MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 283

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	478473868
2	NC_020964	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473872
3	NC_020964	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473878
4	NC_020964	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473878
5	NC_020964	TAGTGA	2	12	12706	12717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473879
6	NC_020964	GTTCCT	2	12	19991	20002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473885
7	NC_020964	CTTTTT	2	12	22145	22156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478473887
8	NC_020964	GTGAGG	2	12	26075	26086	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478473888
9	NC_020964	GGATTT	2	12	36552	36563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473900
10	NC_020964	AATTAG	2	12	37973	37984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478473901
11	NC_020964	TTCCTG	2	12	38272	38283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473901
12	NC_020964	TTTTGA	2	12	45580	45591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478473908
13	NC_020964	TGAACG	2	12	52932	52943	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478473915
14	NC_020964	GTGATT	2	12	52951	52962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473915
15	NC_020964	GATCTG	2	12	55590	55601	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473917
16	NC_020964	GGTTCA	2	12	55727	55738	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473917
17	NC_020964	AGTTGT	2	12	58268	58279	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473919
18	NC_020964	TTGTTC	2	12	59188	59199	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473919
19	NC_020964	TCCTAA	2	12	59998	60009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473920
20	NC_020964	GTTCTT	2	12	63912	63923	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473922
21	NC_020964	CTATTT	2	12	72234	72245	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478473929
22	NC_020964	ACTCTT	2	12	73363	73374	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478473930
23	NC_020964	TTTCTG	2	12	73913	73924	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473931
24	NC_020964	GATCAT	2	12	74043	74054	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478473931
25	NC_020964	TAGTAC	2	12	77037	77048	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478473932
26	NC_020964	GTCTGT	2	12	83732	83743	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478473938
27	NC_020964	TTCTGA	2	12	89346	89357	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478473942
28	NC_020964	AAAAGA	2	12	94409	94420	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478473947
29	NC_020964	AGCTGT	2	12	96503	96514	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478473948
30	NC_020964	TCTTTT	2	12	97168	97179	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478473950
31	NC_020964	GGGGCT	2	12	98116	98127	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478473950
32	NC_020964	TTTGAG	2	12	100320	100331	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473952
33	NC_020964	TCAGAA	2	12	106961	106972	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478473957
34	NC_020964	CATAAC	2	12	110005	110016	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478473960
35	NC_020964	TGTTCT	2	12	112769	112780	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478473962
36	NC_020964	ACTTCG	2	12	116053	116064	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473964
37	NC_020964	TTGCCA	2	12	119592	119603	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478473969
38	NC_020964	TTGGTA	2	12	121132	121143	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473971
39	NC_020964	AGGATC	2	12	121511	121522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478473971
40	NC_020964	AAGGGT	2	12	123318	123329	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478473972
41	NC_020964	GGGTTT	2	12	124281	124292	0 %	50 %	50 %	0 %	478473973
42	NC_020964	TTGCAT	2	12	124563	124574	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478473973
43	NC_020964	AAGAGA	2	12	124932	124943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473973
44	NC_020964	TTAAAA	2	12	133868	133879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473979
45	NC_020964	AGGTTG	2	12	135110	135121	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478473980
46	NC_020964	GAGTTA	2	12	140161	140172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473989
47	NC_020964	TGGAAT	2	12	143589	143600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473993
48	NC_020964	ATGGTT	2	12	143833	143844	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478473993
49	NC_020964	TGCTCT	2	12	146024	146035	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478473996
50	NC_020964	GAAAGG	2	12	149762	149773	50 %	0 %	50 %	0 %	478473998
51	NC_020964	GCTTTG	2	12	150005	150016	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478473998
52	NC_020964	TGTGCG	2	12	154127	154138	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478474002
53	NC_020964	CCTCAT	2	12	155425	155436	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474003
54	NC_020964	TGGAGA	2	12	156883	156894	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478474005
55	NC_020964	CTCCAT	2	12	158252	158263	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474006
56	NC_020964	TCCTTG	2	12	158848	158859	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474007
57	NC_020964	AACAGC	2	12	161484	161495	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474010
58	NC_020964	AAAAAG	2	12	174071	174082	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478474017
59	NC_020964	ACTTCT	2	12	189810	189821	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474030
60	NC_020964	ATTTGC	2	12	192503	192514	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474031
61	NC_020964	AAACAT	2	12	193593	193604	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478474034
62	NC_020964	AGCAAC	2	12	193928	193939	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474034
63	NC_020964	TTGCCT	2	12	196640	196651	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474038
64	NC_020964	TCTGGA	2	12	199890	199901	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474042
65	NC_020964	CTGGAT	2	12	215481	215492	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474055
66	NC_020964	GAAATA	2	12	215804	215815	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478474055
67	NC_020964	ACTCCA	2	12	223550	223561	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474063
68	NC_020964	CTGCTT	2	12	223782	223793	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478474063
69	NC_020964	ATTGCT	2	12	227091	227102	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474066
70	NC_020964	TCCTAG	2	12	227381	227392	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474066
71	NC_020964	GCAACG	2	12	227869	227880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474067
72	NC_020964	CTTAGC	2	12	230498	230509	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474069
73	NC_020964	TTCCTT	2	12	237330	237341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474074
74	NC_020964	TCTCCT	2	12	240211	240222	0 %	50 %	0 %	50 %	478474075
75	NC_020964	AAACCA	2	12	240786	240797	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474076
76	NC_020964	CCTGCA	2	12	256175	256186	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478474094
77	NC_020964	ACCTTT	2	12	261370	261381	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474099
78	NC_020964	TCATAA	2	12	269214	269225	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478474106
79	NC_020964	AAGTGT	2	12	269940	269951	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474106
80	NC_020964	ATCTAA	2	12	273218	273229	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478474109
81	NC_020964	TGGAAT	2	12	275416	275427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474111
82	NC_020964	GGAACA	2	12	279303	279314	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478474113
83	NC_020964	CACGCG	2	12	281676	281687	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478474115
84	NC_020964	TTTCTT	2	12	281855	281866	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478474115
85	NC_020964	CTCCTA	2	12	286017	286028	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474118
86	NC_020964	GCAATG	2	12	292136	292147	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474124
87	NC_020964	CGACAT	2	12	292809	292820	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478474125
88	NC_020964	CCCTTA	2	12	294263	294274	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474127
89	NC_020964	AAAATA	2	12	296361	296372	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478474129
90	NC_020964	ACCACT	2	12	298716	298727	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478474131
91	NC_020964	CATTGC	2	12	301962	301973	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474134
92	NC_020964	CCAAAA	2	12	303141	303152	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474135
93	NC_020964	TCTTTT	2	12	305026	305037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478474137
94	NC_020964	CAAGAC	2	12	306117	306128	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474138
95	NC_020964	AGCTTA	2	12	307398	307409	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474140
96	NC_020964	CAAAGA	2	12	312783	312794	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478474145
97	NC_020964	ATGGCT	2	12	313399	313410	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478474146
98	NC_020964	TACAAA	2	12	317589	317600	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478474149
99	NC_020964	TTAATT	2	12	319268	319279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474151
100	NC_020964	AAAACA	2	12	322753	322764	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478474153
101	NC_020964	CAGAAC	2	12	344749	344760	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478474172
102	NC_020964	ATTCAA	2	12	349726	349737	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478474177
103	NC_020964	TTCTTA	2	12	361703	361714	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478474185
104	NC_020964	CAGCCT	2	12	373764	373775	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478474200
105	NC_020964	AGCTGA	2	12	373814	373825	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474200
106	NC_020964	ATGCTA	2	12	377681	377692	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474202
107	NC_020964	CAATAG	2	12	384287	384298	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474205
108	NC_020964	ACTGAA	2	12	384428	384439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474205
109	NC_020964	CTGCAC	2	12	384621	384632	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478474205
110	NC_020964	TCCATA	2	12	394980	394991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474214
111	NC_020964	TTAGGT	2	12	396338	396349	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478474216
112	NC_020964	AGGGAA	2	12	397664	397675	50 %	0 %	50 %	0 %	478474217
113	NC_020964	CTGAAG	2	12	398499	398510	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478474218
114	NC_020964	TAATCT	2	12	403916	403927	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478474221
115	NC_020964	GAACAA	2	12	404418	404429	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478474222
116	NC_020964	CTAAAG	2	12	404801	404812	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478474223
117	NC_020964	CCTTTC	2	12	405965	405976	0 %	50 %	0 %	50 %	478474224
118	NC_020964	TTTTAA	2	12	409829	409840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474226
119	NC_020964	ACATGC	2	12	415506	415517	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478474234
120	NC_020964	GGCTCT	2	12	416241	416252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474235
121	NC_020964	ATCTTG	2	12	417835	417846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474236
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123	NC_020964	TTCCTC	2	12	423234	423245	0 %	50 %	0 %	50 %	478474241
124	NC_020964	CTCTAC	2	12	426483	426494	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478474243
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127	NC_020964	TGATAA	2	12	429295	429306	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478474246
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129	NC_020964	TTCTCC	2	12	443707	443718	0 %	50 %	0 %	50 %	478474260
130	NC_020964	ATGAAG	2	12	452754	452765	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478474268
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149	NC_020964	TCTCTA	2	12	517210	517221	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478474321
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229	NC_020964	GAAATT	2	12	804217	804228	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478474580
230	NC_020964	GCTGAG	2	12	804899	804910	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478474580
231	NC_020964	TAGCCT	2	12	807846	807857	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474581
232	NC_020964	AAGAGG	2	12	828287	828298	50 %	0 %	50 %	0 %	478474595
233	NC_020964	GAAAGG	2	12	833164	833175	50 %	0 %	50 %	0 %	478474600
234	NC_020964	AGCTTC	2	12	834618	834629	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478474601
235	NC_020964	ATCACA	2	12	838723	838734	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478474606
236	NC_020964	GATCCG	2	12	843332	843343	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478474610
237	NC_020964	TTATGC	2	12	850270	850281	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478474616
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240	NC_020964	GGCTAG	2	12	854166	854177	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478474619
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.