MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis K/SotonK1 complete genome

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020965	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020965	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020965	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020965	TGCAA	2	10	42927	42936	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020965	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020965	GAAGA	2	10	48611	48620	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020965	CTATT	2	10	50190	50199	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020965	AATTT	2	10	54548	54557	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020965	AAAAG	2	10	69544	69553	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020965	CTTGC	2	10	72487	72496	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020965	AAAAG	2	10	77237	77246	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020965	ATCAA	2	10	78935	78944	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020965	TTTGT	2	10	85671	85680	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020965	AATAA	2	10	88670	88679	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020965	CTTTT	2	10	94742	94751	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020965	ACAAA	2	10	98287	98296	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020965	GCTCT	2	10	114560	114569	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_020965	TTGCA	2	10	137537	137546	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020965	AAAAG	2	10	142009	142018	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020965	TTCTA	2	10	157793	157802	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020965	CAAAA	2	10	162251	162260	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020965	AGAAA	2	10	182612	182621	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020965	CGATA	2	10	187989	187998	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020965	CTAAG	2	10	203119	203128	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020965	ATTTC	2	10	221644	221653	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020965	CAATA	2	10	224767	224776	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020965	TACAA	2	10	248479	248488	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020965	TTTCA	2	10	264590	264599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020965	AAAGC	2	10	299422	299431	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020965	TGTTT	2	10	302301	302310	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020965	TCAAT	2	10	322364	322373	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020965	GCAAC	2	10	334316	334325	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020965	CTTGT	2	10	334376	334385	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020965	CCTTT	2	10	334832	334841	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020965	AAGGC	2	10	362587	362596	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020965	GCTTC	2	10	364697	364706	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020965	AGTAG	2	10	364774	364783	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020965	TCTCT	2	10	368241	368250	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020965	AACAA	2	10	368624	368633	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020965	AAAAC	2	10	368946	368955	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020965	AAGCG	2	10	404455	404464	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020965	TATCT	2	10	409983	409992	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020965	GTATA	2	10	416704	416713	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020965	AGCAA	2	10	416740	416749	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020965	AAAAT	2	10	418589	418598	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020965	CTCTT	2	10	428653	428662	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020965	TAAAA	2	10	431196	431205	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020965	AGAAA	2	10	436870	436879	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020965	CTCTT	2	10	436909	436918	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020965	GAAGA	2	10	436919	436928	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020965	AAATT	2	10	437198	437207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020965	AATTT	2	10	437219	437228	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020965	TAAAA	2	10	465431	465440	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020965	CAAAA	2	10	485832	485841	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020965	AATCT	2	10	503174	503183	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020965	CTTCT	2	10	503387	503396	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020965	TTTCT	2	10	508774	508783	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020965	CCTTT	2	10	509783	509792	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020965	TAAAA	2	10	514799	514808	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020965	AGGAA	2	10	516783	516792	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020965	ATGAA	2	10	516807	516816	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020965	TTGGA	2	10	524248	524257	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020965	CAAAA	2	10	525014	525023	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020965	TTTTC	2	10	536895	536904	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020965	AAAAG	2	10	558148	558157	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020965	GAAAA	2	10	565332	565341	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020965	ATTTT	2	10	566770	566779	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020965	ATACT	2	10	572842	572851	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020965	TCCCC	2	10	575635	575644	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020965	AAAGG	2	10	581797	581806	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020965	TTTCC	2	10	629416	629425	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020965	ATTAA	2	10	637367	637376	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020965	TCGTC	2	10	650266	650275	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020965	TAAAA	2	10	685890	685899	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020965	TTTAT	2	10	697843	697852	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020965	TCATG	2	10	698038	698047	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020965	AAAAC	2	10	702156	702165	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020965	GAAAA	2	10	707505	707514	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020965	TTATT	2	10	714564	714573	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020965	GAAGA	2	10	737458	737467	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020965	AGAAT	2	10	760266	760275	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020965	AGGGG	2	10	760497	760506	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020965	ATTTT	2	10	779241	779250	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020965	AAAAG	2	10	781073	781082	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020965	AGGTA	2	10	784472	784481	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020965	TCCTT	2	10	785655	785664	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_020965	CTCCA	2	10	785810	785819	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_020965	AAAAC	2	10	796851	796860	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020965	TTTCT	2	10	805072	805081	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020965	AGAAA	2	10	813604	813613	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020965	CTTTT	2	10	859693	859702	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020965	AGAAA	2	10	864044	864053	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020965	CTTTT	2	10	881737	881746	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020965	TAGAA	2	10	890209	890218	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020965	CTTTT	2	10	906249	906258	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020965	TTTTA	2	10	906994	907003	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020965	AGAGC	2	10	909282	909291	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020965	AAGAG	2	10	928954	928963	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020965	GCTAG	2	10	928980	928989	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020965	TCGTT	2	10	937374	937383	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020965	TTCTT	2	10	940331	940340	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020965	CTTCA	2	10	962219	962228	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020965	CTAGT	2	10	969076	969085	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020965	TAAAA	2	10	985069	985078	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020965	CGGGG	2	10	1006511	1006520	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020965	TATTT	2	10	1008670	1008679	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020965	TAGAA	2	10	1020098	1020107	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020965	TTTTC	2	10	1038472	1038481	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020965	TTATT	2	10	1042370	1042379	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020965	TTTTA	2	10	1042420	1042429	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.