %	0 %	40 %	0 %	478458689
117	NC_020966	AGCAA	2	10	163865	163874	60 %	0 %	20 %	20 %	478458689
118	NC_020966	CAAAA	2	10	167365	167374	80 %	0 %	0 %	20 %	478458691
119	NC_020966	AAGAG	2	10	168198	168207	60 %	0 %	40 %	0 %	478458691
120	NC_020966	GATTG	2	10	168543	168552	20 %	40 %	40 %	0 %	478458691
121	NC_020966	GTTTT	2	10	175025	175034	0 %	80 %	20 %	0 %	478458695
122	NC_020966	TATTG	2	10	175048	175057	20 %	60 %	20 %	0 %	478458695
123	NC_020966	CAGCA	2	10	175407	175416	40 %	0 %	20 %	40 %	478458695
124	NC_020966	TAGGA	2	10	175712	175721	40 %	20 %	40 %	0 %	478458696
125	NC_020966	TGATT	2	10	177639	177648	20 %	60 %	20 %	0 %	478458697
126	NC_020966	TTTTC	2	10	178319	178328	0 %	80 %	0 %	20 %	478458697
127	NC_020966	GGAAT	2	10	179879	179888	40 %	20 %	40 %	0 %	478458698
128	NC_020966	AGAGT	2	10	181267	181276	40 %	20 %	40 %	0 %	478458699
129	NC_020966	TTGAA	2	10	181957	181966	40 %	40 %	20 %	0 %	478458700
130	NC_020966	TTTGC	2	10	182833	182842	0 %	60 %	20 %	20 %	478458700
131	NC_020966	TTGAG	2	10	183528	183537	20 %	40 %	40 %	0 %	478458701
132	NC_020966	GAATG	2	10	183553	183562	40 %	20 %	40 %	0 %	478458701
133	NC_020966	ACGAT	2	10	187709	187718	40 %	20 %	20 %	20 %	478458707
134	NC_020966	GGATC	2	10	190814	190823	20 %	20 %	40 %	20 %	478458710
135	NC_020966	GCAAG	2	10	191176	191185	40 %	0 %	40 %	20 %	478458711
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