MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2864

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478473868
2	NC_020964	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478473868
3	NC_020964	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478473868
4	NC_020964	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478473868
5	NC_020964	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478473868
6	NC_020964	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020964	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478473869
8	NC_020964	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478473870
9	NC_020964	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478473870
10	NC_020964	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478473871
11	NC_020964	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478473871
12	NC_020964	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478473871
13	NC_020964	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478473872
14	NC_020964	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478473872
15	NC_020964	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478473872
16	NC_020964	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478473872
17	NC_020964	TGGA	2	8	5921	5928	25 %	25 %	50 %	0 %	478473873
18	NC_020964	CTTT	2	8	6298	6305	0 %	75 %	0 %	25 %	478473873
19	NC_020964	GGGA	2	8	6813	6820	25 %	0 %	75 %	0 %	478473873
20	NC_020964	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020964	GGTG	2	8	7116	7123	0 %	25 %	75 %	0 %	478473874
22	NC_020964	AAAT	2	8	7182	7189	75 %	25 %	0 %	0 %	478473874
23	NC_020964	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020964	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020964	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020964	AAGC	2	8	8420	8427	50 %	0 %	25 %	25 %	478473875
27	NC_020964	ATTG	2	8	8818	8825	25 %	50 %	25 %	0 %	478473876
28	NC_020964	AGCG	2	8	9285	9292	25 %	0 %	50 %	25 %	478473876
29	NC_020964	AAAG	2	8	9306	9313	75 %	0 %	25 %	0 %	478473876
30	NC_020964	CTTT	2	8	9646	9653	0 %	75 %	0 %	25 %	478473876
31	NC_020964	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020964	TTCG	2	8	10020	10027	0 %	50 %	25 %	25 %	478473877
33	NC_020964	AATT	2	8	10125	10132	50 %	50 %	0 %	0 %	478473877
34	NC_020964	ATGG	2	8	10184	10191	25 %	25 %	50 %	0 %	478473877
35	NC_020964	CTTT	2	8	10809	10816	0 %	75 %	0 %	25 %	478473878
36	NC_020964	GCAA	2	8	11026	11033	50 %	0 %	25 %	25 %	478473878
37	NC_020964	AGCC	2	8	11256	11263	25 %	0 %	25 %	50 %	478473878
38	NC_020964	GAAA	2	8	11399	11406	75 %	0 %	25 %	0 %	478473878
39	NC_020964	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020964	AATG	2	8	12142	12149	50 %	25 %	25 %	0 %	478473879
41	NC_020964	GTTT	2	8	13174	13181	0 %	75 %	25 %	0 %	478473880
42	NC_020964	ATGC	2	8	13604	13611	25 %	25 %	25 %	25 %	478473880
43	NC_020964	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020964	TTGT	2	8	14640	14647	0 %	75 %	25 %	0 %	478473881
45	NC_020964	TTCT	2	8	14811	14818	0 %	75 %	0 %	25 %	478473881
46	NC_020964	ATTT	2	8	15017	15024	25 %	75 %	0 %	0 %	478473881
47	NC_020964	TTTC	2	8	15679	15686	0 %	75 %	0 %	25 %	478473882
48	NC_020964	AAAT	2	8	16161	16168	75 %	25 %	0 %	0 %	478473882
49	NC_020964	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020964	GTAA	2	8	17003	17010	50 %	25 %	25 %	0 %	478473883
51	NC_020964	CTAA	2	8	17196	17203	50 %	25 %	0 %	25 %	478473883
52	NC_020964	AGAA	2	8	17459	17466	75 %	0 %	25 %	0 %	478473883
53	NC_020964	ATTT	2	8	17605	17612	25 %	75 %	0 %	0 %	478473883
54	NC_020964	TGCG	2	8	19127	19134	0 %	25 %	50 %	25 %	478473885
55	NC_020964	GAAG	2	8	20111	20118	50 %	0 %	50 %	0 %	478473885
56	NC_020964	TTTG	2	8	20137	20144	0 %	75 %	25 %	0 %	478473885
57	NC_020964	TGTA	2	8	20829	20836	25 %	50 %	25 %	0 %	478473886
58	NC_020964	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020964	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020964	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020964	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020964	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020964	TGGG	2	8	22247	22254	0 %	25 %	75 %	0 %	478473887
64	NC_020964	CATT	2	8	23304	23311	25 %	50 %	0 %	25 %	478473887
65	NC_020964	GCTT	2	8	23647	23654	0 %	50 %	25 %	25 %	478473887
66	NC_020964	GGTT	2	8	23695	23702	0 %	50 %	50 %	0 %	478473887
67	NC_020964	TTCT	2	8	24065	24072	0 %	75 %	0 %	25 %	478473887
68	NC_020964	TAAC	2	8	24167	24174	50 %	25 %	0 %	25 %	478473887
69	NC_020964	CATT	2	8	24290	24297	25 %	50 %	0 %	25 %	478473887
70	NC_020964	GGTA	2	8	24660	24667	25 %	25 %	50 %	0 %	478473887
71	NC_020964	TTGA	2	8	25655	25662	25 %	50 %	25 %	0 %	478473888
72	NC_020964	TTCG	2	8	25800	25807	0 %	50 %	25 %	25 %	478473888
73	NC_020964	TAGG	2	8	25879	25886	25 %	25 %	50 %	0 %	478473888
74	NC_020964	TTCC	2	8	26003	26010	0 %	50 %	0 %	50 %	478473888
75	NC_020964	TAGG	2	8	26117	26124	25 %	25 %	50 %	0 %	478473888
76	NC_020964	TTTC	2	8	26552	26559	0 %	75 %	0 %	25 %	478473888
77	NC_020964	GCTT	2	8	26889	26896	0 %	50 %	25 %	25 %	478473888
78	NC_020964	GGAA	2	8	27472	27479	50 %	0 %	50 %	0 %	478473889
79	NC_020964	TTAA	2	8	27545	27552	50 %	50 %	0 %	0 %	478473889
80	NC_020964	AAAG	2	8	27595	27602	75 %	0 %	25 %	0 %	478473889
81	NC_020964	GGGC	2	8	27875	27882	0 %	0 %	75 %	25 %	478473889
82	NC_020964	GTTT	2	8	28158	28165	0 %	75 %	25 %	0 %	478473890
83	NC_020964	CAGA	2	8	28180	28187	50 %	0 %	25 %	25 %	478473890
84	NC_020964	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020964	CTTT	2	8	30152	30159	0 %	75 %	0 %	25 %	478473892
86	NC_020964	TTTG	2	8	30167	30174	0 %	75 %	25 %	0 %	478473892
87	NC_020964	TTGT	2	8	30202	30209	0 %	75 %	25 %	0 %	478473892
88	NC_020964	TGGC	2	8	30365	30372	0 %	25 %	50 %	25 %	478473892
89	NC_020964	AAAG	2	8	30925	30932	75 %	0 %	25 %	0 %	478473893
90	NC_020964	AAAC	2	8	30995	31002	75 %	0 %	0 %	25 %	478473893
91	NC_020964	GATG	2	8	31138	31145	25 %	25 %	50 %	0 %	478473893
92	NC_020964	GATA	2	8	32247	32254	50 %	25 %	25 %	0 %	478473895
93	NC_020964	TGAT	2	8	34742	34749	25 %	50 %	25 %	0 %	478473898
94	NC_020964	AAGA	3	12	34870	34881	75 %	0 %	25 %	0 %	478473898
95	NC_020964	AAGC	2	8	35090	35097	50 %	0 %	25 %	25 %	478473899
96	NC_020964	GTTC	2	8	35123	35130	0 %	50 %	25 %	25 %	478473899
97	NC_020964	GGCA	2	8	35502	35509	25 %	0 %	50 %	25 %	478473900
98	NC_020964	TCGA	2	8	35759	35766	25 %	25 %	25 %	25 %	478473900
99	NC_020964	TGCT	2	8	35912	35919	0 %	50 %	25 %	25 %	478473900
100	NC_020964	TTGG	2	8	36144	36151	0 %	50 %	50 %	0 %	478473900
101	NC_020964	AGAT	2	8	36864	36871	50 %	25 %	25 %	0 %	478473900
102	NC_020964	CTTT	2	8	37237	37244	0 %	75 %	0 %	25 %	478473901
103	NC_020964	ATGA	2	8	37727	37734	50 %	25 %	25 %	0 %	478473901
104	NC_020964	TAGG	2	8	37886	37893	25 %	25 %	50 %	0 %	478473901
105	NC_020964	CAAT	2	8	38070	38077	50 %	25 %	0 %	25 %	478473901
106	NC_020964	AATG	2	8	38857	38864	50 %	25 %	25 %	0 %	478473901
107	NC_020964	AGAA	2	8	39694	39701	75 %	0 %	25 %	0 %	478473902
108	NC_020964	AAGA	2	8	39746	39753	75 %	0 %	25 %	0 %	478473902
109	NC_020964	ATCC	2	8	39754	39761	25 %	25 %	0 %	50 %	478473902
110	NC_020964	TAAT	2	8	39965	39972	50 %	50 %	0 %	0 %	478473902
111	NC_020964	GTGC	2	8	42054	42061	0 %	25 %	50 %	25 %	478473904
112	NC_020964	AGAA	2	8	42473	42480	75 %	0 %	25 %	0 %	478473904
113	NC_020964	GGAT	2	8	42625	42632	25 %	25 %	50 %	0 %	478473904
114	NC_020964	AAAC	2	8	43833	43840	75 %	0 %	0 %	25 %	478473907
115	NC_020964	CAAT	2	8	44037	44044	50 %	25 %	0 %	25 %	478473907
116	NC_020964	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020964	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020964	ATTT	2	8	44794	44801	25 %	75 %	0 %	0 %	478473908
119	NC_020964	GCTC	2	8	45102	45109	0 %	25 %	25 %	50 %	478473908
120	NC_020964	TTCT	2	8	45244	45251	0 %	75 %	0 %	25 %	478473908
121	NC_020964	TTGA	2	8	45844	45851	25 %	50 %	25 %	0 %	478473909
122	NC_020964	TGTT	2	8	46016	46023	0 %	75 %	25 %	0 %	478473909
123	NC_020964	CTAT	2	8	46046	46053	25 %	50 %	0 %	25 %	478473909
124	NC_020964	TGTT	2	8	46075	46082	0 %	75 %	25 %	0 %	478473909
125	NC_020964	CTAT	2	8	46371	46378	25 %	50 %	0 %	25 %	478473909
126	NC_020964	AAGA	2	8	46867	46874	75 %	0 %	25 %	0 %	478473910
127	NC_020964	AAGA	2	8	46924	46931	75 %	0 %	25 %	0 %	478473910
128	NC_020964	AAAG	2	8	46964	46971	75 %	0 %	25 %	0 %	478473910
129	NC_020964	AAGA	2	8	47079	47086	75 %	0 %	25 %	0 %	478473910
130	NC_020964	ACTT	2	8	47340	47347	25 %	50 %	0 %	25 %	478473910
131	NC_020964	ATGG	2	8	47966	47973	25 %	25 %	50 %	0 %	478473910
132	NC_020964	AGGA	2	8	47997	48004	50 %	0 %	50 %	0 %	478473910
133	NC_020964	GAAC	2	8	48544	48551	50 %	0 %	25 %	25 %	478473910
134	NC_020964	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020964	AACA	2	8	48790	48797	75 %	0 %	0 %	25 %	478473911
136	NC_020964	CTTT	2	8	48986	48993	0 %	75 %	0 %	25 %	478473911
137	NC_020964	CTTT	2	8	49871	49878	0 %	75 %	0 %	25 %	478473912
138	NC_020964	GTAG	2	8	49889	49896	25 %	25 %	50 %	0 %	478473912
139	NC_020964	GAAG	2	8	51317	51324	50 %	0 %	50 %	0 %	478473913
140	NC_020964	TTCA	2	8	51739	51746	25 %	50 %	0 %	25 %	478473913
141	NC_020964	TCTA	2	8	51956	51963	25 %	50 %	0 %	25 %	478473913
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