MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis K/SotonK1 complete genome

Total Repeats: 293

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020965	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478457651
2	NC_020965	TATGGA	2	12	1413	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457651
3	NC_020965	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457655
4	NC_020965	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457661
5	NC_020965	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457661
6	NC_020965	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457662
7	NC_020965	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457668
8	NC_020965	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478457670
9	NC_020965	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478457671
10	NC_020965	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457683
11	NC_020965	AATTAG	2	12	37972	37983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478457684
12	NC_020965	TTCCTG	2	12	38271	38282	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457684
13	NC_020965	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478457690
14	NC_020965	TGAACG	2	12	52821	52832	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457697
15	NC_020965	GTGATT	2	12	52840	52851	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457697
16	NC_020965	GATCTG	2	12	55488	55499	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457699
17	NC_020965	GTGTAA	2	12	55536	55547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457699
18	NC_020965	GGTTCA	2	12	55625	55636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457699
19	NC_020965	GAAAAG	2	12	56884	56895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457700
20	NC_020965	CCAAGA	2	12	58126	58137	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457701
21	NC_020965	AGTTGT	2	12	58232	58243	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457701
22	NC_020965	TTGTTC	2	12	59155	59166	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457701
23	NC_020965	TGAAAA	2	12	59625	59636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478457702
24	NC_020965	TCCTAA	2	12	59964	59975	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457702
25	NC_020965	GTTCTT	2	12	63884	63895	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457704
26	NC_020965	CTATTT	2	12	72206	72217	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478457711
27	NC_020965	ACTCTT	2	12	73335	73346	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478457712
28	NC_020965	TTTCTG	2	12	73885	73896	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457713
29	NC_020965	GATCAT	2	12	74015	74026	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478457713
30	NC_020965	TAGTAC	2	12	77009	77020	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478457714
31	NC_020965	GGTTTA	2	12	80659	80670	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457717
32	NC_020965	TTTAGT	2	12	82432	82443	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478457719
33	NC_020965	GTCTGT	2	12	83703	83714	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478457720
34	NC_020965	TTTGTG	2	12	87505	87516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478457722
35	NC_020965	TTCTGA	2	12	89317	89328	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478457724
36	NC_020965	AAAAGA	2	12	94381	94392	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478457730
37	NC_020965	AGCTGT	2	12	96474	96485	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457731
38	NC_020965	TCTTTT	2	12	97139	97150	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478457733
39	NC_020965	GGGGCT	2	12	98087	98098	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478457733
40	NC_020965	TTTGAG	2	12	100291	100302	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457735
41	NC_020965	TCAGAA	2	12	106932	106943	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457740
42	NC_020965	CATAAC	2	12	109976	109987	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478457743
43	NC_020965	TGTTCT	2	12	112740	112751	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457745
44	NC_020965	ACTTCG	2	12	116024	116035	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457747
45	NC_020965	TTGCCA	2	12	119563	119574	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457752
46	NC_020965	TTGGTA	2	12	121103	121114	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457754
47	NC_020965	AGGATC	2	12	121482	121493	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457754
48	NC_020965	AAGGGT	2	12	123289	123300	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478457755
49	NC_020965	GGGTTT	2	12	124252	124263	0 %	50 %	50 %	0 %	478457756
50	NC_020965	TTGCAT	2	12	124534	124545	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478457756
51	NC_020965	AAGAGA	2	12	124903	124914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478457756
52	NC_020965	TTAAAA	2	12	133836	133847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478457762
53	NC_020965	AGGTTG	2	12	135078	135089	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478457763
54	NC_020965	CTGTTT	2	12	135773	135784	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478457764
55	NC_020965	GAGTTA	2	12	140128	140139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457772
56	NC_020965	TGGAAA	2	12	142681	142692	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478457775
57	NC_020965	TGGAAT	2	12	143556	143567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457776
58	NC_020965	ATGGTT	2	12	143800	143811	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457776
59	NC_020965	TGCTCT	2	12	145992	146003	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457779
60	NC_020965	GAAAGG	2	12	149730	149741	50 %	0 %	50 %	0 %	478457781
61	NC_020965	GCTTTG	2	12	149973	149984	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478457781
62	NC_020965	TGTGCG	2	12	154095	154106	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478457785
63	NC_020965	CCTCAT	2	12	155393	155404	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478457786
64	NC_020965	TGGAGA	2	12	156851	156862	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478457788
65	NC_020965	CTCCAT	2	12	158218	158229	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478457789
66	NC_020965	TCCTTG	2	12	158814	158825	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457790
67	NC_020965	AAGTTT	2	12	158899	158910	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478457790
68	NC_020965	AACAGC	2	12	161451	161462	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457793
69	NC_020965	AAAAAG	2	12	174038	174049	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478457800
70	NC_020965	ACTTCT	2	12	189776	189787	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478457813
71	NC_020965	ATTTGC	2	12	192469	192480	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478457814
72	NC_020965	AAACAT	2	12	193559	193570	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478457817
73	NC_020965	AGCAAC	2	12	193894	193905	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457817
74	NC_020965	TTGCCT	2	12	196608	196619	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457821
75	NC_020965	TCTGGA	2	12	199858	199869	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457825
76	NC_020965	CTGGAT	2	12	215448	215459	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457838
77	NC_020965	GAAATA	2	12	215771	215782	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478457838
78	NC_020965	GATGCA	2	12	222662	222673	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457845
79	NC_020965	ACTCCA	2	12	223552	223563	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478457846
80	NC_020965	CTGCTT	2	12	223784	223795	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478457846
81	NC_020965	ATTGCT	2	12	227093	227104	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478457849
82	NC_020965	TCCTAG	2	12	227383	227394	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457849
83	NC_020965	GCAACG	2	12	227871	227882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478457850
84	NC_020965	CTTAGC	2	12	230504	230515	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457852
85	NC_020965	TTCCTT	2	12	237336	237347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478457857
86	NC_020965	TCTCCT	2	12	240217	240228	0 %	50 %	0 %	50 %	478457858
87	NC_020965	AAACCA	2	12	240792	240803	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457859
88	NC_020965	CCTGCA	2	12	256174	256185	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478457877
89	NC_020965	ACCTTT	2	12	261369	261380	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478457882
90	NC_020965	TCATAA	2	12	269216	269227	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478457889
91	NC_020965	AAGTGT	2	12	269942	269953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457889
92	NC_020965	ATCTAA	2	12	273220	273231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478457892
93	NC_020965	TGGAAT	2	12	275418	275429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478457894
94	NC_020965	GGAACA	2	12	279305	279316	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478457896
95	NC_020965	CACGCG	2	12	281678	281689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478457898
96	NC_020965	TTTCTT	2	12	281857	281868	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478457898
97	NC_020965	CTCCTA	2	12	286019	286030	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478457901
98	NC_020965	GCAATG	2	12	292138	292149	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457907
99	NC_020965	CGACAT	2	12	292814	292825	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478457908
100	NC_020965	CCCTTA	2	12	294268	294279	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478457910
101	NC_020965	AAAATA	2	12	296366	296377	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478457912
102	NC_020965	ACCACT	2	12	298721	298732	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478457914
103	NC_020965	CATTGC	2	12	301967	301978	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478457917
104	NC_020965	CCAAAA	2	12	303146	303157	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478457918
105	NC_020965	TCTTTT	2	12	305031	305042	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478457920
106	NC_020965	CAAGAC	2	12	306122	306133	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457921
107	NC_020965	AGCTTA	2	12	307403	307414	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478457923
108	NC_020965	CAAAGA	2	12	312775	312786	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478457928
109	NC_020965	ATGGCT	2	12	313391	313402	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478457929
110	NC_020965	TACAAA	2	12	317581	317592	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478457932
111	NC_020965	TTAATT	2	12	319260	319271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478457934
112	NC_020965	AAAACA	2	12	322747	322758	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478457936
113	NC_020965	CAGAAC	2	12	344720	344731	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478457955
114	NC_020965	ATTCAA	2	12	349697	349708	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478457960
115	NC_020965	TTCTTA	2	12	361674	361685	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478457968
116	NC_020965	CAGCCT	2	12	373645	373656	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478457982
117	NC_020965	AGCTGA	2	12	373695	373706	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478457982
118	NC_020965	ATGCTA	2	12	377562	377573	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478457984
119	NC_020965	CAATAG	2	12	384168	384179	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457987
120	NC_020965	ACTGAA	2	12	384309	384320	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478457987
121	NC_020965	CTGCAC	2	12	384502	384513	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478457987
122	NC_020965	TCCATA	2	12	394860	394871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478457996
123	NC_020965	TTAGGT	2	12	396218	396229	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478457998
124	NC_020965	AGGGAA	2	12	397544	397555	50 %	0 %	50 %	0 %	478457999
125	NC_020965	CTGAAG	2	12	398379	398390	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458000
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129	NC_020965	CCTTTC	2	12	405836	405847	0 %	50 %	0 %	50 %	478458006
130	NC_020965	TTTTAA	2	12	409700	409711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478458008
131	NC_020965	ACATGC	2	12	415379	415390	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478458016
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133	NC_020965	ATCTTG	2	12	417708	417719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478458018
134	NC_020965	CCCCCA	2	12	419042	419053	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478458019
135	NC_020965	TTCCTC	2	12	423107	423118	0 %	50 %	0 %	50 %	478458023
136	NC_020965	CTCTAC	2	12	426356	426367	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478458025
137	NC_020965	ACATCA	2	12	427001	427012	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478458026
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139	NC_020965	TGATAA	2	12	429168	429179	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478458028
140	NC_020965	AGCTAA	2	12	431542	431553	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458031
141	NC_020965	TTCTCC	2	12	443578	443589	0 %	50 %	0 %	50 %	478458042
142	NC_020965	TAACTC	2	12	453146	453157	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458050
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144	NC_020965	CTAAAG	2	12	456489	456500	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458051
145	NC_020965	CCAATA	2	12	461474	461485	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478458055
146	NC_020965	ATCGGC	2	12	467321	467332	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478458063
147	NC_020965	TATTGG	2	12	467914	467925	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478458063
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150	NC_020965	CTACAA	2	12	484456	484467	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478458068
151	NC_020965	CCAATC	2	12	488924	488935	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478458072
152	NC_020965	TTCTTT	2	12	492746	492757	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478458079
153	NC_020965	CTGAAG	2	12	495805	495816	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478458081
154	NC_020965	TGAGTA	2	12	496259	496270	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458081
155	NC_020965	AAACTG	2	12	499706	499717	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458085
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220	NC_020965	TATCCA	2	12	722083	722094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478458296
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225	NC_020965	GGAAGA	2	12	762889	762900	50 %	0 %	50 %	0 %	478458327
226	NC_020965	ATGCAA	2	12	765201	765212	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478458331
227	NC_020965	GAGAAA	2	12	765430	765441	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478458331
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229	NC_020965	TTTCCA	2	12	777692	777703	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478458342
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231	NC_020965	ATTAGG	2	12	790085	790096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478458350
232	NC_020965	CCCTGA	2	12	793081	793092	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478458353
233	NC_020965	AGAATT	2	12	796003	796014	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478458356
234	NC_020965	AAGCTC	2	12	796242	796253	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478458356
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.