MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478473868
2	NC_020964	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473872
3	NC_020964	CAAAAA	2	12	6850	6861	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020964	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473878
5	NC_020964	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473878
6	NC_020964	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473879
7	NC_020964	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473885
8	NC_020964	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478473887
9	NC_020964	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478473888
10	NC_020964	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473900
11	NC_020964	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478473901
12	NC_020964	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473901
13	NC_020964	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478473908
14	NC_020964	TGAACG	2	12	52932	52943	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478473915
15	NC_020964	GTGATT	2	12	52951	52962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473915
16	NC_020964	AAAATT	2	12	54683	54694	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020964	GATCTG	2	12	55590	55601	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473917
18	NC_020964	GGTTCA	2	12	55727	55738	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473917
19	NC_020964	AGTTGT	2	12	58268	58279	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473919
20	NC_020964	TTGTTC	2	12	59188	59199	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473919
21	NC_020964	TCCTAA	2	12	59998	60009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473920
22	NC_020964	AAAAAT	2	12	61493	61504	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020964	GTTCTT	2	12	63912	63923	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473922
24	NC_020964	CTATTT	2	12	72234	72245	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478473929
25	NC_020964	ACTCTT	2	12	73363	73374	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478473930
26	NC_020964	TTTCTG	2	12	73913	73924	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473931
27	NC_020964	GATCAT	2	12	74043	74054	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478473931
28	NC_020964	TAGTAC	2	12	77037	77048	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478473932
29	NC_020964	ATCTAG	2	12	77216	77227	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020964	GTCTGT	2	12	83732	83743	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478473938
31	NC_020964	TTCTGA	2	12	89346	89357	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478473942
32	NC_020964	AAAAGA	2	12	94409	94420	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478473947
33	NC_020964	AGCTGT	2	12	96503	96514	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473948
34	NC_020964	TCTTTT	2	12	97168	97179	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478473950
35	NC_020964	GGGGCT	2	12	98116	98127	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478473950
36	NC_020964	TTTGAG	2	12	100320	100331	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473952
37	NC_020964	TCAGAA	2	12	106961	106972	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473957
38	NC_020964	CATAAC	2	12	110005	110016	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478473960
39	NC_020964	TGTTCT	2	12	112769	112780	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473962
40	NC_020964	ACTTCG	2	12	116053	116064	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473964
41	NC_020964	TTTTAG	2	12	116488	116499	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020964	TTGCCA	2	12	119592	119603	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473969
43	NC_020964	TAAAAA	2	12	121084	121095	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020964	TTGGTA	2	12	121132	121143	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473971
45	NC_020964	AGGATC	2	12	121511	121522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478473971
46	NC_020964	AAGGGT	2	12	123318	123329	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478473972
47	NC_020964	GGGTTT	2	12	124281	124292	0 %	50 %	50 %	0 %	478473973
48	NC_020964	TTGCAT	2	12	124563	124574	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478473973
49	NC_020964	AAGAGA	2	12	124932	124943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473973
50	NC_020964	TTAAAA	2	12	133868	133879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473979
51	NC_020964	AGGTTG	2	12	135110	135121	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478473980
52	NC_020964	GAGTTA	2	12	140161	140172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473989
53	NC_020964	TGGAAT	2	12	143589	143600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473993
54	NC_020964	ATGGTT	2	12	143833	143844	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473993
55	NC_020964	TGCTCT	2	12	146024	146035	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473996
56	NC_020964	GAAAGG	2	12	149762	149773	50 %	0 %	50 %	0 %	478473998
57	NC_020964	GCTTTG	2	12	150005	150016	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478473998
58	NC_020964	TGTGCG	2	12	154127	154138	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478474002
59	NC_020964	CCTCAT	2	12	155425	155436	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474003
60	NC_020964	TGGAGA	2	12	156883	156894	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478474005
61	NC_020964	CTCCAT	2	12	158252	158263	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474006
62	NC_020964	TCCTTG	2	12	158848	158859	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474007
63	NC_020964	AACAGC	2	12	161484	161495	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474010
64	NC_020964	AAAAAG	2	12	174071	174082	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478474017
65	NC_020964	AGAAAA	2	12	182708	182719	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020964	ACTTCT	2	12	189810	189821	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474030
67	NC_020964	ATTTGC	2	12	192503	192514	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474031
68	NC_020964	AAACAT	2	12	193593	193604	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478474034
69	NC_020964	AGCAAC	2	12	193928	193939	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474034
70	NC_020964	TATGAA	2	12	195522	195533	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020964	TTGCCT	2	12	196640	196651	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474038
72	NC_020964	TCTGGA	2	12	199890	199901	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474042
73	NC_020964	CTGGAT	2	12	215481	215492	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474055
74	NC_020964	GAAATA	2	12	215804	215815	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478474055
75	NC_020964	TTTTAC	2	12	221497	221508	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_020964	ACTCCA	2	12	223550	223561	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474063
77	NC_020964	CTGCTT	2	12	223782	223793	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474063
78	NC_020964	ATTGCT	2	12	227091	227102	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474066
79	NC_020964	TCCTAG	2	12	227381	227392	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474066
80	NC_020964	GCAACG	2	12	227869	227880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474067
81	NC_020964	CTTAGC	2	12	230498	230509	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474069
82	NC_020964	TTCCTT	2	12	237330	237341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474074
83	NC_020964	TCTCCT	2	12	240211	240222	0 %	50 %	0 %	50 %	478474075
84	NC_020964	AAACCA	2	12	240786	240797	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474076
85	NC_020964	AACCCT	2	12	255210	255221	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020964	ATTTTT	2	12	256014	256025	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020964	CCTGCA	2	12	256175	256186	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478474094
88	NC_020964	ACCTTT	2	12	261370	261381	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474099
89	NC_020964	TCATAA	2	12	269214	269225	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478474106
90	NC_020964	AAGTGT	2	12	269940	269951	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474106
91	NC_020964	AGGAGA	2	12	271113	271124	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020964	ATCTAA	2	12	273218	273229	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478474109
93	NC_020964	TGGAAT	2	12	275416	275427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474111
94	NC_020964	GGAACA	2	12	279303	279314	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478474113
95	NC_020964	ATATTA	2	12	280011	280022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020964	CACGCG	2	12	281676	281687	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478474115
97	NC_020964	TTTCTT	2	12	281855	281866	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478474115
98	NC_020964	CTCCTA	2	12	286017	286028	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474118
99	NC_020964	GCAATG	2	12	292136	292147	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474124
100	NC_020964	CGACAT	2	12	292809	292820	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478474125
101	NC_020964	CCCTTA	2	12	294263	294274	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474127
102	NC_020964	AAAATA	2	12	296361	296372	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478474129
103	NC_020964	ACCACT	2	12	298716	298727	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474131
104	NC_020964	CATTGC	2	12	301962	301973	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474134
105	NC_020964	CCAAAA	2	12	303141	303152	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474135
106	NC_020964	TCTTTT	2	12	305026	305037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478474137
107	NC_020964	CAAGAC	2	12	306117	306128	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474138
108	NC_020964	AGCTTA	2	12	307398	307409	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474140
109	NC_020964	CAAAGA	2	12	312783	312794	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478474145
110	NC_020964	ATGGCT	2	12	313399	313410	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474146
111	NC_020964	TACAAA	2	12	317589	317600	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478474149
112	NC_020964	TTAATT	2	12	319268	319279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474151
113	NC_020964	AAAAAT	2	12	322361	322372	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020964	AAAACA	2	12	322753	322764	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478474153
115	NC_020964	AAAAAG	2	12	324179	324190	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020964	CAGAAC	2	12	344749	344760	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474172
117	NC_020964	ATTCAA	2	12	349726	349737	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478474177
118	NC_020964	AGAATA	2	12	361683	361694	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020964	TTCTTA	2	12	361703	361714	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478474185
120	NC_020964	CAGCCT	2	12	373764	373775	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478474200
121	NC_020964	AGCTGA	2	12	373814	373825	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474200
122	NC_020964	ATGCTA	2	12	377681	377692	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474202
123	NC_020964	CAATAG	2	12	384287	384298	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474205
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145	NC_020964	TTCTCC	2	12	443707	443718	0 %	50 %	0 %	50 %	478474260
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163	NC_020964	AAGAAA	2	12	503412	503423	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020964	GGTAAT	2	12	508214	508225	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474311
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221	NC_020964	TTATTT	2	12	649487	649498	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
222	NC_020964	GCTTCT	2	12	650840	650851	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474454
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230	NC_020964	CCGCAA	2	12	699040	699051	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	478474496
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232	NC_020964	AAATGC	2	12	704997	705008	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474498
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234	NC_020964	TCTTGA	2	12	712226	712237	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474502
235	NC_020964	TATCCA	2	12	722406	722417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474512
236	NC_020964	GAGAGG	2	12	731033	731044	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474517
237	NC_020964	GCGATT	2	12	733976	733987	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474518
238	NC_020964	TATTGA	2	12	738302	738313	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478474521
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241	NC_020964	GGGAAG	2	12	759555	759566	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474541
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261	NC_020964	GAAAGG	2	12	833164	833175	50 %	0 %	50 %	0 %	478474600
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319	NC_020964	ACCATC	2	12	1037137	1037148	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474756
320	NC_020964	TAAAAT	2	12	1042746	1042757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.