MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020964	GGTGT	2	10	13907	13916	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020964	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020964	TGCAA	2	10	42928	42937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020964	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020964	GAAGA	2	10	48612	48621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020964	CTATT	2	10	50193	50202	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020964	ATTAA	2	10	51984	51993	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020964	AATTT	2	10	54659	54668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020964	AAAAG	2	10	69572	69581	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020964	CTTGC	2	10	72515	72524	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_020964	AAAAG	2	10	77265	77274	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020964	ATCAA	2	10	78963	78972	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020964	TTTGT	2	10	85700	85709	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020964	AATAA	2	10	88699	88708	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020964	TTTAA	2	10	94235	94244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020964	CTTTT	2	10	94770	94779	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020964	ACAAA	2	10	98316	98325	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020964	GCTCT	2	10	114589	114598	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_020964	TTGCA	2	10	137570	137579	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020964	AAAAG	2	10	142042	142051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020964	TTCTA	2	10	157828	157837	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020964	CAAAA	2	10	162284	162293	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020964	AGAAA	2	10	182645	182654	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020964	CGATA	2	10	188022	188031	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020964	CTAAG	2	10	203151	203160	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020964	ATTTC	2	10	221642	221651	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020964	CAATA	2	10	224765	224774	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020964	TACAA	2	10	248472	248481	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020964	TTTCA	2	10	264588	264597	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020964	AAAGC	2	10	299417	299426	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020964	TGTTT	2	10	302296	302305	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020964	CAATT	2	10	322373	322382	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020964	GCAAC	2	10	334340	334349	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020964	CTTGT	2	10	334400	334409	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020964	CCTTT	2	10	334858	334867	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020964	AAGGC	2	10	362616	362625	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020964	GCTTC	2	10	364726	364735	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020964	AGTAG	2	10	364804	364813	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020964	TCTCT	2	10	368357	368366	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_020964	AACAA	2	10	368740	368749	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020964	AAAAC	2	10	369062	369071	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020964	AAGCG	2	10	404584	404593	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020964	TATCT	2	10	410112	410121	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020964	GTATA	2	10	416831	416840	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020964	AGCAA	2	10	416867	416876	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020964	AAAAT	2	10	418716	418725	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020964	CTCTT	2	10	428780	428789	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_020964	TAAAA	2	10	431323	431332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020964	AGAAA	2	10	436999	437008	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020964	CTCTT	2	10	437038	437047	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_020964	GAAGA	2	10	437048	437057	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020964	AAATT	2	10	437327	437336	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020964	AATTT	2	10	437348	437357	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020964	TAAAA	2	10	465556	465565	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020964	CAAAA	2	10	486003	486012	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020964	AATCT	2	10	503344	503353	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020964	CTTCT	2	10	503557	503566	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020964	TTTCT	2	10	508944	508953	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020964	CCTTT	2	10	509953	509962	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_020964	TAAAA	2	10	514973	514982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020964	AGGAA	2	10	516957	516966	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020964	ATGAA	2	10	516981	516990	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020964	TTGGA	2	10	524433	524442	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020964	CAAAA	2	10	525208	525217	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020964	TTTTC	2	10	537243	537252	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_020964	AAAAG	2	10	558497	558506	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020964	GAAAA	2	10	565681	565690	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020964	ATTTT	2	10	567118	567127	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020964	TCCCC	2	10	575983	575992	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_020964	AAAGG	2	10	582146	582155	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020964	ATTAA	2	10	637694	637703	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020964	TCGTC	2	10	650591	650600	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_020964	TAAAA	2	10	686215	686224	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020964	TTTAT	2	10	698170	698179	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020964	TCATG	2	10	698365	698374	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020964	AAAAC	2	10	702476	702485	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020964	GAAAA	2	10	707826	707835	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020964	TTATT	2	10	714890	714899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020964	GAAGA	2	10	737787	737796	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020964	TTTCT	2	10	747301	747310	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020964	AGAAT	2	10	760597	760606	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020964	AGGGG	2	10	760828	760837	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020964	AGGTA	2	10	784779	784788	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020964	TCCTT	2	10	785962	785971	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020964	TTTCT	2	10	805378	805387	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020964	AGAAA	2	10	813910	813919	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020964	AAGAG	2	10	825749	825758	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020964	AGAAA	2	10	864399	864408	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020964	TAGAA	2	10	890563	890572	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020964	CTTTT	2	10	906598	906607	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020964	TTTTA	2	10	907343	907352	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020964	AGAGC	2	10	909630	909639	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020964	AAGAG	2	10	929304	929313	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020964	GCTAG	2	10	929330	929339	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020964	TCGTT	2	10	937725	937734	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020964	TTCTT	2	10	940681	940690	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020964	CTTCA	2	10	962566	962575	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_020964	CTAGT	2	10	969423	969432	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020964	TAAAA	2	10	985418	985427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020964	ATAAA	2	10	985449	985458	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020964	TATTT	2	10	1009017	1009026	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020964	TAGAA	2	10	1020445	1020454	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020964	TTTTA	2	10	1042762	1042771	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.